|
|
|
GUUUCCGCACCGAAACUUGUUAAAACAAAAAGUUUAGCGGAAUAACCCAUUUUGUCUGACCGAUCAUCAACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUUUUUCAGACAGUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGUCCUUACCGGUAGAUAGGAUCUUCUCUGGAGAGUAAUGCCCAGGCUGCUUCCCUGAUAAUUGCGCUGUGUUUCCGUAUGAAAUACAGGCAACCGACACUCUGCGCCUCUUUGAGCUGACGAUAACCGUGAGGUUGGCGACGCGAAAUAGUCACGAGGCCAUCGGUUCAUGCCCGGUAAGGCGUCACCAUGCCCGCAGCUUAGUCGUCAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((.......(((((....))))).......)))))))........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))...............)))))..)))))......)))))))...........))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........)))))))))))........) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................(((.(((...((((...((((.......)).......))..))))...))).)))....((..(((((.....))))..)......((......(.(....(..(..........)..)....).)..........(.((.((((.((((.....)))).)))))))...........))...............((.(((((....))))).))..))................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((((....))))...)))..))))))..((.....((((((((..(((((...(((................)))..)))))..))))))))...(((((((((((((......(((((((((((((...(((..((((.((.(((((..((....))))))).)).(((..((((((((((((((.....)))))))))....(((((.(((.(((.....................)))))))))))...)))))....)))..))))..)))...)).)))).))))))).........))))))))))).)).))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........(((((((((((((((...........................))))))))))))))).....(((((((((((......(((((((((.................................................((((.(((((((((.....)))))))))))))............(((((.............(((((....)))))..................))))).............))))))))).........)))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((..(((((((.....(((((.((((((((..........)))))))))))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))...............)))))..)))))......)))))))...)))....))))))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....(((((((......)...)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..))))))))...(((((((((((((((..(.(((((((((..................(..........)((((.......))))....((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((.....((...((.(((((....))))).))..))...........)))))..)))).......)))))))))...)..)).))))))))))).))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((........((((....))))........)))))).........((((((((..(((((...(((((....).)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((......(...((.(((((....))))).))..)............)))))..)))).......))))))))).........)))))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..))))))))......((((((((((....(.(((((((((.........((..(((.((((......(..((((.......)))).....(((.(((((((((.....)))))))))))).........).....))))..)))..))....(((((...((((.(.(((........))).)..))))..))))).....))))))))))........)))))))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((((....))...)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))...(((((((((((((((..(.(((((((((............((((()))))...((...((((.......))))...))(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))...........)))))..)))))......)))))))))...)..)).))))))))))).))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....((((.............))))..)))))).........((((.((((..((((...(((((....).).......)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....(.(((((((((.....((((.....((((............))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..(..((...((.(((((....))))).))..)))..........))))))))))))......))))))).).))......)))))))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((.....((((..[[[[.....))))......]]]]..((((.....[[[[.))))..]]]]....((((.(((((((((.....)))))))))))))......(((...[[[[[...))).......(((((....)))))..(((........)))..]]]]].((((....[[[[[))))..]]]]]......)))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).))))))..........(((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))).((.(((((((((((((((..(.(((((((((.((((...))))..((.((.(((((..((....))))))).)).)).....((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.((((.((.(((.....))).)).)))).(((........)))..))))))))))))......))))))))))..))....))))))))))....))).)) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))(((.........(((((.............(((((....)))))..................)))))...))).......))))))))).........)))))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....((((((...........)))))).)))))...........((((((((.(((((...(((((....))........)))..))))).))))))))....(((((((((((((((.((((((((((((......((((.((.((((..........)..))))))))).........(.((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((..(..((..(((.(((((....))))).)).)))..)........))))))))))))......))))))))).)))..)).))))))))))).))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....(((((.............))))).))))))..........(((((((...((((...........................))))...)))))))......(((((((((((.(....(.(((((((...............(((..........)))..................((((.((((.((((.....)))).))))))))((((........(((((...(..(...((.(((((....))))).))..))...........)))))..)))).......))))))).)...).....)))))))))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))......((((((((((((..(.(((((((((((.............(.((.(((((..((....))))))).)).).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.((((.((.(((.....))).)).)))).(((........)))..))))))))))))...)).))))))))))..))....)))))))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......))))..[[[[...)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((.........(((((...)))))(((((...((((.......))))...))))).(((((((((.....)))))))))..((((((........(((((.....