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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_01261



RNA: PDB_01261
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((..))))))))))....((((((....(((((((((.(((...(()).))))))))))))(((.(((((((((....)))))))))))).....bbbb.((((..<<))))..((((((....))))))....))))))((((((...)))))).......BBBB..((..(((((((..)))))))...((((((((.......)))))))).........)).))))((((((((((((((..))))))))))....((((((....(((((((((.(((...(()).))))))))))))(((.(((((((((....)))))))))))).....aaaa.((((..>>))))..((((((....))))))....))))))((((((...)))))).......AAAA..((..(((((((..)))))))...((((((((.......)))))))).........)).))))((((((((((((((..))))))))))....((((((....(((((((((.(((...(()).))))))))))))(((.(((((((((....)))))))))))).....[[[[.(((((..)))))..((((((....))))))....))))))((((((...)))))).......]]]]..((..(((((((..)))))))...((((((((.......)))))))).........)).))))((((((((((((((..))))))))))....((((((....(((((((((.(((...(()).))))))))))))(((.(((((((((....)))))))))))).....{{{{.(((((..)))))..((((((....))))))....))))))((((((...)))))).......}}}}..((..(((((((..)))))))...((((((((.......)))))))).........)).))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((.(((.....(((((((....((((((....((((((....((((......))))...))))))......(((((((....)))))))...............((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....))))).(((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..((((..((((.((((.(((.....(((((((....((((((....((((((....((((......))))...))))))......(((((((....)))))))...............((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....))))).(((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..(((....))).)))).))).....)))))))....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..))))..)))).)))).))).....)))))))....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..)))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.(((.....(((((((....((((((....((((((....(((..(((((((((...(((((((((...(((((((....)))))))..)))......((..((((....)))))).(((((....))))).....((((((((((((...)))))).(((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....(((...((((((((((..(((.(((.....(((((((....((((((....((((((....(((..(((((((((...(((((((((...(((((((....)))))))..)))......((..((((....)))))).(((((....))))).....((((((((((((...)))))).(((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....(((...(((....)))..))).))).....)))))))....))))))....))))))....))))..))))))))...))))))(((...(((((((....)))))))..)))......((..((((....)))))).(((((....))))).....))))))((((((...)))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....)))...))))))))))..))).))).....)))))))....))))))....))))))....))))..))))))))...))))))(((...(((((((....)))))))..)))......((..((((....)))))).(((((....))))).....))))))((((((...)))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....)))...)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....)))))).................((((((....((((......))))...)))))).(....(((((((....)))))))...).........(.((((....))))..)(((((....)))))..........(((((((...)))))))................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........((((((((((..((((((....))))))........((((.....((((((....((((......))))...)))))).(....(((((((....)))))))...).........((((((....)))).))(((((....)))))......))))(((((((...)))))))................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........))))))))))..((((((....))))))........((((.....((((((....((((......))))...)))))).(....(((((((....)))))))...).........((((((....)))).))(((((....)))))......))))(((((((...)))))))................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........(((....)))..((((((....)))))).................((((((....((((......))))...)))))).(....(((((((....)))))))...).........(.((((....))))..)(((((....)))))..........(((((((...)))))))................((((((....))))))...(((((((.........)))))))................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((....)))))).......((((((....((((((....(((........)))...))))))......(((((((....)))))))...(((((.......((((....))))...(((((....))))).....(((((((((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........((((((((((..((((((....)))))).......((((((....((((((....(((........)))...))))))......(((((((....)))))))...(((((.......((((....))))...(((((....))))).....(((((((((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........(((....)))..((((((....)))))).......))))))....((((((....(((........)))...))))))......(((((((....)))))))....))).)).....((((....))))...(((((....))))).....))))))(((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........))))))))))..((((((....)))))).......))))))....((((((....(((........)))...))))))......(((((((....)))))))....))).)).....((((....))))...(((((....))))).....))))))(((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....)))))).................((((((....((((......))))...))))))(((...(((((((....)))))))..))).....(((((((((....)))).))(((((....))))).........((((((((...))))))))......)))......((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........((((((((((..((((((....))))))((......(((((...(((((((....((((......))))...)))))))((...(((((((....)))))))..)).........((((((....)))).))(((((....))))).....)))))(((((((...))))))).)).............((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))(((((..((((((....))))))((......(((((...(((((((....((((......))))...)))))))((...(((((((....)))))))..)).........((((((....)))).))(((((....))))).....)))))(((((((...))))))).)).............((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........))))))))))..((((((....)))))).........(((....(((((((....((((......))))...)))))))((...(((((((....)))))))..)).........((((((....)))).))(((((....)))))......)))((((((((...))))))))...............((((((....))))))...(((((((.........)))))))................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.((((((....)))))).................[[[[[[.(((........)))))))..]]]]]](((...(((((((....)))))))..))).....(((((((((....))))...(((((....)))))(((......[[[[[[[)))..]]]]]]]....)))))......((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........((((..((((......(((.....(((((((.......(((((..((((((....((((......))))...))))))(((...(((((((....)))))))..)))..........((((....))))...(((((....)))))....))))).(((((((...))))))))))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........))))..))))..((((((....))))))(((..............((((((....((((......))))...))))))(((...(((((((....)))))))..)))....)))...((((....))))...(((((....)))))(((......[[[[[[[)))..]]]]]]]....(((((......((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........(((....)))..((((((....)))))).................((((((....((((......))))...))))))(((...(((((((....)))))))..))).....)))))((((....))))...(((((....)))))(((......[[[[[[[)))..]]]]]]]...............((((((....))))))...(((((((.........)))))))................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((....))))))..........((.((.(((((((....((((......))))...))))))).))))(((((((....)))))))...((.((..(((((.(((....)))...(((.((((((..(((.....))).