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UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGGGGUUUUACUCCGGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGACCCGGGACGAAACCCCCACGGGGCUGACGGUACCGGGGUAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACUUUCUCGGGUCCCGAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....((((..aaaaa..)))).((((.(((((..((((((((.....(((..((.((((..(((((.(((((.....)))))..)))))))))....((((......((((((((.(((..((((((((((((((((((((((((..))))))))))).)))))....((((....))))...((((...)))))))))))).)))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((..[[))))...))))))))((((((..........))))))((((((..))))))..)).)))......((.(((....(((((..)))))..))))))).))))))..((.((......(((....)))......))))....((((((((.((.(((....)))))..)).))))))......((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}})))))..)))))))))........]](((((.....((((((((((.(((((((.((((((((((.....((((((((...))))))))...))))))))..)))))))))...((((((((((.((((((((((((((((((((((((((....))))...))))))))))))))).......(((..))).)))))))))))))).)))...))))))))))...(((((((...(((.(((((.........))))).)))))))))).........<<<<<<.(((((((((((...))))))))))).<<<..))>>>....>>>>>>.))).(((((.((.(((((..))))))))))))...AAAAA(((((.(((((((.(((.(((((((((((((((((......((........))..........(((((((......((((((((...((((((((..))))))))..((((((..)))))).))))))))..((.(((...(((((.((....((((((((((..))))..(((((....)))))..)))))).....((((..((((..........((.....)).........))))......(((((...)))))........)))).....))..)))...)).)))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((....((((..(((((((((..)))))))))....))))....)))))))......((((((((((((........))))))))))))....))))))((.((((((((((........)))))))))))).)))...)))))))))).))....(((((...((((((((((((((((((((((...((.(((((......))))).))..))))))))))))))))))))))....)).))).....(((((((((....)))))))))........................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((..((((((.(((((((.(....).)))...(((((.......)))))..(((((..((.((((((.....)))))).)).))))).((((((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((((..(((..((.(((((((.........))))))).))..((((.(((.....)))))))..((((....))))......))).((.....(((((...((((....)))).((..((((((((((((((..((.....((((....)))).....((((((.((((((.((...((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...)))))))))..((((((....((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...((((.........))))....))))))...........(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))))))((((.(((((....)))))..))))...........)))))).))...)))))))))..((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))......(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).))....)))))....)).))))..((.(((....))))))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((........)))))...)))))))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))..)))))..........) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((((..(((..((((.(((((.....(((((.......)))))...((((((.((((((.(((.((((((((.(((((((((..(((((.....(((..(((((....))))).....((((((...((((((....))))))....)))))).)))..)))))(((((...((((((((((((((((((((.(((((((.(((((....(((..((((((((.......)))))))))))...........(((((((.........)))))))....))))).........)))))))...)))....))))))........(((....))).....))))).))))))...))).)).)))))))..))......((((((..((((.((....(((((...)))))....))))))..)))))).......)))))))).))).))))))..(((((((...((....)).....))))))).))))))))))))))).((((...((((((...(((((((...(((((((((.((((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((......)))....)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))))).))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))))))..((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((..(((((..((((((..(((.............)))..((((((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...))))).))..)).)))))))))....)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....)))).)))))).....)))))...))).))))))))).))))......))))))...((((.(((..(((((((((((((.....((((((...)).))))....)))))))))))))..))).)))).)))).......)))(((((((((....)))))))))))))))))))))(((...)))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((.........................(((((((...)))))))........................((((((((......(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..............)))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)...)))))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))))...........((((....))))............(((((.......((((...)))).........))))).....(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))...)))))))).............(((((((....(((((((.......................)))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).........................................((((......))))..................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).........................................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))...........(((((((........))))))).......................................................))))))))...........................(((((((((((((.........................)))))))))))))........................((((((((((....))))))))))....................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((........((((..(((((.(((((((((....(((......((...((....((((((...)))))).....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))...(((((...........................))))).....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((((...)).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...(((((((...)))))))....))..................((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((...........................))))))....(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.........(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).....((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((...))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((((...)).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((..................................(((......)))(((((((((((((((((..(((((((((((((((...(((((.((...........)).)))))(((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).)))))...((((((...((((((((((....))))))))))...))))))...............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........................((((....))))..........))))))..((((......((((....)))).....)))))))))))))..))))))))................(((((.(..((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))......((....)).))))))).)))))).((((.(((((....)))))..))))...............))))))))).......(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((..(...((((((((...(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))...((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...))))).))........))))))).)))..))))))......)..)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))...........(((((((.(....).))))))).....((((...((......(((((((..........))))))).....))...))))(((((((((((..((((((((...........(((((((((((((...(.((((((...)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))..)).................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((((.....(((((((...)))))))....)))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((....)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))...(((((...(....(((....)))....)....))))).....(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((........)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))((((.........))))...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...(((((((...)))).....(((.....))).......(((......)))(((((((((((((((((..(((((((((((((((..((((((.(((.........))).)))))(((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).)))))((.((((((...(((((((((((())))))))))))...)))))))).............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..).))))))..((((......((((....)))).....)))))))))))))..))))))))......((.....)).(((((.(..((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...)))))))))).....((((()))))))))))).)))))).((((.(((((....)))))..))))...............)))))))))......((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((...(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(....(((((((.(....).))))))).)...((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).))))