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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00627



RNA: RFA_00627
Rfam family: rne5

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((..........))))..................(((((((((((((.............................)))))..)))))))).....(((((((((((.......(((((((...................................................((((.(((((((((.....))))))))))))).............(((((...........(((((....)))))....................)))))...........)))))))............))))))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((((((((((.....(((((....(((((..........)))))...))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))....)))))))...))))....)))))))))))).........
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((..........))))..))))))))........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).))))...(((((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((((.((((.((.(((((....))))).)).))..))))........))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))....))...
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.............................(((((((((((.......(((((.......(((((((((((((..(((((.........(((((............((((.((((...............)))))))).(((........((((........)))).(((((....))))).)))..)))))..))))).))))))......))))))))))))............)))))))))))..)))))).
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((.((.....))))))..))))))))........(((((((............)).)))))((((((....((((((((........))).)).)))((((((((((...(((((((((((.(((.((((..(((((((............)))).))))))))))......((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((.(.(((((((.(((((....))))).)).))).))).........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))))...)))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((..........))))..))))))))........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((...((((((...((((((..(((((........(((((.............((((.((((.((((.....)))).))))))))..........((((......)))).....(((((....)))))..)))))......))))).)))))).....)))))))))))))...)))).....))))))))))).........
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RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((............))))...))))).........((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((.....((.(((((........((.(((((....))))).))....((........)).))))))))))))....)))))))............))))))))))).........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(((((((((((.((..(.(((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....))))))).)..))......)))))))))))..)))))).
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((....................((.....))(..((((((((.((..(.(((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....))))))).)..))......))))))))..)..)))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((......)).(((((........))))).((.(......).))...((((.(((((.((((....((((((......)).)).))...))))).))))).)))((((..(((((((((...(((((((.....))))).((((((((((((((.......)).)))).))).((.((((..))))))(.(((((((........))).))))).))))).((((((.(((((........)))))(((((...).))))((......))(..)..(((..(((((...(((..))).)))))..))))))))))))))))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(..............................)..((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....((.(((((((.(...(((((....((((............))))...))))).).......((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((......(.(((((..(.(.(.((.(((((....))))).))...).)...).......)))))).)))))....)))))))....))......))))))))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((..........))))..)))))))).........((((.................)))).((((((..........((........)).......(.(((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((...((.(((((....))))).)).....))..........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))).)..)))))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.....((((..........))))..))))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(..((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))..)..)))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((....((((..........)))).((((......))))..((((..........)))).((((.......))))...))).(((((........)).))).((((((...(((.(((.(((((.....)))))..))).(((((((............))).)))).))).........((((.((((.((((.....)))).)))))))).......((((.((((........)))).(((((....)))))..(((((..............))))).((((.....)))).......))))....))))))..............
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...{{{{{{{{..))))....}}}}.((((......))))...(((((..}}}}.......<<<<)))))..>>>>.......(((((........)).))).(((((((((.....))).((((.....)))).((((..(((((((............))).))))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((.........((((........)))).(((((....)))))..(((.[[[[[...[[[[.[[[.))).]]]]]]]....))).....]]]]]....))))))..............