RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00402

RNA: RFA_00402
Rfam family: Hammerhead_3

			GAUGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUAUGAAAUGAGACGAAACUCAUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..((((...))))........((((........))))...)))))..
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((...)))))..)))..((((........)))).....)))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))................(((((......))))).
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((((...)))))..)))..)))......(((((......))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((((...)))))..)))..)))......(((((......))))).
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((......))((......)).((((........))))...)))))).
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))................(((((......))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))................(((((......))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))........(((((......)))))...)))))))
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....)))).......((((........))))...)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....)))).......((((........))))...)))))).

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