(((((((((((..((((((((...((..))..(((((((((((((...(.((((((...)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))..))).)))....((...)).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............((((.....))))...........................(((((((.((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))...(((((...(......(...).......)....))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....(..(......))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((....(.).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))....................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((........((....))........)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).(.(((((....))))))..(((...)))..)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((...(..(............)..)....))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....(((((((....)))))))....((......))....))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((.(.....))))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))....................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..[[[[..)))..(((...)))]]]]...(((.[[[[)))......]]]].....(((((((((((((((((..(((((((((((((((.............(((..((((....))))((((((((((((...((((((....))))))....)))))).((((((((((((((....((((...))))((((.....((((((....(((((((((....)))))))))....))))))...)))))))).)))))..((((((.........)))))))))))(((((.(((.....)))))))).((((....))))..............))))))....(((((....))))).....))).))))))..((((......((((....)))).....)))))))))))))..)))))))).....(((((..(((((.(((((...[[[[[.....))))))))))..)))))..............]]]]]........(((((((((.(((((((...((((((((..(((((((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))...))))))))..((((..(((..(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))..(((......))).)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))))))))))).((((((..((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((...(((.(((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((...)))))........)))))))))....))))))))....)))...)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...((((....[[[[[..))))......]]]]]....(((......(((((((((((((.....((((........))))....)))))))))))))[[[[..)))..]]]].....(((..(((((((((....)))))))))[[[[[.))).....]]]]]..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((.((((((((((..(((((...))))))))).((.((((...(((((.((((((((((......)))(((((((((((((((((.(((.....(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))....))).)....(((((((.......))))))).(((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((..((((((((...((((((...((((.....((..(((((((((..((.....((((((.(((((....)))))...((((((.......(((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...))))))))(((((((...))))))).(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...)))..((((((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).......((((((.(((.((((((((((...))))))))))..)))...))))))...)))))).))))))((((.(((((....)))))..))))............))))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).))))(((((......)))))...(((((((....))))))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))).))).(((((((....(((.(((......))))))))).))))...((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...)))))))......))))....))))).))).)).))))))...))))))).)))))...)))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))...((((((........)))))).)).))))((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...))))))))...(((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((........)))))...)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))).((((((((....)))))))).)))))))))))((((...)))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((............................................(((((((((((((((((..(((((((((((((((..............(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).((....(((..((((((((.......)))))))))))......))...((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....)))))))))))))..)))))))).....((((................aaaaaaaaaa..aaaaaaaaa.aa))))AAAAA...AAAAAAAAA.AA.AAAAA.((((.((((.(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))....))))...))))))))))))).........(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))...((((((..(({{(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..))))))).....(((((...))))).....)).))))))))))..))}})))))).........)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........)))))))...............(((((.......((..[[((...<<.<<<..(((((((((((((.....((((........))))....)))))))))))))))>>>.>>))....]]...))))).(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((((.....)))))).)).))...................(((((((.((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((....)).....((.......)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))...(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.(((((...(..((((.....)).))..)....)))).))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((.......(((((((...(((((((....)))))))...((........))..))))))).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((......)))).)))..))))))...((.(((((...))))).)).....)))))))))......................)))))).....................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((...))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))............. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...))...............(((((.......)))))..(((..((((..(((((.....)))))..)).)))))................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....................(.......).))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).(((.(((((.(((.....))))))))..(((....))).......)))........((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..((((.((...(..((..(......)))..)....)))))..)..))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..............................(.....(((((.(.(((.((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))).)..((...((((.(((((....)))))..))))..))..............((((....))))...(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((.((...(((((........)))))..(((........))).)).))))......(..((((............(((((.((....))...((((......))))..)))))......((....((((((.((((..((.......))))))..))))))...((.(((((...))))).)).....))..(((((.....))))).)))).).....))))))).......))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..)))..)))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.(.....)))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))............. |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((((((((.((((((((.(((((..(((((....(((......)))))))).))))).)).)))))).))))))..(((.((((((((......(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((.(.(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((....((......))((.....)).((.(((((.....((..(((((((((..((.....(((((.((((((....)).)))).((((((......((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...)))))))))((((((...))))))..(((...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((...))).......)))))))..)))).))))...)))..((((((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).......((((((.(((.((((((((((...))))))))))..)))...))))))...)))))).))))))((((.(((((....)))))..)))).............)))))))...)))))))))..))....(((((..((((........)))))))))....)))))..))...((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))....))))))..).)))))))).(((((.(((((((((.(..(((......)))((.....)).....((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..(((.....))).......)))))))))).))))).......(((.(.(...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))..(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).).)....).))))..)))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((........)))))...)))))))))))))..))..))))..)))..........(((((((((....)))))))))))))))))))).(((...)))... |
