RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00623

RNA: RFA_00623
Rfam family: RNase_MRP

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((....(((((((..........((((((........))))))........)))))))...................((((....)))).....((((((((((((((((((...)))).)))))))...))))))).((((((((((....(((((........(((....((((....))))..))))))))))))))))))...........((((((....))))))...............)))))))..((((((((......))))))))...............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....(((..((((((..........((((((((....))))))))........))))))..)))...........(((..((((..((.((((((.......((((((((((((...)))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(..((((((........))))))..).))))))...(((..((((((((((....)))))))))).)))...))....))))((((((..(((......)))..)))))).....))).).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((...(((..((.((((((((....)))))))).)).........(((((((((((((((..((...((((....))))....))...)))))))..((((........))))...))))))))((((((((((((((....))))))...)))))))).(((((((((........))))))))))))...)))))))..((((((((((....))))))))))...........))))))).(((((......((((......)))).......))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((......(((((..........((((((........))))))........)))))(((..........)))...............((((((..(((((((((((((.(........).))))))))...)))))(((.((((((((....)))))))).)))......((((((((..........)))))))).))))))...(((..((((((((........)))))))).))).......))))))((((((..(((......)))..))))))............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((...(((((..........((((((((....))))))))........)))))(((..........)))........((((..(((((((..(((((((((((((............)))))))...))))))(((.((((((((....)))))))).)))......(((((((((........))))))))).)))))))...))))..((((((((....))))))))..........)).)))))))(((((..(((......)))..))))).............
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.....((((((.((....((.((((((((....)))))))).))..)).))))))((..........)).........(....)(((((((.(((((((((((((((((.....))).))))))))...))))))((.((((((((....)))))))).)).....(.(((((((((........)))))))))))))))))..(((..((((((((((....)))))))))).))).......))))))((((((..(((......)))..))))))............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((...........((((..........)))).........))))))).......(.((((............((((.....))))((((...............................)))).............................................................................................................................(((......)))..............))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.(((((((((((......((((((((....)))))))).))))...))))))).)))...............(((...[[[[)))..]]]]....((((((((((((...)))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..)))((((....[[[[[[[[))))(((((((........)))))))((((((((((....)))))))))).................((((((..(((......)))..))))))..]]]]]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((.(((((((..........((((((((....))))))))........))))))).))).................(((.((((.....))))))).((((((((((((...)))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(((((((((........)))))))))..........(((..((((((((((....)))))))))).)))........)))))).(((((......((((......)))).......))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((......(((((..........((((((((....))))))))........)))))(((..........)))..............(((((((..(((((((((((((............))))))))...)))))(((.((((((((....)))))))).)))......(((((((((........))))))))).)))))))..(((..((((((((((....)))))))))).))).......))))))(([[((..(((...{{.)))..))}})).........]].
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(..((((((((..........((((((........))))))........))))).((..((...)))).))).......)....................((((................)))).................................................................................................................................((((..(........)).).))...............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((...((......((((((((....))))))))..(.....)...((((..........))))......(((.((((.....))))))).((((((((((((...)))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(((((((((........))))))))).))...)))))))..((((((((((....)))))))))).((....))..))))))).(((((......((((......)))).......))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((...........((((((((....))))))))............(((((((((((((((.......(((((..))))).........))))))).....................))))))))(((((((((((((((..)))))))...)))))))).(((((((((........)))))))))......)))))))..((((((((((....))))))))))...........))))))).(((((.(((......)))..............))))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((..........(((((..........)))))........))))))((..((...))))(............((((.....))))...............................................................................((..((........((((..((.......)).)))).)).........)).................)....)))))).((((((............))))))..(......)....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((..........(((((..........)))))........))))))((..((...))))(............((((.....))))...............................................................................((..((........((((..((.......)).)))).)).........)).................)....)))))).((((((............))))))..(......)....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..((((((..........((((((((....))))))))........))))))..)))..((.((((.......((((..((.((((((.......(((((((((((.....))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(((((((((........))))))))).))))))...(((..((((((((((....)))))))))).)))...))....))))((((((..(((......)))..))))))......))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((...(((.....((((((((....)))))))).(((...)))..((((..........)))).....((((.((((.[[[.))))))))((((((((((((...)))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(((((((((.(.....)))))))))))))]]])))))))..((((((((((....))))))))))(((....))).))))))).(((((((((.{{{{{)))...}}}}.}...).))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((...........((((((((....))))))))((((..((((((.((((......(((((......((((....)))).....((((((((((((((((((...)))).))))))))...)))))).)))))..))))..))))))..)))).......(((((((((........)))))))))......)))))))..((((((((((....))))))))))...........))))))).(((((......((((......)))).......))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((......................................))))))........(.(((((...........((((.....))))..............................................................................................................................................................((((((............)))))).......)))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..((((((..........((((((((....))))))))........))))))..)))..((.((((.......((((..((.((((((.......(((((((((((.....))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(..((((((........))))))..).))))))...(((..((((((((((....)))))))))).)))...))....))))((((((..(((......)))..))))))......))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..((((((..........((((((((....))))))))........))))))..))).....................((.(((((((.......((((((((((((...)))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(((((((((........))))))))).)))))))..(((..((((((((((....)))))))))).))).....)))))))).(((((..(((......)))..))))).............
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((..((((((..(((...(((((((((....)))))))))..(...((..((((((........))))))))....).)))(..)....(((((((.(((((((((........)))))))))....)))))))(((((...(((..))).)))))...((..)).((((((((((......))))))))))))))))((..(((.(.((((((((((..))))))))))).)))..)))).))))))).((((...((......))...))))...((...))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................(......................).................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..((((((..........((((((((....))))))))........))))))..)))...(.((((...............(((((((.......(((((((((((.....))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(..((((((........))))))..).)))))))..(((..((((((((((....)))))))))).)))..............(((((..(((......)))..))))).......))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..((((((..........((((((((....))))))))........))))))..)))..((.((((.......((((....(((((((.......((((((((((((...)))).))))))))...(((..(((.((((((((....)))))))).)))..))).(..((((((........))))))..).)))))))..(((..((((((((((....)))))))))).))).........))))((((((..(((......)))..))))))......))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((..........((((((((....))))))))........))).((((..........))))....(((((.((((.....))))))))).((((.......)))).(((.(((.........))).(((((.((((....))))....(((.........))).)))))...))).((((((((........)))))))).((((((((....))))))))....((((.(((.....))).((((................))))......))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((......(((((..........((((((((....))))))))........(((.{{{{.....)))..}}}}....((((....)))).....((((((((((....)))..(((.....)))......))))))).[[[(((((((....))))))).)))))....((((.....]]]....))))(((((((........))))))).(((((((((....)))))))))............))))))..(((((......((((......)))).......))))).

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