CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00630



RNA: RFA_00630
Rfam family: rne5

GUUUCCGCACCGAAACUUGUUAAAACAAAAAGUUUAGCGGAAUAACCCAUUUUGUCUGACCGAUCAUCAACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUUUUUCAGACAGUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGUCCUUACCGGUAGAUAGGAUCUUCUCUGGAGAGUAAUGCCCAGGCUGCUUCCCUGAUAAUUGCGCUGUGUUUCCGUAUGAAAUACAGGCAACCGACACUCUGCGCCUCUUUGAGCUGACGAUAACCGUGAGGUUGGCGACGCGAAAUAGUCACGAGGCCAUCGGUUCAUGCCCGGUAAGGCGUCACCAUGCCCGCAGCUUAGUCGUCAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .(((((((.......(((((....))))).......)))))))........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))...............)))))..)))))......)))))))...........))))))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........)))))))))))........)
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................(((.(((...((((...((((.......)).......))..))))...))).)))....((..(((((.....))))..)......((......(.(....(..(..........)..)....).)..........(.((.((((.((((.....)))).)))))))...........))...............((.(((((....))))).))..))...................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((((....))))...)))..))))))..((.....((((((((..(((((...(((................)))..)))))..))))))))...(((((((((((((......(((((((((((((...(((..((((.((.(((((..((....))))))).)).(((..((((((((((((((.....)))))))))....(((((.(((.(((.....................)))))))))))...)))))....)))..))))..)))...)).)))).))))))).........))))))))))).)).))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........(((((((((((((((...........................))))))))))))))).....(((((((((((......(((((((((.................................................((((.(((((((((.....)))))))))))))............(((((.............(((((....)))))..................))))).............))))))))).........))))))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((..(((((((.....(((((.((((((((..........)))))))))))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))...............)))))..)))))......)))))))...)))....)))))))))))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....(((((((......)...)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..))))))))...(((((((((((((((..(.(((((((((..................(..........)((((.......))))....((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((.....((...((.(((((....))))).))..))...........)))))..)))).......)))))))))...)..)).))))))))))).))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((........((((....))))........)))))).........((((((((..(((((...(((((....).)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((......(...((.(((((....))))).))..)............)))))..)))).......))))))))).........))))))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..))))))))......((((((((((....(.(((((((((.........((..(((.((((......(..((((.......)))).....(((.(((((((((.....)))))))))))).........).....))))..)))..))....(((((...((((.(.(((........))).)..))))..))))).....))))))))))........))))))))))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((((....))...)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))...(((((((((((((((..(.(((((((((............((((()))))...((...((((.......))))...))(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))...........)))))..)))))......)))))))))...)..)).))))))))))).))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....((((.............))))..)))))).........((((.((((..((((...(((((....).).......)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....(.(((((((((.....((((.....((((............))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..(..((...((.(((((....))))).))..)))..........))))))))))))......))))))).).))......))))))))))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((.....((((..[[[[.....))))......]]]]..((((.....[[[[.))))..]]]]....((((.(((((((((.....)))))))))))))......(((...[[[[[...))).......(((((....)))))..(((........)))..]]]]].((((....[[[[[))))..]]]]]......))))))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).))))))..........(((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))).((.(((((((((((((((..(.(((((((((.((((...))))..((.((.(((((..((....))))))).)).)).....((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.((((.((.(((.....))).)).)))).(((........)))..))))))))))))......))))))))))..))....))))))))))....))).))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))(((.........(((((.............(((((....)))))..................)))))...))).......))))))))).........))))))))))).........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((....((((((...........)))))).)))))...........((((((((.(((((...(((((....))........)))..))))).))))))))....(((((((((((((((.((((((((((((......((((.((.((((..........)..))))))))).........(.((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((..(..((..(((.(((((....))))).)).)))..)........))))))))))))......))))))))).)))..)).))))))))))).))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....(((((.............))))).))))))..........(((((((...((((...........................))))...)))))))......(((((((((((.(....(.(((((((...............(((..........)))..................((((.((((.((((.....)))).))))))))((((........(((((...(..(...((.(((((....))))).))..))...........)))))..)))).......))))))).)...).....))))))))))).........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))......((((((((((((..(.(((((((((((.............(.((.(((((..((....))))))).)).).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.((((.((.(((.....))).)).)))).(((........)))..))))))))))))...)).))))))))))..))....))))))))))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......))))..[[[[...)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((.........(((((...)))))(((((...((((.......))))...))))).(((((((((.....)))))))))..((((((........(((((.....((((((............))))))(((........)))..)))))..)))))).....)))))))))]]]].....))))))))))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((((..(.(((((((((....(((((.....(((((..........))))).....).)))).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((..(((((.(.((.(((((....))))).)).))).......))).))))))))))))......))))))))))..))....))))))))))).........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................(((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))).......(((((((((((.........(((((...................................................(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))....(.......)..)))))..))))).......)))))............))))))))))).........
