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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00628



RNA: RFA_00628
Rfam family: rne5

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((........))))).................................................................................(((((((((((.......(((((((.......................................................(((((((((.....))))))))).................(((((..((((((......................)))))).........))))).............)))))))............))))))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((((((((((.....(((((....((((...........))))....)))))........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((....((..((((((((....))))))))....))...........)))))..)))))......)))))))...))))....)))))))))))).........
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....(((((....((((...........))))....))))).............((((.((((.....)))).))))....(((((((......(((((...........(((((....)))))....((((....))))....))))))))))))......)))))))...)))).....))))))))))).........
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..(((((........))))))))).)))))..........(((.((((..((((......((....))(((.....)))..))))..)))).)))((..(((((((((((((.((..(.(((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))...(((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).))).))).(......)))))))))))))...)))))))))).)..))......))))))))))).))..))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..((((((......))))))))).))))))...(((..((((((((..(((.((((........))))))).)))).............))))...)))(((((((((((((((((((((((((((.(.(.(((((.(((((((.((......))))))).))))))))(((..))((((.(((.(((((((..)))))))))))))).(((...................)))..((((((...).)))))..)(((......)))((.(.(((((...))))))))))))))))..)))).)))..))))))))))).))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(..............................)..((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....((.(((((((.....(((((....((((...........))))....)))))........((((.((((.((((.....))))).)))))))(((((......(.(((((..(.(((.((.(((((....))))).))...)))...).......)))))).)))))......)))))))....))......))))))))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..(((((........)))))))).))))))..........(((.((((..((((..............(((.....)))..))))..)))).))).(..(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))....((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).)).)))).........))))))))))))...)).)))))))...)))).....)))))))))).)))..)...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....(((((....((((...........))))....))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))......)))))))...)))).....))))))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..(((((........)))))))).)))))).........((((.((((.(((......))).(((...(((.....)))..)))...)))).))))......((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))...(((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))...))))))))))...)))).....))))))))))..........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((...((((........)))).))).))))))........(((((........))))).((((.......))))......((((.............)))).((((((((.....))))))))..((((((...........((((...........)))).((((......)))).....((((.((((.....))))..)))).(((.............((((........)))).(((((....)))))....((((....)))).....((((..((((.......))))....(((.....)))))))..))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...((((........)))).))).))))).(((.....<<<<<.))).(((>>>>>.(((((....)).))).......(((.............))).))).((((((((.((({{{{......)))...((((.....((((...........)))).aaaa))))..AAAA.....((((.((((.....))))..))))}}}}.[[[((((.....((((.....ccc)))).(((((....)))))....((((....))))....bbbb.CCC))))....BBBB.(((....))).......))))))))..]]]......