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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((....(((((((((((......)))))))..............))))............(((((((...((((((((...))))))))......))).))))......)))))..))))))).(((((((.(((((.((((...................)))).....))))).))))))).................... |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((.......((((((((......)))))))).............................(((((((((.((((((((...)))))))).))...))).))))......))))).)))))))).(((((((.(((((.((((...................)))).....))))).))))))).................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((.........(((((((.....)))))))................................((((((.((.(((((((...)))))))....)).)))).))........)))).)))))))).............................(((....(((.......................)))....)))........ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((.......((((((((......)))))))).............................(((((((...((((((((...))))))))......)))).)))......))))).)))))))).(((((((.(((((.((((...................)))).....))))).))))))).................... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.......((((((((......)))))))).............................(((((((...((((((((...))))))))......)))).)))......)))))..))))))).(((((((.((((.((........)).))))..............[[[[[[[.)))))))...]]]]]]].......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.......((((((((......)))))))).............................(((((((...((((((((...))))))))......))).))))......)))))..))))))).(((((((.(((((.((((...................)))).....))))).))))))).................... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.......((((((((......)))))))).............................(((((((...((((((((...))))))))......))).))))......))))..)))))))).(((((((.(((((.((((...................)))).....))))).))))))).................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.......((((((((......)))))))).............................(((((((...((((((((...))))))))......)))).)))......)))))..))))))).(((((((.(((((.((((...................)))).....))))).))))))).................... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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