|
|
|
GUUUCCGUGUCCAUCCUUGUUAAAACAAGAAAUUUUACGGAAUAACCCAUUUUGCCCGACCGAUCAUCCACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUCUUUCAGGCAGUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGUCCUUACCGGUAGAUGGAAAUAUUUCUGGAGAGUAAUACCCAGUCUGUUUCUCUGAUAAUUGCGCUGUUUUUCCGCAUGAAAAACGGGCAACCGACACUCUGCGCCUCUUUGAGCUGACGAUAACCGUGAGGUUGGCGACGCGACUAGACACGAGGCCAUCGGUUCACACCCGGAAAGGCGUUACUUUGCCCGCAGCUUAGUCGUCAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((........))))).....)))))))........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))..............)))))..)))))......)))))))...........))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).))))).....(((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..(....)..))))..))))))).(((....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((..(((.((.(((((....))))).)).)).)..))))...)))))))))))))))...)))).))))....)))..)))))))))))........) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................(((..((...((((...((((.......)).......))..))))...))..)))......(((((((.....)))))))......(((...((((.((..(..(..........)..)...))))))........((((.((((.((((.....)))).)))))))).........)))...............((.(((((....))))).))...................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))..((.....(((((.((..(((((...(((................)))..)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((......((((....(((((((...((((..........))))..)))))))........(((.(((((((((.....)))))))))))))))).......((((((((.((((((((.......((((.(((((......)))))...))))......)))))))).....))..)))))).)))..))))))))))).)).))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........................)))))))...................(((((...........................)))))...............(((((((((((......(((((((((.................................................((((.(((((((((.....)))))))))))))............(((((.....((((((............))))))...............))))).............))))))))).........)))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........))))).....)))))).........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((..(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))..............)))))..)))))......)))))))...)))....))))))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..........))))..)))))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........)))))..)))))......)))).))))....)))..))))))))))).))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......(((((....))))).......)))))).........(((((.((..(((((...(((((....).)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((......((((.((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((.....((...((.(((((....))))).))..))..........)))))..)))).......)))).)))).........)))))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(.((((......)))).)....))))))).........(((((.((..((((....(((..((....))......)))...))))..)).)))))......((((((((((....(.((((.((((......((((((..(.(((..........))))..))))))((((.....((((.........)))).......)))).((((((........(((((.....((....(.(((((....))))).)...))..........)))))..)))))).....)))).)))))........)))))))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(.(((((....))))).)....))))))).........(((((.((..(((((.(.((((.......))))..)......)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((((((.((((.((..(((((((...((((.(.......)))))..)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........))))))))))))......)))).))))....)))..))))))))))).))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......((..........)).......)))))..........(((((((((..((((...(((((....).).......)))..))))..))))))))).....(((((((((((......(.(((((((......(((.....(((((..........)))))....))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((.....((...((.(((((....))))).))..))..........))))))))))))......))))))).).........)))))))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........((((..............[[[[.))))..]]]]..(((...((((....))))...)))...(((((((((((.....(((...[[[[.....))).......]]]]((((.((((....[[[)))).)))).....((((.(((((((((.....)))))))))))))..]]].......(((((..[[[[[[[[...(((((....))))).................)))))..]]]]]]]].......((((......)))))))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))..........((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).)))).((.(((((((((((((...(((((((.((((((((..((((((...((((..........))))..))))))))))......((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((((((.((.(.((.(((((....))))).)).)))...))))...))))))))))))......)))).))))....)))..))))))))))....))).)) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((......((((.((((.....((((((....((((..........))))...)))))).......((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((.....((...((.(((((....))))).))..))..........)))))..)))).......)))).)))).........)))))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...((((((((....))))...)))))))))))..........((((((((.(((((...(((((....))........)))..))))).))))))))....((((((((((((((((...((((((((((....(((((.((.(((((..........))))))))).)))..).....(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..(..((..(((.(((((....))))).)).))).)........))))))))))))......))))))))).))....).))))))))))).))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................(((((((...((((......((....)).............))))...)))))))......(((((((((((........(((((((.....((........(((..........)))........))........((((.((((...............))))))))((((.....((.(((((.....((((.((.(((((....))))).))...)))).......)))))))))))......)))))))............)))))))))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).)))))......((((((((((...(((((((.((((.((..(((((((...((((..........))))..)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.....((...((..((((....))))..))..))..........))))))))))))......)))).))))....)))..)))))))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((([[[[[[((((((..))))))......)))))))..............((((.(((((...((((.......)))).........)))))......(((((((..((((((((...))))))))...((((..]]]]]].......))))((((.................))))..)))))))((((((((((.....))))))(((((((..........((((((...((((((((.......((((.(((((......)))))...))))......)))))))).........))))))....)))))))))))...)))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((....(.((((.(((((((...(((((....((((..........))))...))))).))).