RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00597

RNA: RFA_00597
Rfam family: Telomerase-vert

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...((((((((((((((((((((((....................................(((((.......(((((((((........[[[[[[[[[))))))))).)))))...........................]]].]]]]]]..)))))))))))))))).)))))(((((((................((((((((((((...........((((..(((((..........(((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....))))........))))).)))).........)))))))))))).......)))))))..............(((((((((((.........(((((((((........))))..)))))...))))))))))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((.(((((((((((((..((.......(((((.....(((..(((....))))))..((((((....(((((.((((((.(((((.......))))))))))).)))))..(((........)))..))))))......)))))..))..))))))))))))).)))))(((((((((((...((........))((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).)).............((((((((((..((......(((((((((((........)))))..))))))))..).))))))))).....)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((((((((((((((((((((......(((..((((..(((.((((((..((((((((...........))).)))))((((((.(((.......))).))))))))))))..((((...)))))))))))))).............)))))))))))))))))........(((((((((..(((...((((.(((((((..(((((....((.((((((............)))))).)))).)))))))))).(((....))).))))((((.(((((((((..((((.....)))).(((....))).))))).))))))))......))).....)))))))))..))))...)))..(((((((((.((((((......(((((((((((........)))))..))))))..))))))))))))).))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.((((................................................(((((((((.................)))))))))..............................................))))))))))))))))))...(((((((......................(((((..........((((((..(((((.......((.(((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....)))).....)).))))).))))))........))))).............)))))))..............(((((((((((........((((((((((........))))..))))))..)))).)))))))........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((..((((((....(((....................((((((......(((((((((.................)))))))))))))))((.........)).....)))))))))...........))))))))))))))))).)))))(((((((((((..............(((((((.(((....)))...(((((............)))))((((.(((...(((((..(((....)))...)))))....)))))))..((((.....))))..............................)))))))...))))))..)))))..........(((((((((((...(((((...(((((((((((........)))))..)))))).)))))))))))))).))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................(((((((((.................)))))))))...................................................................................................................................((((((((.((((...(.....................)....))))))))).((((.....))))....))).....................................................................................((((........))))..............................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((((((..((..(.....(((.......(.(((.....))))((((((.......((((((((.................)))))))).))))))...................))).........)..))..))).))))))))))))).)))))((((((........((((.((...(((((((..(((....)))((((((((............)))))).))......))))))).......))...))))........((((((...(((((((((..(....(((.......))).........)..)))))))))...))))))))))))...........(((((((((((((((......(((((((((((........)))))..))))))))))).))))))))).)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((.(((((((....(((...(...((((.....))))((((((......(((((((((.................)))))))))))))))((((.....))))...).)))))))))........)..))))))))))))))))).)))))(((((((((((.............((((((((((((....)))...(((((............)))))((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))..((((.....))))....(((....)...))..(.......).)))))))))..))))))..)))))..........(((((((((((...(((((...(((((((((((........)))))..)))))).)))))))))))))).))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((..................................................((((((......(((((((((.................))))))))))))))).....................................................)).........((............................((...((..(..(((....(((((.......((((((((.((((...((((..............)).))....))))))))).((((.....))))....))).)))))...))).).))...))...................)).................((((................((((.((((........))))...))))...........))))........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((((((((...........(((...[[[.......)))..]]](((.[[[[))).(((((((((.................)))))))))]]]].....(((...[[[[.)))......]]]]...........)))))))))))))))))........(((((((((...............((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..(((((..(((....)))...)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).........(((....[[[[[[[[[.))).......(((((((((((........)))))..))))))......]]]]]]]]]......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((((((((((((((((((((..........(((((((...((((....))))...))))))).(((((.(((.(((.(((.......))).)))))).))))).(((........))).))))))).............))))))))))))))))).)))))(((((((((((....(((.((...(((((((..(((....)))((((((((............)))))).))......)))))))...(((......))).(((((.((((((((..((((.....)))).(((....))).)))).)))))))))...)).))).....))))))))).)).............((((((((((((((......(((((((((((........)))))..))))))))))).)))))))))......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((...................................((((((......(((((((((.................)))))))))))))))......................................))))))))))))))))).)))))(((((((((((.............(((((((..(((..........(((((............)))))[[[[.[[)))))))))).(((....)))...........<<]]]]]]..((({{{{{{{))).............................}}}}}}}....))))>>)))))))............(((((((((...(((((...(((((((((((........)))))..)))))).))))))))))))))......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((...(........................(((..((......(((..(.....((((((((((....((.....))....)))))))))).))))..))))...)............((.......))........)..)))))))))).......((((((((..................((((((((....(.((((((((((..(((((......(((((((((.((((.((((((...((....))....))))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))).))))))))))).)..))))))).........))))))))............((((((((((((((.......((((((((((........)))))..))))).))))).)))))))))......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((..((((((....(((...((((((...((((....))))...))))))..(((((..((((((.(((.......))).)))))).))))).(((........))).)))))))))...........))))))))))))))))).)))))(((((((((((....(........(((((((..(((....)))((((((((............)))))).))......)))))))..((....))......((((.(((((((((..((((.....)))).(((....))).))))).))))))))........).....))))))))).)).............(((((((((.((((......(((((((((((........)))))..))))))..)))))))))))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((((((((((((((((((......(((.............))).....(((((((......((((((((...{{{{{{{.......)))))))))))))))....((((...))))..))))))))))).......[[[[[[[..))))))))))).)))))(((((((............((((.(((((((..(((((....]]]]]]].....))))).....((((..))))....))))))).((((..)))).))))......((((((((...(((((((((.......((((..)))).}}}}}}}.......))))))))))))))))))))))))............((((((((.(((((((....(((((((((((........))))..))))))))))))))))))))))......
