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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00602



RNA: RFA_00602
Rfam family: Telomerase-vert

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......((.(.((((((((((.((((.(.((((.(((((((((...........((.(((((.((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))))))..((((......))))..))))))))))))).).(((.((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).)).))))))).......(((((..((((........))))))))).)))))).)))).))).....).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................((((((.....((((........((....))...((((...........................................((.........((......))...)).((((((.....))))........))......(((....))).))))..(((..((((((((....))))).)))...))).))))..((((.....))))))))))...................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..(((((((((((((.((((.((((((((((((((((................(((((((((((..(((((...........)))))..((((((((((((((...))))))...))))))))....)))))).))))).....((((......))))..))))))))))...)))))).((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..)))))....))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).))....)))).......(((((..((((........))))))))).)))))).))).)))).....)))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((((.(((((....................................................(((((((((.................)))))))))..............................................................)))))...))))))))))))))..((((((((........(((((..(((((((..(((((.....((.(((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....)))).....)))))))....)))))))...))))).................))))))))..........(((((((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))).))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.((((((((.(((((..........................(((((((((.....((((((......(((((((((....((.....))....))))))))).))))))....))))).)))).........................................)))))...)))))))).)))))..((((((((.....((((((((..(.(((((..(((((.....((((((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))).)...))))).))).............)))))))).........((((((((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))).))))).......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((((.(((((((((((((......(((((...(((.(((((((..((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))).)))))))....)))......)).....))))))))))..........)))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((...........(((.((((((...((((..(((.((((.....)))).))).))))...))))))......))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........(((((((((((((....)))((((..((((........))))))))......))))))).)))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((((((((((((...........................(((((((((..(..((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))))).)))..........................................)))).)).)))))))))))))..((((((((.....((((((((.(((((((...(((((((......(((((..(((..((((((((....))))).)))...))).))))).((((.....))))...))..))))).....)))))))..))))).))).............))))))))..........((((((((((........((.(((..((((........))))..))).))..)))))).))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((.((((((((((((.(((.(.((((((((((..............(((((..(((((..(((.(.(((......((((.(((((.................))))).))))..))).).))))))))..)))))....((((......))))..)))))))))).).)))((......))...)))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.(((((....((((((...)))))).((((.....)))))))))..((((.....))))....)))))))).....)))))))..))))).)))...))))).....))))))))............(((.((....)).)))........((((........)))))...)))))......))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((...((((((((((((((((((((((((((((....(.(((((.(.(((.(((((((..((((.((((((.....((((.((((((...........)....))))).))))))))))..))))))).)))))))..).)))......)).)...))))))))))...))))).........)))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.........()(((.(((((((..((((..(((.((((.....)))).))).))))..)))))))......))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........((((((((((((((()))))((((..((((........))))))))......))))))).)))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((......................................................((((((.....((((((((((.................)))))))))))))))).......................................................................)).........((.................(((.(((...(((((.....((((((((.((((...((((..........)).))....))))))))).((((.....))))....)))))))).....).)))))...........................)).............((((...............((((...((((........))))...))))..........))))........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((....(...................................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((.....(.....).....))))).))))))))))...)))))).))))....................................................)....))......(((((((......(((......(.((((....(((((.....((((((((.((((..((.(((((....))))).).)...))))))))).((((.....))))....))))))))......)))).)...)))...................)))))))..........((((..(............((((((.((((........)))).))))))......)...))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((.......[[[[.......)))))))))))....]]]]....(((...((((....))))[[[[.....)))...]]]](((......((((((((...)))))))).[[[[.)))...(((.....)))]]]]..............(((...........[[[[)))..]]]]((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..)))))....))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).(((......[[[[)))..]]]].((((.[[[[[[[.))))...............]]]]]]].......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((.(((..((((((((((((((((((.(((((((((((((...........((.(((((.((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))))))..((((......))))..))))))))..........)))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))............(((.(((((.((((.(((.........))).)).))))))).))).))))...))).))..))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.....((((((((..(((.(((((((((((((((((..............(((.(((((((((..((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))).))))))....((((......))))..))))))))))...))))))).)))..((((((((((((((((((((((((.........(((((((.....................((((((.(((..((((((((....))))).)))...)))))))))....))))))).......)))))))))))).))))))...))))))...))))))))......)))))............((((((((((.........(((((..((((........))))))))).....))))))).)))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((((((((.((((............................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................((..((.......))..)).....)..))).))))))))))).....((((((((((((((((...(.((((((((.(((((.....(((((((((.((((.(((((((((....))))).))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))).))..))))))).))))))))).............))))))).........(((((((((((((.......((((((((((((........)))))))))))).))))).))))))))......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((((((((((((((...........................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................(...(((.....)))...)....))).))).))))))))))).....((((((((((((((((...(((((((((((((((((.....(((.((((.((((.(((((((((....))))).))))..))))))))..(((((...)))))....)))))))))))..))))))))))))))))........)).....))))))).........(((((((((((((.(.....((((((((((((........)))))))))))))))))).))))))))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.(((..((((((((((((((((((.(((((((((((((...........((.((((.(((((((..(((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..)))))))).))))))))..((((......))))..)))))))))..........))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..))))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))............(((.(((((....(...)..................))))).))).))))...))).))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((((((((((((((((((((((((((...................(((((..))))).....(((((((.[[[[[[[[.......((((((((...))))))))(((........((((..)))).......))).........))))))))))))))))...))))).........)))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.....(((((((((....((((((...)))))).((((.....)))))))))).(((((...)))))....))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))...................)))]]]]]]]]))))))))..(((((((((((.......)))).....))))))).......
