|
|
|
AAGCGCCGAACUGGCACCAUUGCACCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGAAGCUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGGUGAUGAAAGCGCCAGAACUGGCACCAUUGCACUCCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAAAGCGCCAGAACUGGCACCAUUGCACUCCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAAAGCGCCGAACUGGCACCAUUGCACCCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((........))))))))))..(((...bbbbbb..)))......)))))...BBBBBB((((...[[[[....))))...((.((((..(((((((((((..)))))))))))...))))..))...]]]]...((((..((((((((((..........))))))))))..(((...dddddd..)))......))))...DDDDDD((((((.<<.<<<))))))..(((((((((..(((((((((((..)))))))))))...))))))))).>>>.>>...((((..((((((((((..........))))))))))..(((...cccccc..))).......))))...CCCCCC((((((.{{{{{{))))))..(((((((((..(((((((((((..)))))))))))...))))))))).}}}}}}...(((((((((((((((.........))))))))))..(((...aaaaaa..))).....)))))...AAAAAA((((((..eeeee))))))...(((.(((((..(((((((((((..)))))))))))...))))).))).EEEEE.
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((.....((.(..(((..(((.....)))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..))))))))))))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..((((...)))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...))))))))))..)).....(((.(((((...........)))))..))).)))..(((((((........((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((.........((((((.((((((((((((......((((.(((((((.....)))))))...(.((((((...((((((((....))))))))....))))))..)................((((((((((..........))))))))))........(((((...(.............)..)))))......((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))........((((((((((..........)))))))))).........))))...)))))))))))).)))...))).((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........................))))).........(((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((((((((...(((..(((((((((.........((((((..(((.........)))..))))))(((((((.....)))))))........(((...((((((((....))))))))...)))......((((.......))))...)))))))))..))).....))))))))))........((((((..(((........)))..))))))(((((((.....)))))))..((((((((((....(((((((....))))))).....)))))))))).........))))...((((((((((..........)))))))))).....(((((((((..(((.........)))..))))))(((((((.....)))))))..((((((((((....(((((((....))))))).....))))))))))((((((((...((((((((((((((.........))))))))))........((((((..(((........)))..))))))))))..)))))))).)))....((((((((((....(((((((....))))))).....))))))))))..).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........(((((((.((((((((((((.((...((((((((((((.....)))))))...((((((((...((((((((....))))))))....)))))).))(((.......)))(..((((((((((..........)))))))))).....(((((((((.((((........).)))))))))..((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))))).)))))..((((((((((..........)))))))))).....)..))))))).)))))))))))).)))...))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))...(.............)......)))))(......).(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((((........))))))))))[[[..))))..]]]....(((.....[[[......))).(((((((.....)))))))..]]]((((((...((((((((....)))))))).....[[[[..))))))......]]]]..((((((((((..((((....((((((((((........((((.(((((...........))))).))))(((..(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))..(((...[[[[[[..)))..............]]]]]]((((..(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))((((((((((.........))))))))))..(((...[[[[[[..)))..((((...))))]]]]]](((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((........))))))))).........((((((..((((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..((((....((((((((((.....((((...(((((((.........(((....)))(((((((.....)))))))..((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)))))))..))))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....))))))(((((((.....)))))))..((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).(((((((..((((.((((((((((.........)))))))))).....))))...))))))).....))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..((((..((((((((((........(((((....((((((((((........(((.(((((((.....))))))).......(((....((((((((....)))))))).....)))....((((.......))))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..))))))(((((.[[[[[[[[)))))..((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))]]]]]]]]........))))))))))..))))....)))))))))).........))).....)))))))))).......))))).((((.{{{{{{{{)).....((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))}}}}}}}}....)).))))))))))..))))...))))))))))........((((((..(((........)))..))))))(((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..........)))))))))).......(((((.(((((...........))))).)))))....((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))........((((((((((..........))))))))))........))))))..)))))))))))).....))))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........((((...(((...........)))..))))(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((((........)))))))))).....))))(((((...(((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))(((((((((((...((((((((....))))))))............((((.......))))..((((((((((..........))))))))))....))))))))))).(((......((((...............(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))..))))..((((((((((..........))))))))))..)))...))))))..)))))))))))[[[[..)))))((((...(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))..(((((((((((((((.........))))))))))..(((...........))).....)))))........))))....((((((((.]]]]...(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.(((.(((.....)))...((((((((....)))))))).....))).....))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.[[[[)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))..]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((.(((((((((((((....((((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..aaaa....)))))))))).......(((((.((((((........).))))).)))))(((.<<<<<<<<)))....((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))>>>>>>>>...(((..((((((((((..AAAA....)))))))))).....))))))))).)))))))))))))....)))))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........[[[[[.[[[[......)))))]]]]]]]]]((((((({{{{.)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))...}}}} |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((..(((..(.((.(((..((((((((.(((.(((.....)))...((((((((....)))))))).....))).....))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((.....((.(..(((..(((.....)))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....)))))))))).....)).)..)))..))))))))))))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((........)))))))))).((.((..(((((....((((..)))).(..)..))))))))).(((((((((((((.((((((.(((((((..)))))))..(((((.....(((.((((................((((..)))))))).))).(((((...........).)))).))))).....(((..((.((..))))))).((((((.......))))))))))))..(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..).))))))))))))..(((((((((((((((..........))))))))))..)).)))(((((....((((..)))).(..)..))))))))).))(((((((((((..((((((.(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..)))))).....(((((.(((((((((((((.........))))))))))..))((((......))))(((..((.((..))))))).((((((.......))))))..)))))).(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..).)))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((..(((...............................((((....((((((((....)))))))).....))))....................((((((((((..((((....((((((((((...........(((...((.....))...))).......(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))...........)))..))))))))))))..)))..).))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...)))))))))..........................)))..................((((((...(....)(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))).)))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))..........((.....)).....)))))).........(((((((.....)))))))((..(((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))..)).... |