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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PPfold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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