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......((((.............))))...))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...(((.(.((((((.....(((((..(((((((..........))))))).)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((....((..(.((.(((((....))))).))...))).........))))))))))))......))))))...)))).....))))))))))).........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......((((.............))))...))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...(((.(.((((((.....(((((..(((((((..........))))))).)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((....((..(.((.(((((....))))).))...))).........))))))))))))......))))))...)))).....))))))))))).........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......((((.............))))...))))).........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....((((((((((..........((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))...............)))))..)))))......)))))).............)))))))))).........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))).........))))))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...(((((....).)))).........)))))..))))))))...((((((((((((((((.(.((((((((((((.................(((((..........)))))..........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.((((....(((.....)))....)))).(((........)))..)))))))))))).).)).))))))))))).))....))))))))))....)))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((......(((((........(((((......((((.......))))....((((.(((((((((.....))))))))))))).....)))))..(((((.......((((..(((((....))))).............)))).)))))....)))))....))))))))).........))))))))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((...........))))))................((((((((..(((((..............((((...))))..)))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((..................................................(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((((((.........(((((....)))))......))))........)))))..)))))......)))))))...........))))))))))).........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........(((((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))))).....(((((((((((........(((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.(((..((((.....))))..))))))(((((.....((.(((((..........((.(((((....))))).))..((......))...))))))))))))......)))))))...........))))))))))).........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.((....))....).)))..)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........))))))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).))))))...(((...((((((((..(((((...(((((....)).(....).)))..)))))..))))))))...).))(((((((((....(.(((((((((((((..((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))))).....)))))((.....((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).)))))))).)).)))))))))........)))))))))...........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.(..((((((..........).))))))))))))..........((((((((((((((((.(((.(.............))))))))))))))))))))(...((((((((((((((((((.(((((((((...(((..)))..((((..))))......(((((.......))))((......))((((((........))).)))....)(((((.(((.((((((((........).)).)).)))))))))))....(((....)))((.(.((((...))))).)).)))))))))))..).)).))))))))))).))...)..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................((((((((...((((...((((.((....))....).))).).)))...)))))))).....(((((((((((....((...((((((.(....(((.....(..(...........)..).....)))..)......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((......(.(((((..(....((.((.(((((....))))).))...))..).......)))))).)))))......))))))....))......))))))))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((....((.(....)..))..........)))))..))))))))......((((((((((....(.(((((((((...............(.((..((((..((....))))))..)).)....((((.(((((((((.....)))))))))))))...................((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........))))))))))..........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((......(((.....(((((..........))))).....))).........((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))...........))))))))))))......))))))))))........))))))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))...(((((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........))))))))))....)))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((....((((((...........)))))).))))).(((......)))....((((.......((((.......))))........((((....)))).........(((((((.....)))))))....))))........((((.....))))........((((.......))))....((((.(((((((((.....))))))))))))).((((...(((((((((...............(((....))).(((...........)))..))))).(((((.......)))))..(((((....))))).))))....))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......))))).(((....)))..((((..((((((((.....))).(((((((..........(((((....)).))).(((........))).))))))).(((..(((((((.....)))))))...((((.(((.....)))...))))[[[[))).<<<<<<<]]]])..>>>>....(((((..(((((((.....))))))).>>>.{{{{...))))..(((((..bbb(((((.....(((....))).aaa..)))))....AAA..)))))..BBB)))))....}}}}..(((((....)))))....)))).........