RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00600

RNA: RFA_00600
Rfam family: Telomerase-vert

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((((........................................(((((.................................(((((((((........[[[[[[[[[)))))))))...)))))................................................]]].]]]..]]].........))))))))))))...))))..((((((..................((((((((((............((((((((.((((.......(((((.((((..(((....................)))..))))))))).((((.....)))).......)))).))))))))......))))))))))......))))))...............((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....)))))))))........
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((.....((((((((((((..(((((..((((.(((((.((((((((((((........(((((((.........)))))))(((.((((((.................)))))).))).)))))))).(((((((((.(((..((...............(((((.((((........)))).((((.((.......)))))).)))))((.((.((..(((((...)))))...)).))))...))))).)))))))))))))))))).(((.....)))(((((.(((((..((((.(((((....)))))))))...))))))))))...(((...(((((((((...)))))))))..))).)))).....)))))...)))))).((..((.........))..)).))))))....)))))..((((..(((((......)))))..)))).......)))))..........
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((..........................................................................(((((((((.................))))))))).........................................................................))))))))))).)))..........(((((((......................(((((.............(((((((.((((....((.(((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....)))).....)))))).))))))).......)))))..........)))))))...............((((((.(((..........((((((..((((........))))..))))))...)))))))))........
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................((.((((((.................)))))).))................................................................................................................................................................(((((((((.((((...(((.................)))....))))))))).((((.....))))....)))).............................................................................((((..((((........))))..))))......................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((...(((.....((.......))....)))....))..))))......(((((((.........(((((((.........)))))))(((.((((((.................)))))).)))..))))))).((((((((.((((...((((.....((((....(((.............((.......))((((.((.....)).)))).......)))....))))..)))).......(((....))))))))))))))).(.(((.(((((...(((((..(((..(((((..(((((((((....))).))))))...))))).)))..((((.....))))..(((((((...((((((((...(((((.(...(((....((......(((.........)))..))....)))..).)))))...))))))))))).)))).....)))))........))))).))).)....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((..((.((((((.(((((((.....((....))..((((((((((((........(((((((.(((()))))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))).))).................(((.((((........)))).)))()))))).))))))).))))...)))).(((((((....(((........))).((((((((((.((((.(((..((((.(((.((((.((.((((((((.(((((.((((((((((....))).)))))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))).))))).)))))))))))).............(((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.....((((((((((....(((((((((((((...(((((..((((....)))).)))))..((((.....))))..))))))))((((((((.((((..((((((.......)))))))))).(((....))))))))))).........))))).....)))))((((....))))....)))))...)))))).)))))...))))......((((..[[[))))....]]].(((((..(((((((((.....((((.(((.((((....((((((((.(((((..(((((((((....))).))))))...)))))))))).((((.....)))))))....)))).))).)))).....))))).))))..))))).(((((........(((((.[[[[[[[..)))))..)))))..((((..(((((......)))))..))))........]]]]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((.(((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))).))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..)))))).)))))...)))).(((((((......(((......))).((((((((((.(((((.((..((((.(((.(((....(((((((((.(((((.((((((((((....))).))))).)).)))))))))).((((.....))))....))))))).))).))))...))))))).))))).)))))))))))).............(((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.((((.......................(((......(((((.((((((((((((........(((((((.........)))))))(((.((((((.................)))))).))).)))))))).(((((((((.(((..............................................................(((((([[.[[...))((((.....))))......]]]]..))))))))))))))))))))))))).{{....)))}}(((((.(((((..(((((((((....))).))))))...))))))))))........(((((...(((((((...((((((((...(((((................((((............))))..............)))))...))))))))))).)))).)))))........)))))))))..........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((..((.((..........................((((((((..((..........(((...................((((((((((.....((....))....)))))))))).)).)....))))))))...).)......................((..((..........))..))....)).)))).))...).............((((((..................(.(((.(((.((.(......(((.(.(((((......(((((((((.((((.(((((..((((......))))).))))..)))))))))..((((...)))).....)))))..)))).).))))..)).)))).......)))))))))..............((((((((((............((((((((((((........))))))))))..))))..))))))))......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((.(((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((..(....).)))