|
|
|
AAAAAUGUGAUCUUGCUUGUAAAUACAAUUUUGAGAGGUUAAUAAAUUACAAGUAGUGCUAUUUUUGUAUUUAGGUUAGCUAUUUAGCUUUACGUUCCAGGAUGCCUAGUGGCAGCCCCACAAUAUCCAGGAAGCCCUCUCUGCGGUUUUUCAGAUUAGGUAGUCGAAAAACCUAAGAAAUUUACCUGCUGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGCUGCAUGGCCGUUCUGGUCAGCAUGGCGGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCGCAAGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((........(((((((((((........{{{{{.......)))))))))))......))))).....(((((.((((....))))....aaaaaaaaaa)))))((((.....))))...AAAAAAAAAA..}}}}}...(((.((((.....[[[[[[..)))).)))........]]]]]]...((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>)))))(((...((((((()).)))...)).)))((((((.........((((((((((..))))..........))))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((.(((..(((((...(((......((((((..............((((.((((.....((..........))....)))).)))).((((.(((((....((((.....))))..))))).))))..))))))...((((((((.((((....))))))))))))...........((((((..((.(((((....((.((((((((((((.............))).))))).))))))...))))).))..))))))....)))..)))))..))).))))......((((......)))).....) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..((((((((((........................)))))))))).((((.......................)))).)))))))...(((.(((....))).(((((((...((((.....((....(((..((((((((.((((....))))))))))))..)))......((((((((((..(((..(((((((...((....)).....)))))))))))))).((.((((((...))))))))..))))))..))...))))..))))).)).........((((......))))..))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((........................)))))))).......................((((....)))).....((((.(((((....((((.....))))..))))).))))(((((((((..((((((((.((((....))))))))))))..)))...(((((.(((((..(((......))).....)))))...)))))....)))))).....((.(((((.....)))))))...............(((..(((((...(......)...........)))))..))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.(((((((..(((((((((........(((..................)))....)))))))))))).((((....)))).....((((.(((......((((.....))))....))).))))((((((.((((((.........((((((.........)))))).........((((((.((.............)))))))))))))).......))))))..((((..(((((.....)))...))))))))))))))).(((..(((((..((....))............)))))..))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((......(.(((((((((........................))))))))))()...))).............((((....))))...(.((((.(((((....((((.....))))..))))).))))(((((((((..((((((((.((((....))))))))))))..)))...(((((.((((((((((......))).))..)))))...)))))....)))))).((((((.(((((.....))))))))..)))......)..(((..(((((..(((....)))..........)))))..))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..........[[[[[[........)))))))))).((((..((((....)))).))))..............((((.(((((....((((.....))))..))))).))))..]]]]]]...((((((((.....[[[[[[..))))))))........]]]]]](((((....[[[..[[[[[[[[[.)))))...]]]...]]]]]]]]](((((((.((((((...)))))))))....[[[[.)))).........(((.(((....))).((((...)))).))).]]]] |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((.(((((.......(((((.(((((((.((.((((((..........)))))).))..))))))).))))).))))).((((.(((((....((((.....))))..))))).))))(((((((((((((..((((...((((((.........)))))))))).....((((((.(((((......))).))))))))))))))......)))))))....(((.(((((.....)))))))).)))))))))))).(((..(((((...(((........))).....)))))..))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.......(((((((((........((....))........))))))))).....))))......................................((((....))))..(((((..(((((.....(((((((((((((((((((.(([[[[[...))))))))]]]]].........((((((.(((((......))).))))))))))))))......)))))))........(((((.....))))).................))))).))))).((....))...((((......))))...... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((..............................(((((............)))))........((((....))))......(((.(((((....((((.....))))..))))).))).((((((((((.((((((((.((((....))))))))))))............((((((.(((((......))).))))))))...)))......)))))))....(((.(((((.....)))))))).)))))))))))).(((..(((((...(((........))).....)))))..))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((...(((((((((......................((((((..)))))))))))))))....(((((..)))))...((((((.....(((..((((.....)))).....((((((.(((((((((((((.........((((((.........)))))).........((((((...[[[[[[.........))))))))))))......)))))))........]]]]]])))))).......))))))))).)))))))....((((((((..)))).((((......))))..)))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((...[[[[[[[[[[.))))...((....))........]]]]]]]]]](((((((...(((((..((..((((....)))).......))..)))))..)))))))..(((((..(((((.....(((((((((((((((((((.((((....))))))))))))............((((((.(((((......))).))))))))..))))......))))))).((((((.(((((.....))))))))..))).........))))).))))).((....))...((((......))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((...............(((.....(((....(((((............))))).....)))[[[[.)))]]]].....((((.(((((....((((.....))))..))))).))))(((((((....((((((((.((((....))))))))))))............((((((.(((((......))).))))))))............)))))))....(((.(((((.....)))))))).)))))))))))).(((..(((((...(((........))).....)))))..))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((................(((((((....((((((..........)))))).....))))))).....................((((....))))..(((((..(((((.....(((((((....((((((((.((((....))))))))))))........(((((.(((((...................)))))...)))))...)))))))...((((.((((((...)))))).....))))........))))).)))))...)))))))..((((......))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((..(((((...(((......((((((....(((((.(((((..........)))))))))).((.((((....))))..)).((((.(((((....((((.....))))..))))).))))..))))))...((((((((.((((....))))))))))))...........((((((..((.(((((....((.((((((((((((.............))).))))).))))))...))))).))..))))))....)))..)))))..))).))))......((((......))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((....(((((((((........((....))........))))))))).(((((((...((((((.((..((((....)))).......)).))))))..)))))))....))))......(((....))).(((..((((((((.((((....))))))))))))..)))..))).((((((..((.(((((....((.((((((((((((.............))).))))).))))))...))))).))..)))))).......(((..(((((..((....))............)))))..))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((........((....))........))))))))))(((((((...(((((..((..((((....)))).......))..)))))..)))))))(((((((..(((((.....(((((((((((((((((((.((((....))))))))))))............((((((.(((((......))).))))))))..))))......)))))))((((....(.(((((.((....)).))))).)...)))).))))).))))).((....)))).((((......))))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((.((((((((...(((..))).............)))))))))).)).)))))).((..))((.((.(((..)))((...(........)((((....))))..(((((.((((((..(((..(((((((..((((((((.............))))))))..)))).....(((((((.(((((..(((((((.(.((((((((.(..........))).)).))))).)))).))))))))))))).)).)))..)))..)))))))))))))(((..)))..((((((..))))))..)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((..............))).................................................................((((((.....((((((((.((((....)))))))))))).......................................................))))))....................................................((....))....................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((..(((((...(((......((((((....(((((.(((((..........)))))))))).((.((((....))))..)).((((.(((((....((((.....))))..))))).))))..))))))...((((((((.((((....))))))))))))...........((((((..((.(((((....((.((((((((((((.............))).))))).))))))...))))).))..))))))....)))..)))))..))).))))......((((......))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.....((((....))))..((((....))))...))))))...(((((.......))))).((((.((((....))))....(((....))))))).((((.....))))......((((........)))).((((((((.((((....)))))))))))).................((((..((((.(((((((((.((....)))))...)))))).....((((....(((.....))))))).))))....(((((.............))))).)))).((((......))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.....((((....))))..((((....))))...))))))...(((((.......))))).((((.((((....))))....(((....))))))).((((.....))))......(((((.....)).))).((((((((.....[[[[[[..))))))))........]]]]]](((..aaa)))...((((((....<<<<<.<<<.....))))))..>>>>>>>>..(((..{{{{.))).((((......))))..}}}}..(((((.............AAA......)))))...... |