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................((((.....))))......(((((..((((.......(((((.....)))))(((......)))...............................................))))..........................(((((((((...........................(((....)))(((((.((((...(((((((....))))).))....))))))))).((((.....))))....)))))))))......................................))................................(((....((((........))))....)))..))).................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((((..((((........((..(..........................(((((((.....((((((((((........(....)...))))))))))))))))..........................)...................)..))....))))....))))))))))))))..((((((((.....((((((((..((((((((((((((.....((((((((.((((..(((((..........)).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).)).)))))))...))))).))).............))))))))....(....((((((((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))).))))...)...)
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((((..............((................(((((((((.....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))....))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.(...((((((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))))...))))).)))...........).))))))))....(.....(((((((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).))))))).))))...)....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((((..((((........((..(...........................((((((.....((((((((((........(....)...))))))))))))))))...(.......................)..................)..))....))))....))))))))))))))..((((((((.....((((((((..((((((((((((((.....((((((((.((((..(((.(..........)..)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).)).)))))))...))))).))).............))))))))....(....((((((((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))).))))...)...)
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((((..............((................(((((((((.....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))....))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.....((((((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))))...))))).))).............))))))))....(.....(((((((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))).))))...)....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.((((.......(((((.((((........))))..))))).....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...))))..)))))))))..........(((((((..(((.....)))..))).)))).....]]]]]]]]]]]]]]..(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........((((((((((.((....))(((((..((((........))))))))).....))))))).)))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((((((((((((((.(((((((((((((...........((.((((.(((((((..(((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))).))))))))..((((......))))..)))))))))..........))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..))))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))............(((.(((((.((((.................)).))))))).))).))))...))).............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((((((((.(((((.....................................................((((((((.................))))))))......................................................((..))...)))))...))))))))))......(((((((...........(((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))))...)))(..)................)))))))..........((((.((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))..))))........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((.....(((.((.(((((..........................(((((((((..................................((((.....))))((((......))))..))))).))))................................(....)...)))))...)).))).....)))..((((((...................(((((......(((...((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....)))..)))....)))))......(......)...............))))))..........((((((((.((........(((((..((((........))))..)))))..)).)))).))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(..((.((((((((((.((((.(.((((.(((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))))))).).(((.((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).)).))))))).......(((((..((((........))))))))).)))))).)))).))..).))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((....(((((((.((((((((.(.(((.((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))))))).).(((.((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.....(((((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).)).)))))))((((...))))...)))).(((.(.((((.......)))).).))))))))))...)))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((((((((((((((((.(((((((((((......(..).((.((((((.(((((..((((((((((.(((((((................((((...)))))))))))))))).))))))))))).))))))).(((((......)))))).)))))))))))).))))((((((((((((((((..(((((.((((.((((((...)))))))))))))))(((((((.(((((...((((((.((...(((((((((..)))))).)))....)))))))).(((((...)))))))))).)).)))))....))))))))..))).))).))).))))))))))).))...)))))))).((((((((((.(..(.((.(((((..((((........)))))))))).)))))))))).))).((..)).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................(.....(.....))...............................................................(......................................................).........((........))...............................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((.(...........................................................................................................................................................(...........(.((((.......)))))....)............).))..((((((....(((((.....((((((((..(((..(((((((......)))).)))...))).))))).((((.....))))....))))))))......).))..........))).......................(.(.....((((.(((((.........(.(((..((((........))))..))).)...)))))..))))...)...)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((((((.((((.......((((((((((............(.(((.((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..))))))))...((((......))))..))))))))))..........((((((((.((((....)))).((((((((((((((((.((((.((((((((.......(((.....((((((.(((..((((((((....))))).)))...)))))))))..(((.....)))...)))...........))))))))..))))..)))...))))).....)))))))).....)))))).))....)))).......(((((..((((........))))))))).)))))).))).............
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((((.(((((.........................((((((((((.....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))....)))))).)))).................(((..(((.....)))..)))..)))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.....(((((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........((((((((((........((.(((..((((........))))..))).))..)))))).))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((((((((.((((.((..((((((((((((...........((.(((((.((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))))))..((((......))))..))))))))))...))..)).((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).))....)))).......(((((..((((........))))))))).)))))).)))).)))........