|
|
|
UUAUACCCGCUUAAUUCAUUCAGAUCUGUAAUAGAACUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCUGAUAUAACCUUCACCAAUUAGGUUCAAAUAAGUGGUAAUGCGGGACAAAAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUUAUUUUUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.(((.....))).)))......................................((((((((........))))))))...)))))....(((((.(((..(((.(((((.......)))))))))))))))).........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((.....((((((((.((((...)))).)))...............((((((((..(((........)))...))))))))......)))))....)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).))))))))........) |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((.((((...)))).))).........(((.........(............)....((.((((........)).))))......)))......(((.(((......(((((.......)))))...))))))........... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....(((((...(((.((..((((.....................))))..)).)))..(((((.........)))))......)))))....)))))..((((((.....(((((((((((.......)))))...))))))....)))))). |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........((((((((...)))))))).................................................................)))))........................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.............)))......................................((((((((........))))))))...)))))....(((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))))......... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((............................................................(((((.........)))))...............)))))....(((((.(((..((.((((((.......))))))))))))))))......... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.((.......)).)))................................((((.........))))................))))).....((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))).......... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((............))).........................(((((....((((...........))))........)))))..)))))....(((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))))......... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......((..(((.((.......)).)))...............................(((((.........)))))........)).....)))))....(((((.(((..((.((((((.......))))))))))))))))......... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..((((((..........(((.(.........).))).................................(.............).................)))))).).(((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))))......... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.............(((.(((.((((.....................)))).))).)))..((((...[[[[.[[[))))....]]].]]]]...)))))....(((((.(((.....((((((.......))))))..))))))))......... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((.(((.((((...)))).)))...............(((((((((.(((........))).).)))))))).......))))....)))))....(((((.(((..((((.((((.......))))))))))))))))......... |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((((((.((((...)))).)))...............((((((((..(((........)))...))))))))......)))))....)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).))))))))......... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((.(((.((.......)).))).................(((((...(((...[[...)))....)))))]].......))))....)))))....(((((.(((..((.((((((.......))))))))))))))))......... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.......((((((((...))))))))...............................(((((.........)))))...........))).)))))....(((((.........((((((.......)))))).....)))))......... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(((((((...((...(((((((.....)))))))................................((((((...))..))))..........)).).))))))))(((((((.(((..((.(((((((....).))))))))))))))))))....... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((.(((.((((...)))).)))...............(((((((((.(((........))).).)))))))).......))))....)))))....(((((.(((..((.((((((.......))))))))))))))))......... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.........((((........................................))))...(((((.........)))))...............))))).............(((((((((((.......))))))...)))))........... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.............)))......................................((((((((........))))))))...)))))....(((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))))......... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.............)))......................................((((((((........))))))))...)))))....(((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))))......... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((((((.((((...)))).)))...............((((((((..(((........)))...))))))))......)))))....)))))....(((((.(((..((.((((((.......))))))))))))))))......... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..((((((((.((((...)))).)))...............(((((((((.(((........))).).))))))))......)))))))).)))))....(((((.(((..((.((((((.......))))))))))))))))......... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....(((((....((((...))))...................((((((((...................))))))))......)))))....)))))....(((((.........((((((.......)))))).....)))))......... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.............)))..(((..........)))..............((((.........))))................)))))....(((((.........((((((.......)))))).....)))))......... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.............))).......................................(((((((........)))))))....)))))....(((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))))......... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((((((.((((...)))).)))...............((((((((..(((........)))...))))))))......)))))....)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).))))))))......... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((.((((...)))).)))....(((........((((((((..(((........)))...))))))))........)))....)))))....(((((.(((..((((.((((.......))))))))))))))))......... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((((((.((((...)))).)))...............((((((((..(((........)))...))))))))......)))))....)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).))))))))......... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.(((((.(((...(((((((...)..)))))).......((((..)).))((((...(((........)))....))))...))).)))))))))....((((((.(((((.(((..(((.(((((((...)))))))))))))))))).)))))).. |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.............................................(((.....(...(........)..)..).....))................................)).........(....(((........)))...).......... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((.(((.((((...)))).)))...............(((((((((.(((........))).).)))))))).......))))....)))))....(((((.(((......(((((.......)))))...))))))))......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((((((.((((...)))).)))...............((((((((..(((........)))...))))))))......)))))....)))))....(((((.(((..((((.((((.......))))))))))))))))......... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....................((((.....................))))..(((.....(((((.........)))))......)))......)))))....(((((.((((.....))))...(((((....)))))..)))))......... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......((((.((((((.....)))..[[[[[..............))))))).]]]]].(((((.........)))))...............)))))....(((((.((((.....))))...(((((....)))))..)))))......... |