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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00601



RNA: RFA_00601
Rfam family: Telomerase-vert

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Reference structure (ext) [ sec struct ] .................((((((((((((((.(((((..........................(((((((((.....(((((.......(((((((((........[[[[[[[[[)))))))))..)))))....))))).))))............................]]].]]]]]]...)))))...))))))))))))))..(((((((......((((((((..((((((...(((((........(((((.((((..(((...............)))...))))))))).(((((...))))).......))))).....))))))......))).))))).....)))))))...........((((.((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))..))))........
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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................((((..((((.....(((((((.....))))))).......(((..(((.....))).....((................................((............((......)).....)))).)))...........(((...((.....)).....)))(((((.((((..((((((((....))))).)))...)))))))))..(((.....)))...)))).)))).........................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((...(((((((((((..((((((((((.............))))))....(((((((((.....((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))....)))))).))).....))))........((((........((.(((((...))))))))))).))))))))))).((((((((((((((((((.....((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....)))))))).....)).))))))...)))))).)))...)))))))))..((...((((.(((((((((.....(((((.((......)).)))))))))))))).))))...))..))))...)))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((((.(((((....................................................(((((((((.................)))))))))..............................................................)))))...))))))))))))))..((((((((.........((((..(((((((..(((((.....((.(((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....)))).....)))))))....))))))).....))))..........))))))))...........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((((.(((((..........................(((((((((.....((((((......(((((((((....((.....))....))))))))).))))))....))))).)))).........................................)))))...))))))))))))))..((((((((.....(((.((((..(.(((((..(((((........(((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....)))).......)))))....))))).).....))))...)))....)))))))).........(.((((.((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))..))))).......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((........((((((((((((.((((((((((((((((.....((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).....))))))..........))))))).)))..))))))))))).(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.(((((..((((((((.((((((...((((..(((.((((.....)))).))).))))...))))).....).)))))))...))).)))))))))).)))))))))....)))))))))...(...((((.(((((((((...((.(((.......))..).))...))))))))).))))...)....).....)))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((((..(((((((..........................(((((((((..(..((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))))).))).........................................))))).))...)))))))))))..((((((((.....((((.(((.(((((((...(((((((......(((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))...))..))))).....)))..))))...))).).)))....))))))))...........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((...(((((((((((..(.(((((((((((((.....((.((((..(..(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))..)....)))).)).....))))))..........)))))))..)...))))))))))).(((((((((..((((((((....((((((.....((.....(((((((((((.(((((((((...)))))).((((.....)))).......((((.....))))))).)))))))...)))))))))))).))).)))))......))))))))).......((((.(((((((((.((....((........))...))...))))))))).)))).......))))...)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....(((((((((((((((.((((((((((((((((.....((.(((((.(..(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))..)...))))).)).....))))))..........))))))).)))..))))))))))).(((((((((.(...(((((....((((.((.(((((.(((((.(((((((((.(((((((..((((..(((.((((.....)))).))).))))..)))))))......)))))))..)))).)))))))))).))))))))).)..)))))))))..((...((((.(((((((((.((((.(((.......))..).)).))))))))))).))))...))...))))..)))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((.(((...................................(((((((((.(...((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))...)))))).))))....................................................))).))))))...((((((((.....(((.((((.(((((.....(((((.....((((((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).........)))))...))))..)))....))))))))...........((((...............(((....((((........))))....)))..........))))........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((..(((....................................((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...))))))).)).....................................................)))..))))....((((((((.....(((.((((.(((((.(...(((((.....((((((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)...)))))...))))..)))....))))))))...........((((..............((((((..((((........))))..)))))).........))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((..((((((((((((((((((((((.((((((.............))))))....((((....)))).))))))).)))))))...(((.(((((((((((((...)))))))).))))))))...)))))))).)))...)))...((((...[[[[[[................))))..]]]]]]((((.((((....((((((((((((......(((..((((((....(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....))))))))........))))))..))).....)))...)))))))))........(((.(((((((((.((((...))))((((....))))...))))))))).)))))))..))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((...(((((((((((.((((((((((((((((.....((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).....))))))..........)))))).))))..))))))))))).(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.((.((.(((((((((((((..((((((((....))))).)))...))))....(((((((...))))).)).))))).)))).)).)).))))))).)))))))))....)))))))))..((...((((.(((((((((.((((.(((.........))).)).))))))))))).))))...))..))))...)))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.........(((((((((((.(((((((((((({{{......((.(((((.....((((((((..(((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))).)))..........))))).)).........)).....}}}..)))))).))))..))))))))))).(((((((((..((([[(..(((.dd((((..cc(((.bb.bb.....((((((((eee(((.((((..aa))))<<)))..>>))).AA.........EEE........))))))))...BB.BB))))CC.))))DD)))]]....))))))))).......((((.(((((((((...((..((.......))....))...))))))))).))))..............)))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((((((((((((((((............................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................(...((.......))...).....)).))).))))))))))))...((((((((.((((((((...((((((((((((((((.....(((((((((.((((.(((((((((....))))).))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))).)).)..)))))))).)))))))).....))))))))........((.(((((((((((.......((((((((((((........)))))))))))).))))).))))))))......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((((((((...........................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................((..(((.....)))..))....))).))).))))))))))))...((((((((((....((.((((((((((((.(((((((.....((((((((.((((.(((((((((....))))).))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))))...)..)))))))..))))..))))...)))))))).........(.(((((((((((.(.....((((((((((((........))))))))))))))))))).)))))).......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((.....((((((((..(((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))).))))..........))))).)).((..(((.....)))..)).)))))).))))..))))))))))).(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.((.((.(((((((((.(((..((((((((....))))).)))...))).......(((((...)))))....))))))).)).)).)).))))))).)))))))))....))))))))).......((((.((((((((.(((((.(((.........))).)).))))))))))).)))).......))))...)))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.(((((...((((((((((((((((.((((((.............))))))....(((((..))))).)))))......[[[[[..(((((......((((((...))))))(((((.....{{{{{{{{..))))).........)))))...((((((.........(((((...))))))))))).))))))))))))))))((((((((..((((((..((((((.(((...))).....(((((....))))).)))))).....)))))).......))))))))......((((((((.(((((..]]]]]..(((((....}}}}}}}}.)))))..)))))..............((((.(((((((((.(((((...))))).............))))))))).)))).....)))))))).)))).
