|
|
|
AAUUCUACGUUGAUUCUCGUUAGACCAAGAGACUUGUGGAAUAAUAAACUUUGCCUGAUCACACAAAAACGCGGCAAUGGCGUAAGACGUAAUGUGAAAUCAAGCAAUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGCUUGGCCGGCAAGUGGGUAAAGCUCUGUUGUCUUAAAUUCAGAAGCUACCCUUUAUAUAAAAGCGCUGUUUUUCAGAACGAAACACAGGCUUACCGAAAUAAUGCGCCCCUAUGCAGGCGACAACCGUGAGGUUGACGGCUUAGCUAGAAGACUCGGGGCCAUCGGUUUACCCGGUCAUGAGGUUAUUUUGCCCGCAGUUCUAACGCCAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))..........(((.(((((((((.....)))))))))))).(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))....)))))))............))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(((((((((((...((((.((((((((...((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))..........)))...(((....)))...(((((....))))).))))).))))....(((.(((((((...)))...))))))).............)))))))))))..))))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................(((.(((...((((...((((.......)).......))..))))...))).)))....((..(((((.....))))).......((......(...((.((((............))))..))..)..........((((.((((.((((.....)))).))))))))...........)).............((.(((((....))))).)).....))................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((......((((((........))).)))..(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((((((......)))).))))))))(((((........(((((...((((((..(((((....)))))...)))).))..((....)))))))..)))))....)))))))...)))).....)))))))))))..)))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((..........))))..................(((((((((((((.............................)))))..)))))))).....(((((((((((.......(((((((...................................................((((.(((((((((.....))))))))))))).............(((((...........(((((....)))))....................)))))...........)))))))............)))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((((((((((.....(((((....(((((..........)))))...))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))....)))))))...))))....))))))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......((((..........))))...)))))))........((((.((((..(((.............................)))..)))).)))).....(((((((((((....((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..........))))))))))))....)))))))...)))......)))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...........................)))))...........(((.((((.......................................)))).)))......(((((((((((....((.(((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((.((((.(((((....))))).)).).).))..........))))))))))))....)))))))....))......)))))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......((((..........))))...))))))).........((((.................)))).(((((.....................((.....))(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((............))))...))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((........((.(((((....))))).)).................)))))..)))))....)))))))............)))))))))))...))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).))))...(((((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((((.((((.((.(((((....))))).)).))..))))........))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))....))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....((((..........))))....)))))..........((((.((((..((((...(((((....).).......)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....((((((((((.....((((.....((((............))))....)))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((..((((((((.(((((....))))).))..)))))).........))))))))))))....)))))))...)))......)))))))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((...[[[[[.....[[[[)))))..]]]].........]]]]]...............(((((((((((...(((((((((((.....(((((..(((((((((...)))...))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((.....((((..(((((....)))))...)))).............)))))..)))))....)))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..)))))))).........((((.................)))).((((((.((.((((((((........)).))).))).(((((((((...(((((((((((.(((.((((..(((((((............))).))))))))))).......(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))).)).)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((..........((........)).......(((((((((((....((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))((((.....(((.(((((...((((((..(((((....)))))...)))).))..........))))))))))))....)))))))...)))......)))))))))))..)))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...((((((((....))..)))))))))))))..........((((((((.(((((.......(....).((((...))))..))))).)))))))).(..(((((((((((((((.(((((((((((......(((..(((((((............)))).))))))...........(((.((((.((((.....)))).)))))))..((((.....((.(((((..((((((((.(((((....))))).)).).)))).)........))))))))))).....)))))))...))))..)).))))))))))).))..)... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((......(((............)))...))))))..........(((.((((.......................................)))).)))......(((((((((((.((....(((((((.....(((...(((((((............)))).))).))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).))...))))..........))))))))))))....)))))))....))......)))))))))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..)))))))).........((((.................)))).((((((.((.((....((........))......)).(((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...(((((((.(((((....))))).)).))).)).((....)).))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))).)).)))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.............................(((((((((((.......(((((.......(((((((((((((..(((((.........(((((............((((.((((...............)))))))).(((........((((........)))).(((((....))))).)))..)))))..))))).))))))......))))))))))))............)))))))))))..)))))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((.......((((((....................................................((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((........((.(((((....))))).))....((........)).)))))..))))).....))))))............)))))))))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...((((.((((((.....(((((..(((((((..........))))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).))...))).).........))))))))))))....))))))....)))).....)))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...((((.((((((.....(((((..(((((((..........))))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((....(((.((.(((((....))))).))...)))...........))))))))))))....))))))....)))).....)))))))))))......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....((((((((((......((.((((((......((((..(((((((..........))))).))))))...........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((........(((((........((.(((((....))))).)).................)))))..)))))....))))))....))........))))))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))..)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((.((.....))))))..))))))))........(((((((............)).)))))((((((....((((((((........))).)).)))((((((((((...(((((((((((.(((.((((..(((((((............)))).))))))))))......((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((.(.(((((((.(((((....))))).)).))).))).........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))))...)))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((...((((((...((((((..(((((........(((((.............((((.((((.((((.....)))).))))))))..........((((......)))).....(((((....)))))..)))))......))))).)))))).....)))))))))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((......((((..........))))...))))))..............((((.......................................))))..........(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((............))))...)))))...................((((.....)))).........(((((........(((((.....(((...(((((....)))))....))).............)))))..)))))....)))))))............)))))))))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((............))))...))))).........((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((.....((.(((((........((.(((((....))))).))....((........)).))))))))))))....)))))))............)))))))))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(((((((((((.((..(.(((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....))))))).)..))......)))))))))))..)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((...((((..........)))).(((((.......................))))).)))).)).))).((((.........(((........)))......(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))..))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((....................((.....))(..((((((((.((..(.(((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....))))))).)..))......))))))))..)..)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((......)).(((((........))))).((.(......).))...((((.(((((.((((....((((((......)).)).))...))))).))))).)))((((..(((((((((...(((((((.....))))).((((((((((((((.......)).)))).))).((.((((..))))))(.(((((((........))).))))).))))).((((((.(((((........)))))(((((...).))))((......))(..)..(((..(((((...(((..))).)))))..))))))))))))))))))))))))...... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(..............................)..((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....((.(((((((.(...(((((....((((............))))...))))).).......((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((......(.(((((..(.(.(.((.(((((....))))).))...).)...).......)))))).)))))....)))))))....))......)))))))))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..)))))))).........((((.................)))).((((((..........((........)).......(.(((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((...((.(((((....))))).)).....))..........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))).)..)))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.....((((..........))))..))))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..........))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(..((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))..)..)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....((((..........)))).((((......))))..((((..........)))).((((.......))))...))).(((((........)).))).((((((...(((.(((.(((((.....)))))..))).(((((((............))).)))).))).........((((.((((.((((.....)))).)))))))).......((((.((((........)))).(((((....)))))..(((((..............))))).((((.....)))).......))))....)))))).............. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...{{{{{{{{..))))....}}}}.((((......))))...(((((..}}}}.......<<<<)))))..>>>>.......(((((........)).))).(((((((((.....))).((((.....)))).((((..(((((((............))).))))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((.........((((........)))).(((((....)))))..(((.[[[[[...[[[[.[[[.))).]]]]]]]....))).....]]]]]....)))))).............. |