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........))))))))))))......)))).)))))........)))))))))))......... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................(((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))).......(((((((((((..........((((...................................................(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))..(........)..)))))..))))).......)))).............)))))))))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........))))......))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((....((.(.((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..........((.(((((....))))).))..............))))))))))))......))))))...)))......)))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........))))......))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((....((.(.((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..........((.(((((....))))).))..............))))))))))))......))))))...)))......)))))))))))......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........))))......)))))..........(((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))......((((((((((..........((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))..............)))))..)))))......)))))).............))))))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).))))).....(((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).(((....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((.((...((.(((((....))))).))..))...))))...)))))))))))))))...)))).))))....)))..)))))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(.(((((....)))))).....))))))).........(((((.....(((((...(((((....).)))).........))))).....)))))...(((((((((((((...(((((((.(((((((..(((((((...((((..........))))..)))))))))).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((.((.(....(((((....)))))....)))...))))...))))))))))))......)))).))))....)))..))))))))))....)))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.....(((((...((((.......)))).........))))).....))))).....(((((((((((......((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).......((((.(((((((((.....)))))))))))))...................((((((((.......((((.(((((......)))))...))))......))))))))...)))).)))).........)))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........................))))))).........((((......(((((...........................)))))......)))).....(((((((((((...........((((..................................................(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((.(((.........(((((....)))))......)))........)))))..)))))......))))..............)))))))))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........))))).....)))))).........(((((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))))).....(((((((((((........(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.(((..((((.....))))..))))))(((((.....((.(((((..........((.(((((....))))).))...(.....)....))))))))))))......)))))))...........)))))))))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.((....))....).)))..)))))..)).))))).....(((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..(....)..))))..))))))).(((....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((.((.(.((.(((((....))))).)).)))...))))...)))))))))))))))...)))).))))....)))..)))))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......(((((....)))))......))))))...(((.....((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).))))......(((((((.....))))))).....))).)).(((((((...((((..........))))..))))))).(((..((((.(((((..(((((..((.....(((....)))..(((.((.(((((((((.((...((.(((((....))))).))..))...))))...)))))))..)))...))..))))).((((......)))).))))).))))..))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))...(((...(((((.((..(((((...(((((....)).(....).)))..)))))..)).)))))...).))(((((((((...(((((((.((((((((..((((((...((((..(....)..))))..))))))))))......((((.(((((((.....)))))))((....))........)))).....((((((((....((((....))))(((..((.(......).))..))).))))))))...)))).))))....)))..)))))))))........... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(......((((......))))((..)).))))))....(((...)).(..).((...........))..)((((((((.((......).)(((((..((((......))))((((...((((.((.((......))(((((..)))))..)).(((((...((((((...))))))...)))))))))....))))..)))))..((((((((((((.(((.((((((((........).)).)).)))))))))))..((((((((..(((((.((((...)))))))))((..)))))))).)).)))))))....)))..))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................(((((.((...((((...((((.((....))....).))).).)))...)).)))))((.(.(((((((((((.(.(((..((.((((.(...(((((.....((((..........))))....))))).)......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((......(.(((((........(.((.(((((....))))).))...)..........)))))).)))))......)))).))...)))....))))))))))))...)...)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...(((.(....)..))).........)))))..)).)))))......((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..(....)..))))..)))))))..(.....(((.(((((((((.....)))))))))))).((((.....((.(((((........(.((.(((((....))))).)).)............)))))))))))..)....)))).))))....)))..)))))))))).......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((......((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).........((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........))))))))))))......)))).)))).........)))))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).(((....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((.((.(.((..((((....))))..)).)))...))))...)))))))))))))))...)))).))))....)))..))))))))))....)))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))..........((((.............((((.......)))).........(((....)))))))......(((((((.....)))))))...((((.(((((....))))))))).(((..(((.......)))..))).(((...((((.........))))........((((..............))))...(((((((......(((....))).(((..................))).((((.......))))...((((......))))..)))))))...))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).(((((...........[[[.......(((((....)).))).(((....{{{{))).}}}}.........[[[[[[[)))))]]]]]]]....]]]..((((....)))).((((.<<<......))))...(((.>>>.)))...(((.((((((((.aaaa..)))))))))))..........AAAA...........(((((((.(((....))).(((..................))).((((.......))))...((((......)))).........))))))). |