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))).))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..)))))).)))))...)))).((((((.......(((......))).((((((((((.((((.(((..((((.(((.(((....(((((((((.(((((.((((((((((....))).)))))).).)))))))))).((((.....))))....))))))).))).))))...))))))).))))).))))).)))))).............(((((((.(((.((.....))..((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..(((((((.........((((((..(((....((((((((.[[[[....[[[[[[[[.....(((((((.(((..)))))))))))))))))).........((((..((((((.......)))))))))).]]]]]]]].......]]]]..............)))...))))))...........{{{{{{{{{.)))))))((((..((((..(((((((((((...))))).......((((((((((.(((((((((..(((((((((((((...}}}}}}}}}.......)))))..(((((..)))))))))...))))....))))))......(((((((((...)))))))))))).......)))))))))).))))))(((((........(((((..........)))))..)))))........(((((......))))))))).....)))))))))..........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.........((..(.....................(((((((......(.........................(((((((((........(....)...))))))))).))))))).........................)............................)..))......))))))))))).)))..........(((((((..................(((.(((((.............(((((((.((((....((((((((.((((..(((((..............)).)))...))))))))).((((.....))))....))))))).))))))).......))))).)))......)))))))....(.........(((((((.(((..........((((((..((((........))))..))))))...)))))))))...)...)
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((..((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))..))))..))))......(((((((.((((........)))).))).)).))..))))))).))))...)))).(((((((.......((......))..(((((..((((..((((((..((((.(((.((((.((.((((((((.(((((.((((.((((((....)))))))).)).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))..))))..)))))))))))).......(((((.[[[[[[[..))))).........((((..(((((......)))))..))))........]]]]]]].......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((.(((((((.(..(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).))).)))))))).))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..)))))).)))))...)))).(((((((......(((......))).((((((((((.((((.(((..((((.(((.(((....(((((((((.(((((.((((((((((....))).)))))).).)))))))))).((((.....))))....))))))).))).))))...))))))).))))).))))))))))))((.(.[[[[.)))(((((((.(((((((...)))).((((..(((((......)))))..)))).....))))))))))...]]]]
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((...........................................................................((((((((.................))))))))...............................................................((..)).....))))))))))...............(((((((........................(((.............(((((((.((((....((((((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....))))....))))))).))))))).......)))(..)........)))))))...............((((.(.(((...........(((((..((((........))))..)))))....)))).))))........
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((..((.((((((((((..(((((((((((((((...(((((..((((....)))).)))))(.((((.....)))).))))))))).((((((..((((..((((((.(...).))))))))))((((....))))))))))..........))))).))..)))))((((....))))....))))))).))))))).))))...)))).(((((((......(((......))).(((((..((((..((((((..((((.(((.((((.((.((((((((.((((((.(((.((((((....))))))))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))..))))..))))))))))))..........(..(((((((.((((((.....))).((((..(((((......)))))..)))).....))))))))))..)....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((.((((..(((((((((..)).))(((((...).))))(((..........)))(((((..((((((...((((((((((((((...(((((((((((((((((((.(((((.........)))))..........))))))))))...................)))))))))..))))))))).).))))..(((((((((..(((((((.(.((((((((..(((..(((((.((((.((((..)).))))))((((((((((.((..))).))))))...(((.(.(((((((((((.((((((..)))))))))).))))))).)))))))(((..))).))).))..)))))))))))....).)..))))))))).).))))))).))))..))))).))))).(((((.(((........)))))).).))))))))))))..)(((((((........)))))))........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................((.(........((..(............((........))..............................).))....).............))................(..(.....................)..)...................................(.(((................((.(...........).))..))))........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((...(.(((((.((((..(((((..((((((((...(((((..(((......))).))))).................))))))))...............((((((.......))))))..................................))).))..)))).................))))))..)))))).)))))...)))).(((((((...................(((((..((((((((.(((..((((.(((.((((.((.((((((((.((((((.(((..(((((....))))).))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))).))))..))))))))))))..........(..(((((((.(((.((.....))..((((..(((((......)))))..)))).....))))))))))..)....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((..((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))..))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..))))))).))))...)))).(((((((.......((......))..((((((((((.(((((.((..(((..(((.(((....(((((((((.(((((..((((.(((((....)))))))))...)))))))))).((((.....))))....))))))).)))..)))...))))))).))))).)))))))))))).............(((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......

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