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((..................................)))))..........(((((((((..((.(((....((((.(((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))).))))............................................((((...........)))).(((((((((..((((((..(((.((((((.((.(((((((((((.((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))........)).))))...))..))))).....)).)))))).)))))))))......)))))))))..........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................((((.....)))).....(((.((..((((.......(((((.....))))).........(((..)))..........................................))))....................((....(((((((((...........................(((....)))(((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))).....)).........................)).)))..........((((...(((.........(((.....(((........))).....)))..))).....))))........
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((((((((.((((........((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))...................................))....))))..).))))))))))))))..((((((((.....(((.((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....))))...)))....))))))))...........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((((..............((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.....(((.((((..((((((((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))...)))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).))))))..)))).......)
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((((((((.((((........((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))........................(.......)..))....))))..).))))))))))))))..((((((((.....(((.((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..)))).......)
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((((..............((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))........................(.......)..))............)))))...........((((((((.....(((.((((..((((((((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))...)))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).))))))..)))).......)
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((((..............((................(((((((((.....((((((.......((.(((((.....(.....).....))))).))..))))))....))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.....(((.((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((.((((....))))..)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((........((((.....((.........))....))))..))))))..)))).......)
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).((..(((.....)))..)).))))))).)))..))))))))))).((((((((((((((((..(((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..)))))))).))...))))))))).......((((.(((((((((((.((.(((.........))).)))).))))))))).)))).......))))...)))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.((((..((((...(((((((((((.(((((((((((((...........(((((.....(((.(((..((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))..)))..........)))))...[[[..[[[)))..]]]..]]])))))).))))..))))))))))).(((((((((((...(((((....((((.((.(((((.......(((((((((((((..((((((((....))))).)))...))))......(((((...)))))....))))))).)).......))))))).))))))))).)).))))))))).......((((.((((((((.(((((.(((.........))).)).))))))))))).)))).......))))...)))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((((((((.(((((.....................................................((((((((.................))))))))......................................................((..))...)))))...))))))))))......(((((((...........(((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....)))(...).......)))))))...........((((.((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))..))))........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((.((..((((((.(((((..........................(((((((((..................................((((.....))))((((......))))..))))).))))................................(....)...)))))...))))))..)).)))..((((((........((.((((....(((((..(((((.....((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))).......))))...)).......))))))...........((((.(((.((........(((((...(((........)))...)))))..)).)))..))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((.(..(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))..)...))))).)).((..(((.....)))..)).)))))).))))..))))))))))).((((((((((.((((((..((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..)))))))).)....))))))))).......((((.(((((((((((.((.(((.(......)))).)))).))))))))).)))).......))))...)))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((..((((((((.(((((((((((((.((((((...(.....)...))))))....((((....)))).))))))).))))))....(((.(((..(((((((.....)))))))..))).)))...)))))))).))).).))).....(((((((((((.........(((((...)))))))))))((((.((((....((((((((((.(((((..(((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..)))))))).)....)))))))))........(((.((((((((((((((...))))((((....)))).).))))))))).)))))))..)))).)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.......)))...((.((.((((((.(((((..((((((((((..)..(((((((((((...............))))))))))).)))))).))))))))).))))))).))..((((.((..((((((...)))))))))))).))))).)))).))))))))))).)))(..((((((..))))))..))))))))))))))(.((.(((.((((.(.(((...(((((((((..)))))).)))....))).))))((((((...)))))).(((((.(((((((((..))))..(((......)))(((((.((..........).)).))))((((((((.((((.(..............))).)))))))))).))))))).))).)))))).)....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((.((......................................................................................................................................................................(................)................))))....((.(((...(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)))))..............................(.(......((((.((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))..))))...)...)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((.((........................................................................................................................................................................................................))))...((((((....(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).......)))).............))..............(.(......((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))...)...)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((............((((((((..((.((((((..................................................................(((((.....)))))................................................................))))))..))...))))))))....(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.........(((((((.................(..(((.......)))..).....................)))))))..........))))))).)))))))))....))))))))).......((((.(((((((((...((.(.............).))...))))))))).))))..............)))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((((.((((((((((........................(((((((((.....((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))....)))))).))).....(((.......))).((..(((.....)))..)).))))))).)))..))))))))))).(((((((((((((((((..(((.((((((.(..(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....))))))))......).)))))).))))))))).))...)))))))))..........((((.((((((.(.....((((((..((((........))))..)))))))))))))..))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).((..(((.....)))..)).)))))).))))..))))))))))).(((((((((((((((((..((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..))))))).)))...)))))))))..((...((((.(((((((((((.((.(((.........))).)))).))))))))).))))...))..))))...)))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((............))).((((((((..((((((((((.............))))))....((((....)))).............))))..(((((.......((((.....)))).(((......))).((((.....))))........)))))...(((((..........((((.....)))).))))).)))))))).((((...((((.((((.........)))).)))))))).((((...(((((....))))).(((.....)))..)))).((((.(((....))).((((.....))))...(((.(((((((((.....)))))).((((.....))))...))).((((.......((((.....)))).((((.....)))).))))...))).)))).......((((....))))...........