RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00621

RNA: RFA_00621
Rfam family: RNase_MRP

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((....(((((((....((.....(((((((((((...))))).))))))....))...)))))))..)))....((((.......(((((...(((((((.......((((((((............))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).(((((..(((......)))..))))).)))))))..(((..((((((((........)))))))).))).....)))))...((((((..(((......)))..))))))......))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((((...........(((((................))))).........))))))).........................((((.....))))...................((((((...((((........((((.............................................................)))).)))).))))))..............................)))))).((((((............))))))..............
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((...........((((..................)))).........)))))(((..........)))...............((((((..(((((((((((((.(........).))))))))...)))))((((((((((((....))))))))))))......(((((.(((........))).))))).))))))...(((..((((((((........)))))))).))).......)))))))(((((..(((......)))..))))).............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(...(((((.....((....((((((..............))))))....))...)))))(((..........))).........((((..((((((..(((((((((((((.(((....))).)))))))...))))))((((((((((((....))))))))))))......(((((.((((......)))).))))).))))))..........((((((........)))))).....)))).)..)))))))(((((..(((......)))..))))).............
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((......(((((........((.(((((((((((...))))).)))))).))......)))))(((..........)))............(.(((((((..(((((((((((((.((((())))).))))))))...)))))((((((((((((....))))))))))))......(((((.((((......)))).))))).))))))).)(((..((((((((.((())).)))))))).))).......))))))((((((..(((......)))..))))))............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((............((((................))))..........))))))).......(.((((.............(((.....)))........(....................).......................................................................................................................................((........))..............))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((........)))..............(((((((((((...))))).)))))).........(((((.[[[..))))).....]]]..(((...[[[[)))..]]]]....((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).((((..((((......))))..))))..........(((..((((((((........)))))))).))).....((((....[[[[[[..[[[))))..]]]..]]]]]]............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.(((((...........(((((((((((...))))).)))))).........)))))(((..........))).......(((.((((.....))))))).((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).(((((.((((......)))).)))))..........(((..((((((((........)))))))).)))...))))))))))).(((((......((((......)))).......))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((...........((((((..............)))))).........)))).(((..........)))..............(((((((..(((((((((((((.(((....))).))))))))...)))))((((((((((((....))))))))))))......(((((.((((......)))).))))).)))))))..(((..((((((((........)))))))).))).......)))))))(((((..(((......)))..))))).............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.....((((((((.(............((..(((.....).....)).))......)..))))).((..((...)))).))).......)....................((((................)))).................................................................................................................................(((..((........))..)))...............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((...........((((((((((.....)))).)))))).........)...((((..........))))......(((.((((.....))))))).((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).(((((.((((......)))).)))))......)))))((..((((((((........)))))))).))........)))))))(((((..(((......)))..))))).............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((........(((((((((((((((..)))))).[[[[[[............((((((((((((((((.............((((.....))))..))))))).....(((((((...))))))).........(((((((((((((..))))))))))))).))))))))))))))))))...(((((((..))))))))))))))..((((((((........))))))))...........))))))).(((((.(((......)))..]]]]]]......))))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((...........(((((................))))).........))))))((..((...))))(............((((.....))))...................((((((....(((........((((..................................................(......)...)))).)))..)))))).........................)....)))))).((((((............))))))..(......)....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((....(((((((...........((((((((((.....)))).)))))).........)))))))..))).((.((((.......(((((.((.((((((.......((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).((((..((((......))))..)))).))))))...(((..((((((((........)))))))).)))...)))))))...((((((..(((......)))..))))))......))))))
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((............(((((((((((...))))).)))))).............((((((((....................((((.....))))....((((((((...)))))))).......))))))))..((((((((((((....))))))))))))......(((((.((((......)))).)))))......)))))))..((((((((........))))))))...........))))))).(((((......((((......)))).......))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((..............................................))))))........(.(((((...........((((.....))))..............................................................................................................................................................((((((............)))))).......)))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((....(((((((...........((((((((((.....)))).)))))).........)))))))..))).((.((((.......(((((.((.((((((.......((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).((((..((((......))))..)))).))))))...(((..((((((((........)))))))).)))...)))))))...((((((..(((......)))..))))))......))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((((((((...........(((((((((((...))))).)))))).........))))).))))).(((.....((((...((((.((((.....))))))))((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..)))...((..((((......))))..))))))....))).(((..((((((((........)))))))).))).......)))))).(((((..(((......)))..))))).............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((((((((...........((((((((((.....)))).)))))).........))))))((((...........(((...((((.((((.....))))))))((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).((((..((((......))))..))))..........)))..((((((((........))))))))))))...))))))))))((((((..(((......)))..))))))((....))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((...((((((((((...((.((((((((((..))))))..)))))).)))))).))))((((((((((((((((((..........)).))).))(......).(((((((...))))))).....)))))))))))..(((((((((((((..)))))))))))))(((((((((((((((((...))).(((((..)))))......))))))))(((((........)))).)...)))).)))))))))))).((((...(((..)..))...))))...((...))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................(.....).........................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((...........((((((((((.....)))).)))))).........))))))......................(((.....((((((.......((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).((((..((((......))))..)))).))))))...(((..((((((((........)))))))).)))......))).....(((((..(((......)))..))))).............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((....(((((((...........(((((((((((...))))).)))))).........)))))))..))).((.((((.......(((((...(((((((.......((((((((.(((....))).))))))))...(((..((((((((((((....))))))))))))..))).((((..((((......))))..)))).)))))))..(((..((((((((........)))))))).))).....)))))...((((((..(((......)))..))))))......))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........((((.((....))))))..(((((......))))).(((((..........))))).((((.............))))..((((.....)))).(((((((.....))).(((.....)))......))))..((((((((((((....))))))))))))..))))..(((.((((......)))).(((((........)))))..((((((((........)))))))).......(((.....))).))).....((((...((.........))..))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........((((.((....))))))..(((((......))))).((((........(((.{{{{.....)))..}}}}..........((((.....)))).)))).........((((((.....)))))).((((....((((((((((((....)))))))))))).(((..((((...(((......)))[[.)))).]]......)))...((((((((........))))))))......)))).))))))..(((((......((((......)))).......))))).

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