((((((............))))))(((........)))..)))))..)))))).....)))))))))]]]].....)))))))))))......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((((..(.(((((((((....(((((.....(((((..........))))).....).)))).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((..(((((.(.((.(((((....))))).)).))).......))).))))))))))))......))))))))))..))....)))))))))))......... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................(((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))).......(((((((((((.........(((((...................................................(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))....(.......)..)))))..))))).......)))))............)))))))))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((.............))))...))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...(((.(.((((((.....(((((..(((((((..........))))))).)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((....((..(.((.(((((....))))).))...))).........))))))))))))......))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((.............))))...))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...(((.(.((((((.....(((((..(((((((..........))))))).)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((....((..(.((.(((((....))))).))...))).........))))))))))))......))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((.............))))...))))).........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....((((((((((..........((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))...............)))))..)))))......)))))).............))))))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))).........)))))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...(((((....).)))).........)))))..))))))))...((((((((((((((((.(.((((((((((((.................(((((..........)))))..........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.((((....(((.....)))....)))).(((........)))..)))))))))))).).)).))))))))))).))....))))))))))....)))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((......(((((........(((((......((((.......))))....((((.(((((((((.....))))))))))))).....)))))..(((((.......((((..(((((....))))).............)))).)))))....)))))....))))))))).........)))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((...........))))))................((((((((..(((((..............((((...))))..)))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((..................................................(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((((((.........(((((....)))))......))))........)))))..)))))......)))))))...........)))))))))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........(((((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))))).....(((((((((((........(((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.(((..((((.....))))..))))))(((((.....((.(((((..........((.(((((....))))).))..((......))...))))))))))))......)))))))...........)))))))))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.((....))....).)))..)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........)))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).))))))...(((...((((((((..(((((...(((((....)).(....).)))..)))))..))))))))...).))(((((((((....(.(((((((((((((..((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))))).....)))))((.....((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).)))))))).)).)))))))))........)))))))))........... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(..((((((..........).))))))))))))..........((((((((((((((((.(((.(.............))))))))))))))))))))(...((((((((((((((((((.(((((((((...(((..)))..((((..))))......(((((.......))))((......))((((((........))).)))....)(((((.(((.((((((((........).)).)).)))))))))))....(((....)))((.(.((((...))))).)).)))))))))))..).)).))))))))))).))...).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................((((((((...((((...((((.((....))....).))).).)))...)))))))).....(((((((((((....((...((((((.(....(((.....(..(...........)..).....)))..)......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((......(.(((((..(....((.((.(((((....))))).))...))..).......)))))).)))))......))))))....))......)))))))))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((....((.(....)..))..........)))))..))))))))......((((((((((....(.(((((((((...............(.((..((((..((....))))))..)).)....((((.(((((((((.....)))))))))))))...................((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........)))))))))).......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((......(((.....(((((..........))))).....))).........((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))...........))))))))))))......))))))))))........)))))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))...(((((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........))))))))))....)))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....((((((...........)))))).))))).(((......)))....((((.......((((.......))))........((((....)))).........(((((((.....)))))))....))))........((((.....))))........((((.......))))....((((.(((((((((.....))))))))))))).((((...(((((((((...............(((....))).(((...........)))..))))).(((((.......)))))..(((((....))))).))))....)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((....)))..((((..((((((((.....))).(((((((..........(((((....)).))).(((........))).))))))).(((..(((((((.....)))))))...((((.(((.....)))...))))[[[[))).<<<<<<<]]]])..>>>>....(((((..(((((((.....))))))).>>>.{{{{...))))..(((((..bbb(((((.....(((....))).aaa..)))))....AAA..)))))..BBB)))))....}}}}..(((((....)))))....))))......... |