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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.....((((((.(((....))).))))))....)............................(((.(.((((((((...)))))))).)....)))...........))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).................................(((....(((((((...))))))).......)))...........))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............)))))....)))))))))))))))................... |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).............................((..(((...((((((((...))))))))......)))..)).......))))).)))))))).((((((((..((((((((((...............))))))....))))..))))))))................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).................................(((...((((((((...))))))))......)))...........))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))...(((....)))...... |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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