|
|
|
AAGCGCCGAACUGGCACCAUUGCACCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGAAGCUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGGUGAUGAAAGCGCCAGAACUGGCACCAUUGCACUCCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAAAGCGCCAGAACUGGCACCAUUGCACUCCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAAAGCGCCGAACUGGCACCAUUGCACCCGGUGCCAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((........))))))))))..(((...bbbbbb..)))......)))))...BBBBBB((((...[[[[....))))...((.((((..(((((((((((..)))))))))))...))))..))...]]]]...((((..((((((((((..........))))))))))..(((...dddddd..)))......))))...DDDDDD((((((.<<.<<<))))))..(((((((((..(((((((((((..)))))))))))...))))))))).>>>.>>...((((..((((((((((..........))))))))))..(((...cccccc..))).......))))...CCCCCC((((((.{{{{{{))))))..(((((((((..(((((((((((..)))))))))))...))))))))).}}}}}}...(((((((((((((((.........))))))))))..(((...aaaaaa..))).....)))))...AAAAAA((((((..eeeee))))))...(((.(((((..(((((((((((..)))))))))))...))))).))).EEEEE.
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((.....((.(..(((..(((.....)))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..))))))))))))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).))...) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..((((...)))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...))))))))))..)).....(((.(((((...........)))))..))).)))..(((((((........((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((.........((((((.((((((((((((......((((.(((((((.....)))))))...(.((((((...((((((((....))))))))....))))))..)................((((((((((..........))))))))))........(((((...(.............)..)))))......((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))........((((((((((..........)))))))))).........))))...)))))))))))).)))...))).((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........................))))).........(((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((((((((...(((..(((((((((.........((((((..(((.........)))..))))))(((((((.....)))))))........(((...((((((((....))))))))...)))......((((.......))))...)))))))))..))).....))))))))))........((((((..(((........)))..))))))(((((((.....)))))))..((((((((((....(((((((....))))))).....)))))))))).........))))...((((((((((..........)))))))))).....(((((((((..(((.........)))..))))))(((((((.....)))))))..((((((((((....(((((((....))))))).....))))))))))((((((((...((((((((((((((.........))))))))))........((((((..(((........)))..))))))))))..)))))))).)))....((((((((((....(((((((....))))))).....))))))))))..).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........(((((((.((((((((((((.((...((((((((((((.....)))))))...((((((((...((((((((....))))))))....)))))).))(((.......)))(..((((((((((..........)))))))))).....(((((((((.((((........).)))))))))..((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))))))))))).)))))..((((((((((..........)))))))))).....)..))))))).)))))))))))).)))...))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))...(.............)......)))))(......).(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((((........))))))))))[[[..))))..]]]....(((.....[[[......))).(((((((.....)))))))..]]]((((((...((((((((....)))))))).....[[[[..))))))......]]]]..((((((((((..((((....((((((((((........((((.(((((...........))))).))))(((..(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))..(((...[[[[[[..)))..............]]]]]]((((..(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))((((((((((.........))))))))))..(((...[[[[[[..)))..((((...))))]]]]]](((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))....... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((........))))))))).........((((((..((((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..((((....((((((((((.....((((...(((((((.........(((....)))(((((((.....)))))))..((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)))))))..))))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....))))))(((((((.....)))))))..((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).(((((((..((((.((((((((((.........)))))))))).....))))...))))))).....))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..((((..((((((((((........(((((....((((((((((........(((.(((((((.....))))))).......(((....((((((((....)))))))).....)))....((((.......))))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..))))))(((((.[[[[[[[[)))))..((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))]]]]]]]]........))))))))))..))))....)))))))))).........))).....)))))))))).......))))).((((.{{{{{{{{)).....((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))}}}}}}}}....)).))))))))))..))))...))))))))))........((((((..(((........)))..))))))(((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))....... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..........)))))))))).......(((((.(((((...........))))).)))))....((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))........((((((((((..........))))))))))........))))))..)))))))))))).....))))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........((((...(((...........)))..))))(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((((........)))))))))).....))))(((((...(((((((((((.....(((((((((((((.....)))))))(((((((((((...((((((((....))))))))............((((.......))))..((((((((((..........))))))))))....))))))))))).(((......((((...............(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))..))))..((((((((((..........))))))))))..)))...))))))..)))))))))))[[[[..)))))((((...(((((((((.......(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))..(((((((((((((((.........))))))))))..(((...........))).....)))))........))))....((((((((.]]]]...(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))) |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.(((.(((.....)))...((((((((....)))))))).....))).....))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.[[[[)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))..]]]]. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((.(((((((((((((....((((((((((((((.....)))))))....(((((((...((((((((....))))))))....))))))).((((.......))))..((((((((((..aaaa....)))))))))).......(((((.((((((........).))))).)))))(((.<<<<<<<<)))....((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))>>>>>>>>...(((..((((((((((..AAAA....)))))))))).....))))))))).)))))))))))))....)))))))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...))))))))))........[[[[[.[[[[......)))))]]]]]]]]]((((((({{{{.)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))...}}}} |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((..(((..(.((.(((..((((((((.(((.(((.....)))...((((((((....)))))))).....))).....))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((.....((.(..(((..(((.....)))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....)))))))))).....)).)..)))..))))))))))))..)))..).)).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))...(((...........)))....)))))).........(((((((.....)))))))((.((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).)).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((........)))))))))).((.((..(((((....((((..)))).(..)..))))))))).(((((((((((((.((((((.(((((((..)))))))..(((((.....(((.((((................((((..)))))))).))).(((((...........).)))).))))).....(((..((.((..))))))).((((((.......))))))))))))..(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..).))))))))))))..(((((((((((((((..........))))))))))..)).)))(((((....((((..)))).(..)..))))))))).))(((((((((((..((((((.(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..)))))).....(((((.(((((((((((((.........))))))))))..))((((......))))(((..((.((..))))))).((((((.......))))))..)))))).(((((((..)))))))..((((.((..)).))))..).)))))))))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((((((..((((..((((((((((.....((.(..(((..((((((((((((..(((...............................((((....((((((((....)))))))).....))))....................((((((((((..((((....((((((((((...........(((...((.....))...))).......(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))...........)))..))))))))))))..)))..).))((((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))))))))))))))..))))...)))))))))..........................)))..................((((((...(....)(((((((((...((((((((....))))))))....))))))))).)))))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((..((((..((((((((((........((((((..((((((((((((.....((((((.(((..((((((((.........(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..))))))))...)))..((((((((((..((((....((((((((((........((((((..(((........)))..)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...)))..))))))))))..))))....))))))))))........))))))..)))))))))))).....)))))).(((..((((((((.......((((((((((...((((((((....))))))))....))))))))))))))))))...))).))))))))))..))))...)))))))))..........((.....)).....)))))).........(((((((.....)))))))((..(((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))..)).... |