|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((...)))).)).)..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((.(((..................).)).))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((((...)).))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))........... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((...)))).)).)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((...........................))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((.(.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...)))))))......)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((((...)).))))))...))))).))))))..))).))))...))).))).(((((((((((((....))))))))).....)))).)))........... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((...)))).)).)..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((.(((..................).)).))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((((...)).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))........... |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((...)))).)).)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((...........................))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((((...)).))))))...))))).))))))..))).))))...))).))).(((((((((((((....))))))))).....)))).)))........... |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((.(((((.((((((((.(((((..(((((....(((......)))))))).))))).)))).)))).))))).(((((.((((((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....(((...(((..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).((.....(((((...((((....)))).((..((((((((((((((..((.....((((....)))).....((((((.((((((.((...((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...))))))))).((((((..(((((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...((((.........)))))))..))))))..........(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))))))((((.(((((....)))))..))))...........)))))).))...))))))))).(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...))))).))..)).)))))))))....))))))))..)))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).))....)))))....))..)))..((.(((....))))))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((.....((((........))))....)))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((((((((.((((((((.(((((..(((((....(((......)))))))).))))).)).)))))).))))))..((((((((((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((.............(((........((((((((.........(((((((((.........((((((((((((....)).)))).((((((.(....((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...)))))))))((((((...))))))(.(((...(((((((.(..(((((((....(((((((....(((.(.....)))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))).))))...)))).((((((...(((((((.......((((.........))))....))))))).......((((((.(((.((((((((((...))))))))))..)))...))))))...)))))))))))))((((.(((((....)))))..))))............)))))).....)))))))))........(((((..((((........)))))))))....))))).)))...[[[[[[[[...(((((((....)))))))...[[[[))).]]]]..]]]]]]]]....))))))....)))))))).(((((.(((((((((.(.((((......))))).................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((...)))))..............(((.....)))........))))))))).))))).......(((.(((((.(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))...........(((((((........)))))))....(((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).).)).)))))))))))))))))).)))).(((..(((((((((((((...(.((((((...)).)))))...)))))))))))))..)))....................(((((((((....))))))))))))))))))))((((...)))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(((((...)))))......)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))...(((((...........................))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((....((((((....))))))....((........))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((........)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(((((...)))))......)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((.(((....))))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))...(((((...........................))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).......((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))).......))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...(((((((....)))))))...(((......)))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.(((((....)..)))).)...))))..))))))..))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))))))).))).............. |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((.(((((.((((((((.(((((..((..(....(((......))))..)).))))).).))))))).))))).(((((.((((((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((.((((.......(((((((.........)))))))(((.(.((((((((..(.((((((((.((((....))))......(((((...((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......((((..((((((.((...((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...))))))))).(((((((....((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))))))((((.(((((....)))))..))))..)))).))))).)))))))).((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))......)..))))...)))).).)))....)))).)))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((.(....).)))).)..)))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..(.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((................................................................................................................................................................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))....((((...(.(.............).....).))))......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(((.(...(((.(.........))))..................)))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((...))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((........)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).....))..........) |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..((...(((.(((..((((............................))))...((((.((((...(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(..............)..((....)...).)))))))..)).)))))))(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....)))))))))))))).))....)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))...(((((....(....................).))))).....(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((.(((((......((((((.....))))))....)))).)))....)))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.((((....(((((........))))).................).))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((..(((...(.......).)))...)))))))..((.(((((...))))).....)).))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((((((((....(.((((.(....).)))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).....))........... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((.(((((.((((...(.(((((...........(((......)))......))))).)....)))).))))).(((((.((((((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((...................(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))........(((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......))))).............((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...))))))))).((((((.....((((.(((...((((((.((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...(((.....)))......)))))))..)))).))))...)))...((((....))))...))))...((((.........)))).....))))))..........(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))........((((.(((((....)))))..))))..............((((((((.......((((((((((((......((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.(((((.(((((..((((.(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((...)))))..)..)).)))...))))...))))))))..))))....)))))))......)))))))).......))))......(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((..........)))))))............)))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((........)))).)..)))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((.((((....(((..(((((.(((((((.((..((..(((.....(((((((((((((((((..((((((((.((((((....((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))......)).))))...((..((.(((((.(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((.((.(((.(((....)))..)))..))))..))))).))..))..))))))..((((......((((....)))).....)))).))))))))..))))))))..((.(((((..(((((.(((((...((....))..))))))))))..))))).))............((....))....(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))))))))))).((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).......)))..)))).))))))))))))..))).....(((((..((....))..)))))...((((..((..(((((((((((((...(.((((........)))))...)))))))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
