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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_01161



RNA: PDB_01161
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.............)))))))...........((((....))))..(((((.......(((((..(((((.((((((((...........(((((((((....)))))).)))...(((((.......)))))((((((((((((.............)))))))))))).............(((((.......))))).........................))))))))...)))))...))))).......)))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................((((((.......)))))).........................................................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(((...........)))((((((.....))))))((((....))))..(((((.......)))))))..((((.(.(.(((...........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))((((((((((((.............))))))))))))....).).)))).(((((.......)))))...((((.(((......(((((.....)))))....))).....(((((.......)))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))..........((((....))))..(((((.......(((((..(((((.((((((((.............(((((((((.(((.(((.(((((.(((((.......)))))((((((((((((....(....)...))))))))))))....)))))))).(((((.......))))))))))))))))).............))))))))...)))))...))))).......)))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.[[[..)))......]]]((((((.....))))))((((....))))..(((((.......(((((..((((((((((((((.............))))))))).(((((((.(((.((((.(((((.....(((.((((((((((..(((((.((((...(((((((......)))))))...)))).))))).....))).))))))))))..))))).)))).))))))))))...)))))...))))).......)))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))((((((....((((....))))..(((((.......)))))((((...(((((((((.............))))))))))))).(((((((.((((.(((((.....(((.((((((((((..(((((.((((...(((((((......)))))))...)))).))))).....))).))))))))))..))))).))))...))))))).(((.(((.....))).))).....))))))..
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))((((((....((((....))))..(((((.......)))))((((((((((((((((.............)))))))))).......(((((..(((((.......)))))((((((((((((.............)))))))))))).......))))).(((((.......))))).))))))..........(((((.....)))))..(((((........))))).....))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))((........((((....))))..(((((.......(((((..(((((.((((((((...(((.(((...(((((((((.(((..(((.((((.(((((.......)))))((((((((((((.............)))))))))))).)))).)))....(((((.......)))))))))))))))))...))).)))...))))))))...)))))...))))).......)))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))..........((((....))))..(((((.......)))))......((((((((((.............))))))))))..((.(((.(((...(((({{{....)))).(((((((((((([[[....[[[...))))))))))))..))).)))))]]]((((]]]....)))).............}}}..................(((.(((.....))).))).............
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))..........((((....))))..(((((.......(((((..(((((.((((((((.............((((((((((........(((((.(((((.......)))))((((((((((((.............))))))))))))....)))))....(((((.......)))))..)))))))))).............))))))))...)))))...))))).......)))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))....((....((((....))))..(((((.......(((((..(((((.(((((((((((((.(((..(((((((((....)))))).)))..))).)))))...(((((.((((((((((..(((((.(((..(.(((((((......))))))).)..))).))))).....))).)))))))))).))............))))))))...)))))...))))).......)))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....(((((.((((....((((((.....))))))((((....)))))))).)))))....(((((..(((((.((((((((...(((.(((...(((((((((.(((..(((.((((.(((((.......)))))((((((((((((.............)))))))))))).)))).)))....(((((.......)))))))))))))))))...))).)))...))))))))...)))))...))))).)).((.......)).
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((....((..))((.(.((((......))))).)).((((((.(((..(((((((...((((...))))....)))))))(((((((((((((((..))))))).)))))))).....(((((((...((((((((((.(((((((..(....(((((((......))))))).((((..))))))))))))))))))))))....)))))))....((..)).))).))))))(((((..)))))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.............)))))))...........((((....))))...((((.......(((((..(((((.((((((((.............))))))))..(((((((.(((..(((.(((((.....(((.((((((((((..(((((.(((..(.(((((((......))))))).)..))).))))).....))).))))))))))..))))).)))..))))))))))...)))))...))))).......)))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))((((......))))....(((...(((((.......(((((..(((((.((((((((..((..((.....(((((((((.(((..(((.((((.(((((.......)))))((((((((((((.............)))))))))))).)))).)))....(((((.......)))))))))))))))))..))..)).....))))))))...)))))...))))).......)))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.............))))))).(((.......((((....))))..(((((.......))))).)))..((((((((((.............)))))))))).(((......)))..((((.......)))).(((((((..........(((((.....)))))..(((((......))))).((((.......)))).))))))).(((......(((((.....)))))....))).....(((((.......)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))..........((((....))))...((((.{{{{..)))).(((.....))).((((.............))))(((}}}}...))).((((...((((.......)))).((((((((((((.............)))))))))))).......))))..(((((.......)))))...((((.(((......(((((.....)))))[[[.)))......((((.]]]...)))).))))