RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00416

RNA: RFA_00416
Rfam family: Hammerhead_3

			CAAAAGUUUGGGCUAAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((....))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))..
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))).......(((((......)))))..))))))))
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Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))).......(((((......)))))..))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((((....))))).......(((((......)))))....))))))
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))).......(((((......)))))..))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))).......(((((......)))))..))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))).......(((((......)))))..))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))).......(((((......)))))..))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..)))))))...((((((((((..)))))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((....))))........(((((......)))))..))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..)))))).......(((((......)))))..))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((..((((....)))))))..)).(((((......)))))..........
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..))))))...((..[[[[[....))]]]]]..))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....)))))(....).(((((......)))))...)))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))))
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))))
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....)))).(....).(((((......))))).)))))))))
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))).......(((((......)))))..))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((....))))).......(((((......)))))..........
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((....))))).......(((((......)))))..........
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RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((((..))))))........(((........))).....))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))........(((((......)))))...)))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((...).))))(((..)))((((......))))..)).))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........................................)))))))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((....))))...))(..(((((......)))))...)))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((....))))........(((((......)))))..))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))

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