RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00396

RNA: RFA_00396
Rfam family: Hammerhead_3

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))..
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((((.)))))).......(((((......)))))....))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((...)))))..).....((((......))))....)))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((...)))))..).....((((......))))....)))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...)))))........(((........)))....)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((...)))))..).....((((......))))....)))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))).
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))(....).(((((......)))))...)))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.[[[[[[[))...]]]]..]]]...((((......))))(((.....)))
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((........................................)))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))........((((......))))...........
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((...)))))......(.((((......))))).).)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........................................)))))))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).(......((((......))))...))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.....))))........((((......)))).....))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.....))))........((((......)))).....))))).

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