|
|
|
UUAUACCCGCAUAUCAUUCAGACCCUUUAUGGAACUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCAAAUAUUGUCUUAAUUACUUAGGCUAAAAGAAAUAAGUAUUAAAGCGGGACAAGGCAUCGACAUUUGAUACAAAUAUUGAUCAAUGGAUGUCUUAUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((........(((.(((.....))).)))......................................((((((((............))))))))...)))))..((((((((..(((.(((((........))))))))))))))))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((........(((..((.....))..)))...................................(((((.(((((..((...))...)))))))))).)))))..((((((((.(...(((((.(((...))))))))).)))))))).....) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((..((.....))..))).........(((.........(............).....(..(((............)).).).......)))....((((((......((((..........))))...))))))........ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....((((.(((...((..(((...............)))))..)))))))..(((((((((((..(((.......)))))))..))).))))...)))))..((((((((.....(((((..........)))))..))))))))...... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((................................................................................................)))))................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((.............)))......................................((((((((............))))))))...)))))..((((((((..(((.(((((........))))))))))))))))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...................................................................((((((............)))))).....)))))..((((((((..(((.((((.(.......))))))))))))))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..(.......)..)))................................((((.........))))....................)))))..((((((((..(((.((((..........)))))))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..)))........................................((((((............)))))).....)))))..((((((((..(((.(((............))))))))))))))...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..............................................................((((.((((((............)))))))))).)))))..((((((((..(((.((((.((.....)))))))))))))))))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((((........(((.(.........).))).................................(.............).....................)))))))((((((((..((.((((((........))))))))))))))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....((((.(((.......(((...............)))....)))))))........(((.....[[[[[[))).........]]]]]].....)))))..((((((((.....(((((.(((...))))))))..))))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..))).......................((((...)))).(((((.(((((............)))))))))).)))))..((((((((..((((.(((.(((...))))))))))))))))))...... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..)))...................((((((.......((((.........))))....(....)..))))))..)))))..((((((((.(...(((((.((.....)))))))).))))))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...................................................................((((((............)))))).....)))))..((((((((..(((.((((..........)))))))))))))))...... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(.(((((((.......((((..(((((((...............)))))))...............))))...............................)))))))).((((((((((...(((((.(((...))))))))))))))))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...((((((.......(((((((.....)))))))...............................(((((((...))..)))))................)..)))))))((((((((..((.(((((((.....).))))))))))))))))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..))).......................(((.....))).((((.((((((............)))))))))).)))))..((((((((..((.(((((.(((...))))))))))))))))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.........((((......(((...............)))...................))))....((((((............)))))).....)))))..((((((((...(((((...)))))...........))))))))...... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((.............)))......................................((((((((............))))))))...)))))..((((((((..(((.(((((........))))))))))))))))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((.............)))......................................((((((((............))))))))...)))))..((((((((..(((.(((((........))))))))))))))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..)))...................................((((.((((((..((...))...)))))))))).)))))..((((((((..((.(((((.((.....)))))))))))))))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((((....[[[......)))..............]]]...)))((((...)))).((((.((((((............)))))))))).)))))..((((((((..((.(((((.(((...))))))))))))))))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.........((((..........((((...................)))).........))))....((((((............)))))).....)))))..((((((((.....(((((..........)))))..))))))))...... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((.............)))..(((..........)))..............((((.........))))....................)))))..((((((((.....(((((..........)))))..))))))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((.............))).......................................(((((((............)))))))....)))))..((((((((..(((.(((((........))))))))))))))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..)))...................((((((.......((((.........))))....(....)..))))))..)))))..((((((((.(...(((((.((.....)))))))).))))))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....((((.(((...(((.(((...((.....))...))).))))))))))...........(((((.(((((..((...))...)))))))))).)))))...(((((((..((((.(((.(((...)))))))))))))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..)))...................((((((.......((((.........))))....(....)..))))))..)))))..((((((((.(...(((((.((.....)))))))).))))))))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(.((.......(((.((........))))).......((((..)).))....)).)..))).(((((((.((((((((........)))))))))))))))(((((((((((((..(((.((((.(((...))))))))))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.............................................(.........(..(......)..)....).....................................)).........(.(...(((........))).).)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...................................................................((((((..(.....)...)))))).....)))))..((((((((..((.(((((.(((...))))))))))))))))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((........(((..((.....))..)))...................................(((((.(((((..(.....)...)))))))))).)))))..((((((((..((((.(((.(((...))))))))))))))))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.........((((......((((.......))))..............(((....))).))))....((((((............)))))).....)))))..((((((((....(((.....))).(((....))).))))))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......((((.........)))).(((...................))).(((.....)))......((((((............)))))).....)))))..((((((((....(((.....))).(((....))).))))))))...... |