RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00598

RNA: RFA_00598
Rfam family: Telomerase-vert

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((((((((((..(((((((((((.....................................(((((........(((((((((........[[[[[[[[[)))))))))...)))))....................]]].]]]]]]..))))).))))))))))))))))(((((((...........(((((((....((((((((((............(((((.((((..(((....)))....))))))))).((((.....))))..........))))))))))........))))))).................)))))))...........((((((.((((..........(((..((((........))))...)))....))))))))))........
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((.(((((((...(((((.(((..(((((....)))))...(((((..........((((..((((((((((.................)))))))))).((((((((..(((.((((((((........)))..))))))))..)))))))).))))((((((((((((..(((((.((((..((((((((..(((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))..)))..)))))..))))...)))))...)).....))))))))))...)))))..))))))))..)))).))).)).(((.......(((((((.........)))))))))))))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((((((((((.((((..................................................(((((((((.................)))))))))........................................))))..))))))))))))))..((((((((.........(((((...(((((((..(((((.........((.(((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....)))).....))...)))))....))))))).....)))))...............))))))))...........(((((((((.(........((((((.((((........))))..))))))..))))))))))........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((..((((((..............((((((....)))).))..........(((((.......((((((((((.................))))))))))..)))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))...((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......(((((.((((..((.(..((((((...(((.......)))))))))..).))))))..))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....)))))))))...............(((((((((.....(..((.(((((........)))))..))).....)))))))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................(((((((((.................)))))))))................................................................................................(((((........(((((((((.((((................))))))))).((((.....))))....))))..)))))............................................................................(((.(((((........)))))..)))......................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....((((((....))))))..)))......(((.......)))(((...........(((((.......(((((((((.................)))))))))..)))))((((((((((.(((((..........(((((((((((........)))))...((((((((((....(((((.(((((((....(((.((((((.......(((((.((((.((((..(........).)))))))).....((((.....))))....))))).)))))).)))........))))))).)))))..........)))))..)))))........))))))(.......))))))(((..((((........))))...)))...)))).))))))....))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...........(..(((((((())))))).)..).......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......(((((.((((..((.(..((((((...(((.......)))))))))..).))))))..))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))............(.(((((((((.(...(..((.(((((........)))))..)))...).))))))))).)......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((....(..............................................((((((.....((((((((((.................))))))))))))))))..........................................)....)).........((.....................((((((....(((......(..((((((((.((((..(((.......).))))))))))).((((.....))))....)))..))))....)))..))).............................))..............((((................((((..((((........))))...)))).........))))........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((..........(((..(((((....)))))............((((((......((((((((((..(((.....)))....)))))))))).))))))))).(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).((((((((((....(((((.(((((((....(((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))........))))))).)))))..........)))))))))).......(((((((.[[[.))).))))....]]](((((.[[[[[[.)))))((((....)))).]]]]]]........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....))...(((((....))))).((....))...((((((......((((((((((.................)))))))))).)))))).....((.((((((((........)))..))))))).))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))........((((((((....((........(((.(((((........)))))..)))...))..)))))))).......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...............(((.........)))...........((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..))))))..((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......(((((.((((..((....((((((...(((.......)))))))))....))))))..))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....)))))))))...............(((((((((.......(((.(((((........)))))..))).....)))))))))........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((((..(..........................((.(........(((((.(.....((((((((((....((.....))....)))))))))).)))))).)))...........((.......)...).....)..))))))))))).......(((((((.......(((((((((.(((((((((((((((.......(((((((((.((((..(((.(...))))..)))))))))..((((...)))).....))))).)))))))))))))).....))))))))).............)))))))...........(((((((.((.(((.......((((((((((........)))))).))).).)))))))))))).......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....))...(((((....))))).((....))...(((((.......((((((((((.................))))))))))..)))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))........((((((((....((.........)).(((((........))))).((......)).)))))))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...............((((((..))))))............((((((......((((((((((.......[[[[[[[...)))))))))).))))))........((((((((........)))..)))))...))))))..)))))).((((((((((......((((((((((...((((((((..........((((((........))))))........))))))))....))))))))))(((((]]]]]]]..((((((...)))))).....))))).................))))))))))........((((((((...........(((((..(((((........))))).......))))))))))))).......
