|
|
|
UGACAAUCAUUAUGUUCAUUCUUCUUCUCCAAUAGGAAAGGAAGUCAUACAACCCCAGAAACCAUUACAAACACCCUGAGUAUUGCUACAUUCAGUGUAGCGUUAAUCCUCUUGGCUAUUCUCGUAACGAUUGUCAAAUUUAGAGUGCUUAUCGUCAAAAAUCAGCAAAUCAUGACGAGUCAUAAGUGCUCUAAAUAGUUAUUUUUAUAUUUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((..........(((..(((......)))....))).....................................((((((((.......)))))))).......)))))........((((((((.....(((.(((((.......((((...............))))...........))))).))))))...)))))........
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((.....(((((..(((....)))..)))))....))).....(((..(((.(((...........))).((((((((...))))))))..........)))....)))......)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))...(((....)))...... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((.......((((((.(((....))).))))))..................................((...(((((((.....)))))))......)).............)))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.((.........((((((.(((....))).)))))).............................((..(((.((((((((((...))))))))...)).)))..))..........)).)))))))................................................................................ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).....................................(.(((((((.....))))))).)..................))))).)))))))...(((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))).................... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.....((((((.(((....))).))))))....)............................(((.(.((((((((...)))))))).)....)))...........))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).))))))............((((.(((.............(((...((((((((...))))))))......))).)))...))))))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).............................((..(((((.((((((((...)))))))).))...)))..)).......))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).................................(((....(((((((...))))))).......)))...........))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............)))))....)))))))))))))))................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).............................((..(((.(.((((((((...)))))))).)....)))..)).......))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((..((((((.(((....))).))))))................................)))))))((((((((...))))))))..........................)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).............................((..(((...((((((((...))))))))......)))..)).......))))).)))))))).((((((((..((((((((((...............))))))....))))..))))))))................... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).................................(((...((((((((...))))))))......)))...........))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))...(((....)))...... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((....(((((.((((.....)))).)))))................................(((((...((((((((...))))))))........))))).......))))).)))))))).((((((((((((((((((((...............))))))....))))))))))))))................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).............................((..(((...((((((((...))))))))......)))..)).......))))).)))))))).((((((((..((((((((((...............))))))....))))..))))))))................... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((....((((((.(((....))).))))))......)))...........((((.....((..(((((.((((((((...)))))))).))...)))..))........)))).)))))))).((((((((..((((((((((...............))))))....))))..))))))))................... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).............................((..(((...((((((((...))))))))......)))..)).......))))).)))))))).((((((((..((((((((((...............))))))....))))..))))))))................... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((........(((((.((((....))).)))))).....(((...((((...(......)....))))....)))((((.......))))(((..................)))))).)))))))).((((((((((((((((((((.((......))....)))).)...)))))))))))))))...((......))...... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).................................(((...((((((((...))))))))......)))...........))))).)))))))).((((((((..((((((((((...............))))))....))))..))))))))................... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((......((((((.(((....))).)))))).............................((..(((...((((((((...))))))))......)))..)).......))))).)))))))).((((((((..((((((((((...............))))))....))))..))))))))................... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.......)))....(((..((((......)))).(((.....(((.............................))).(((((((.....)))))))....)))..(((((...((.......))..)))))....))).((((..............))))....((((.((((.......))))..(((....))).))))....... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.......)))).....((((........)))).((((.....(((..........................{{{)))..((((((.}}}.)))))).....)))).((((([[[[[.....[[[[[.))))).....]]]]]...]]]]]........((((....((((....))))...))))....((((......))))....... |