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.((((........((..(......................((((((.......(((((((((........(....)...))))))))).))))).........).....................)..))....))))))))))))))))))...(((((((..................(((.(((((..........((((((..(((((.......((((((((.((((..(((((..............)).)))...))))))))).((((.....))))....))).))))).))))))........))))).))).........))))))).....(......(.(((((((((((........((((((((((........))))..))))))..)))).)))))))...)...)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.((((........((..(.......................(((((.......(((((((((........(....)...))))))))).)))))...(......)....................)..))....))))))))))))))))))...(((((((..................(((.(((((..........((((((..(((((.......((((((((.((((..(((.(..............)..)))...))))))))).((((.....))))....))).))))).))))))........))))).))).........))))))).....(......(.(((((((((((.........(((((((((........))))..)))))...)))).)))))))...)...)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((((..((.......(((((.....(((..(((....))))))..((((((....(((((.(((.((((((((.......))))))))))).)))))..(((........)))..))))))......)))))..))..))))))))))))).)))))(((((((((((...((........))((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..(((((..(((....)))...)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).))......)))....((((((((((((((......(((((((((((........)))))..))))))))))).)))))))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((..((((((....(((..(((((((...((((....))))...))))))).(((((..((((((.(((.......))).)))))).))))).(((((...)).))).)))))))))...........))))))))))))))))).)))))..(((((((((.............(((((((..(((....)))((((((((............)))))).))......))))))).(((....))).....((((.(((((((((..((((.....)))).(((....))).))))).))))))))..............)))))))))..............(((((((((((.((((......(((((((((((((...)).)))))..))))))..))))))))))))).))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((.((((.................................................((((((((.................))))))))......................................((..))...)))))))))))))).......(((((((........................(((..........((((((..(((((.......((((((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....))))....))).))))).))))))........)))(..)...........)))))))..............((((.((((((.........(((((((((........))))..)))))...)))).)).))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((..((.......(((((.....(((..(((....))))))..((((((....(((((.((((((.(((((.......))))))))))).)))))..(((........)))..))))))......)))))..))..))))))))))))).)))))(((((((((((...((........))((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).)).............((((((((...(((..(...(((((((((((........)))))..)))))).)..)))))))))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((((..((..(((((((..((((...((((((...((((....))))...))))))((((((((.................))))))))..))))((((((...))))))......)))))))....(....).))..))))))))))))).)))))(((((((((((...((........))((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).))......)))....((((((((...(((..(...(((((((((((........)))))..)))))).)..)))))))))))......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((..((((((((((((.(..((...(((..((((..)))))))(((.((...((.((((((((((...............))))))))))))....)))))(((...))).).)..))))))).)..........))))))))))))))))..)))).(((....((.((((((..((...))..(((((.(((...((((((((((..(((........))).(((((.(((((.((((((..).((......))))))))..)))))))))((((((...))))))...((((..))))...((...)).)))))).)))).)))))))).....))))).).))...)))((((((((((((.......(((((((((((........)))))..)))).)))))).)))))))).)))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................((..(...((.(..(.))..))..)...).)............................................................((.......(.(((...................................(.....)..................))).).........))....(.((......................))...)....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((..((...........................................................................................((..........)).....................))..))))))))))))).)))))(((((((((((...............((((((.(((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))............))))))....))))))))).))......)).....(((((((((...........(((((((((((........)))))..))))))......)))))))))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((((..(...........((......))........(((((((..((((((.....((((.((((((.(((((.......))))))))))).))))...(((........)))..)))))).....)))).))).)..))))))))))))).)))))(((((((((((...((........))((((((.(((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..(((((..(((....)))...)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))............))))))....))))))))).))......)))....((((((((((..((......(((((((((((........)))))..))))))))..).)))))))))......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((........)))))))))..((((.....((((...((((....))))...)))).(((((((((.................))))))))).)))).((((.....)))).((((............))))....(((......)))..(((((...(((((((((((((............))))..((((....))))...((((((............)))))).((((......))))........)))......((((.(((....)))..(((.....))).((((.((....)))))).....))))....))))))..(((....))).)))))...........(((((((((..(((.........))).((((........)))).((((.....)))).)))))))))......

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