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((((((((((..(((.......((..(.........................((((((......((((((((((........(....)...))))))))).)))))))........................)..))...)))...))))))))))))))..((((((((.....(((.(((((...((((((((((((((.........((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....)))...))))).)).))))))).....))))).)))...........))))))))....(....(.(((((((((.(........((((((.((((........))))..))))))..))))))))))...)...)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((((((((((..(((.......((..(.........................((((((......((((((((((........(....)...))))))))).)))))))........................)..))...)))...))))))))))))))..((((((((.....(((.(((((...((((((((((((((.........((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....)))...))))).)).))))))).....))))).)))...........))))))))....(....(.(((((((((.(.........(((((.((((........))))..)))))...))))))))))...)...)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....((..(((((.......)))))..))......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....))..((((((((........)))..)))))...))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))...((((.[[[[[[[[))))..........(((.(((((........)))))..))).......]]]]]]]].......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...............(((((....)))))........................((((((((((..(((.....)))....))))))))))...........(((.((((((((.(.....))))..))))))))))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..)))))))))(((((.....)))).)..))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))........((((((((..................(((((........)))))............)))))))).......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((.((((...................................................((((((((.................)))))))).................................((..))..))))..))))))))))......(((((((............(((...(((((((..(((((.........((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....)))...)))))....))))))).....)))(..)..............)))))))...........((((.((((.(.........(((((.((((........))))..)))))...))))).))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....((..(((((.......)))))..))......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....))..((((((((........)))..)))))...))))))..)))))).(..((((((((((.((..(.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)..))..))).....)))))))..).......(((.((.(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))).).).)))
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(.(((((..(((((((((.(((((...(((((....)))))((((...((.....))....))))..)))))..........((((.(....((((((.....((((((((..(((.((((((((........)))..))))))))..))))))))((((((..((.....(((.((..(.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)..))..)))....))..))))))........(((((((.....)))).)))..))))))....).))))))))))))).))))).).((((....))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..))(((((((((((((((..((((.......(((((((..)))))))(((..)))...((((((..)...(((((((((((...............)))))))))).).)))))))).)..(((((((((........)))..)))))).)))))))))))))))......(((((((((((.((...(((((..))).))....)))))))).))))).((((.((((.............))))))))((.(((((((.((...(((((((.((..((((((((.(((((((..(.............)..)).))))))).((((((.....((..))...(((..))).))))))...))))))..))))).....(..).....)))).)))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................(....((......((......................).).......)).)..........................................................................................(.((.............((..(.......)..))....)).)........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...............((((......)))).........................(((((((((.................)))))))))............(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).(..((((((((((.((..(.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..))))..))))))).)..))..))).....)))))))..)...............................((.(((((........)))))..)).......................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....((..(((((.......)))))..))......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....))..((((((((........)))..)))))...))))))..)))))).(..((((((((((.((..(.(((((.((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))...))))).)..))..))).....)))))))..)........((((((((....((........(((.(((((........)))))..)))...))..)))))))).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((......((((....))))......))).(((((....)))))....(((((...(((((.(((((((.......)))))))...((((.....))))........))))).(((.((....))))).........))))).(((((........)))))........(((((.......(((.......))).((((........)))).))))).((((.(((...............))))))).((((((((.....))))....((((.(((((.....)))))...(((..................))).))))............(((((((.....))).)))).(((...(((((........)))))..))).)))).((((....))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((....)))))).....(((...(((((....))))).(((....ddddd.......)))...)))....DDDDD....((((.cccc))))..(((...)))C.(((.{{{{......)))......CCC}}}}.(((((...<<<<<))))).....(((..bbbbbb....)))...........(((((........BBB.BBB)))))...(((eee...eeeee.......)))...(((EEE..)))((((.....ffff.(((((.....)))))...fff))))...EEEEE......FFF.FFFF.>>>>>...(((aaaa.....)))(((.AAAA....)))(((((.[[[[[[.))))).(((....)))..]]]]]]........

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