RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00425

RNA: RFA_00425
Rfam family: Hammerhead_3

			ACAGAGUCUGACAAACCGUCACUGAAGACGUUCAACUUGCGUUGAACAGAAACUCUGC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((............))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))(((..(((((.......)))))...)))..)))))).
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......((((......)))).(((((....))))).))))..))))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((((.)))))).......(((((..........)))))....))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.....))))........(((((((....))))))).)..)))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........(((......)))(((((((....)))))))))..)))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........((((......))))((((((....)))))).....)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.....))))........(((((((....))))))).)..)))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.....)))).......(((((..........)))))...)))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....)))).(((.[[[[[)))....]]]]]........)))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........(((......)))(((((((....)))))))))..)))))).
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..(((.....)))........((((....(......)))))...)))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))(....).(((((..........)))))...)))))))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))(....)..(((((((....)))))))....)))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))(((...(((.........)))....)))..)))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.....))))........(((((((....)))))))...........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((((.))))))........(((............))).....))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......((((......))))((((((....))))))))))..))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((..))((((......))))((((((....))))))))))..))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((............................................)))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..(((.....))).........(((((((....)))))))....)))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).

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