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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_01166



RNA: PDB_01166
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..((((...)))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...))))))))))..)).....(((.(((((...........)))))..))).)))..(((((((........((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((..((((((((((.........((((((.((((((((((((......((((.(((((((.....)))))))...(.((((((...((((((((....))))))))....))))))..)................((((((((((..........))))))))))........(((((...(.............)..)))))......((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))........((((((((((..........)))))))))).........))))...)))))))))))).)))...))).((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........................))))).........(((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((((((((...(((..(((((((((.........((((((..(((.........)))..))))))(((((((.....)))))))........(((...((((((((....))))))))...)))......((((.......))))...)))))))))..))).....))))))))))........((((((..(((........)))..))))))(((((((.....)))))))..((((((((((....(((((((....))))))).....)))))))))).........))))...((((((((((..........)))))))))).....(((((((((..(((.........)))..))))))(((((((.....)))))))..((((((((((....(((((((....))))))).....))))))))))((((((((...((((((((((((((.........))))))))))........((((((..(((........)))..))))))))))..)))))))).)))....((((((((((....(((((((....))))))).....))))))))))..)....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((..((((((((((........(((((((.((((((((((((.((...((((((((((((.....)))))))...((((((((...((((((((....))))))))....)))))).))(((.......)))(..((((((((((..........)))))))))).....(((((((((.((((........).)))))))))..((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))))).)))))..((((((((((..........)))))))))).....)..))))))).)))))))))))).)))...))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))...(.............)......)))))(......).(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((((((((........))))))))))[[[..))))..]]]....(((.....[[[......))).(((((((.....)))))))..]]]((((((...((((((((....)))))))).....[[[[..))))))......]]]]..((((((((((..((((....((((((((((........((((.(((((...........))))).))))(((..(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))..(((...[[[[[[..)))..............]]]]]]((((..(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))((((((((((.........))))))))))..(((...[[[[[[..)))..((((...))))]]]]]](((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((........))))))))).........((((((..((((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..((((....((((((((((.....((((...(((((((.........(((....)))(((((((.....)))))))..((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)))))))..))))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....))))))(((((((.....)))))))..((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).(((((((..((((.((((((((((.........)))))))))).....))))...))))))).....))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((..((((..((((((((((........(((((....((((((((((........(((.(((((((.....))))))).......(((....((((((((....)))))))).....)))....((((.......))))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..))))))(((((.[[[[[[[[)))))..((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))]]]]]]]]........))))))))))..))))....)))))))))).........))).....)))))))))).......))))).((((.{{{{{{{{)).....((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))}}}}}}}}....)).))))))))))..))))...))))))))))........((((((..(((........)))..))))))(((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..........)))))))))).......(((((.(((((...........))))).)))))....((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))........((((((((((..........))))))))))........))))))..)))))))))))).....))))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........((((...(((...........)))..))))(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((((((((........)))))))))).....))))(((((...(((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))(((((((((((...((((((((....))))))))............((((.......))))..((((((((((..........))))))))))....))))))))))).(((......((((...............(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))..))))..((((((((((..........))))))))))..)))...))))))..)))))))))))[[[[..)))))((((...(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))..(((((((((((((((.........))))))))))..(((...........))).....)))))........))))....((((((((.]]]]...(((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.(((.(((.....)))...((((((((....)))))))).....))).....))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.[[[[)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))..]]]].
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((.(((((((((((((....((((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..aaaa....)))))))))).......(((((.((((((........).))))).)))))(((.<<<<<<<<)))....((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))>>>>>>>>...(((..((((((((((..AAAA....)))))))))).....))))))))).)))))))))))))....)))))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........[[[[[.[[[[......)))))]]]]]]]]]((((((({{{{.)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))...}}}}
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((..(((..(.((.(((..((((((((.(((.(((.....)))...((((((((....)))))))).....))).....))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((.....((.(..(((..(((.....)))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....)))))))))).....)).)..)))..))))))))))))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((........)))))))))).((.((..(((((....((((..)))).(..)..))))))))).(((((((((((((.((((((.(((((((..)))))))..(((((.....(((.((((................((((..)))))))).))).(((((...........).)))).))))).....(((..((.((..))))))).((((((.......))))))))))))..(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..).))))))))))))..(((((((((((((((..........))))))))))..)).)))(((((....((((..)))).(..)..))))))))).))(((((((((((..((((((.(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..)))))).....(((((.(((((((((((((.........))))))))))..))((((......))))(((..((.((..))))))).((((((.......))))))..)))))).(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..).))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..(((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((..(((...............................((((....((((((((....)))))))).....))))....................((((((((((..((((....((((((((((...........(((...((.....))...))).......(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))...........)))..))))))))))))..)))..).))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...)))))))))..........................)))..................((((((...(....)(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))).)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))..........((.....)).....)))))).........(((((((.....)))))))((..(((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))..))....