CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00389



RNA: RFA_00389
Rfam family: Hammerhead_3

GAAAGGUCUGUGCUUAGCACACUGACGAGUUCCUGAAAUGGAACGAAACCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((...))))).......(((((......)))))....))))))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))..
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((.)))))).......(((((......)))))....))))))
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...)))))..))...(((((......)))))....))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...)))))..))...(((((......)))))....))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...)))))..)))(((((((((..)))))))))...)))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((...)))))..)))..(((((......)))))..........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...)))))(....).(((((......)))))...)))))))
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...)))))(....).(((((......)))))...)))))))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.....)))(......).(((((......)))))...)))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((.(...))))))...)))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((....))))...(((((......)))))...)))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((((.))))))........(((........))).....))))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.(..........))))(((((......))))).).)))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........................................)))))))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((...))))...))...(((((......)))))....))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.....)))).......(((((......)))))...)))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.....)))).......(((((......)))))...)))))))