((((((((...))))))))......((....)).((((((....))))))...(((((((.........)))))))............)))))).))).((((((....))))))........(((((...(((((((....((((......))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...((((((..((((((.....((((((((((((...)))))).(((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..((((((((((.((((.(((.....(((((((....((((((...(((((((....((((......))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..)))))))))).)))).))).....)))))))....))))))...(((((((....((((......))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...))))))..)))))).....))))).((((((...))))))......))))))).)).((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((....)))))).......((((((.....(({{.....(((...[[[[.)))....{{)).((....(((((((....))))))).....))........((((....)))).....((......)).............(((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........((((((((<<..((((((....)))))).................(((((.....(((........)))....)))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))....((((....))))............(((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........))))))).............)))(((....((((((....)))))).................(((((.....(((........)))....)))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...(((((....)))))...........(((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........>>))))))))..((((((....))))))..................((}}.....(((...]]]].)))....}})).((....(((((((....))))))).....))........((((....)))).....((......)).......))))))(((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((....))))))........(((((...(((((((....((((......))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....(((((.((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........((((((((((..((((((....))))))........(((((...(((((((....((((......))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....))))).((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))(((((..((((((....))))))........(((((...(((((((....((((......))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....))))).((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........))))))))))..((((((....))))))........)))))...(((((((....((((......))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....))))).((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((.(((.....((((((.....((((((....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....)))))..((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..((((..((((.((((.(((.....((((((.....((((((....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....)))))..((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..(((....))).)))).))).....)))))).....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....)))))..))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..))))..)))).)))).))).....)))))).....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....)))))..))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((....))))))(((....((((((...(((((((....((((..{{{{))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....((((((((((((...))))))).(((...)))......((((((....))))))...(((((((.........))))))).......................((((((....))))))........(((((...(((((((....((((..[[[[))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....)))))(((((((...))))))).(((...)))......((((((....))))))...(((((((.........)))))))............(((((((((..((((((....))))))........(((((...(((((((....((((..]]]]))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....)))))(((((((...))))))).(((...)))......((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))))))...((((((....))))))........)))))...(((((((....((((..}}}}))))...))))))).....(((((((....)))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).))).............((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((.(((.....(((((((....((((((....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....)))))..((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..((((..((((.((((.(((.....(((((((....((((((....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....)))))..((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..(((....))).)))).))).....)))))).....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..))))..)))).)))).))).....)))))).....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..)))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((((....)))))))))(((..(((.(((...((((((...((((((..))))))...))))..(((.(.((((((((..)))))))).))))..((((.((...(((..))).)).))))(((..(........)..).)).((((((...)))))).))...))).((..)).(((((((..)))))))..(((((((((......).))))))))..(((....)))((..)).(((((((((....))))))))))))..))).(((...((((((...((((((..))))))...))))..(((.(.((((((((..)))))))).))))..((((.((...(((..))).)).))))(((..(........)..).)).((((((...)))))).))...))).((..)).((((((((..((((((..(((((((((......).))))))))..(((....)))((..)).(((((((((....)))))))))(((..(((.(((...((((((...((((((..))))))...))))..(((.(.((((((((..)))))))).))))..((((.((...(((..))).)).))))(((..(........)..).)).((((((...)))))).))...))).((..)).(((((((..)))))))..(((((((((......).))))))))..(((....)))((..)).(((((((((....))))))))))))..))).(((...((((((...((((((..))))))...))))..(((.(.((((((((..)))))))).))))..((((.((...(((..))).)).))))(((..(........)..).)).((((((...)))))).))...))).((..)).))))))..))))))))..(((((((((......).))))))))..(((....))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((..(((.....(((((((....((((((.....((((.....((((......))))....)))).((....(((((((....))))))).....))........((((....)))).....((((..((((.............((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))........................................................(((((.....((((......))))....)))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))............................((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))........................................................(((((.....((((......))))....)))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))............................((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))..................................................................((((......)))).........((....(((((((....))))))).....))........((((....)))).....))))..)))).......))))))((((((...)))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........)))))))......))...)))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((.(((.....(((((((....((((((....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....)))))..((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..((((..((((.((((.(((.....(((((((....((((((....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....)))))..((((((..(((....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....((((..(((....))).)))).))).....)))))).....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..))))..)))).)))).))).....)))))).....))))))....((((((....((((......))))...))))))((....(((((((....))))))).....))........((((....))))...))))))..)))))).....))))))(((((.....))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..)))))