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GGAUGUGAGGGCGAUCUGGCUGCGACAUCUGUCACCCCAUUGAUCGCCAGGGUUGAUUCGGCUGAUCUGGCUGGCUAGGCGGGUGUCCCCUUCCUCCCUCACCGCUCCAUGUGCGUCCCUCCCGAAGCUGCGCGCUCGGUCGAAGAGGACGACCAUCCCCGAUAGAGGAGGACCGGUCUUCGGUCAAGGGUAUACGAGUAGCUGCGCUCCCCUGCUAGAACCUCCAAACAAGCUCUCAAGGUCCAUUUGUAGGAGAACGUAGGGUAGUCAAGCUUCCAAGACUCCAGACACAUCCAAAUGAGGCGCUGCAUGUGGCAGUCUGCCUUUCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.(((((((.((...((....((((((((((.(((((..(((((((...........))).)))))))..))...)))))))))).)).))..)))))))...))).......((((((((((.((.....))))))(((....(((......))).)))..)))).)).............................(((...((.((((((......((((..(((((.............))))).))))...)))))).))...)))......................(((.((((((((((.....)))))..)))))..)))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.(....((..(.((((((((((...(((..(((((((.(((....)))))).))))....)))...)))))))))))))...).))))))).(((((((((((((.((((((((.((.....)))))).......(((.((((.(((((......)).)))..))))....(((..((((....((..((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..))))))....))))..)))...)))....)))).)).)))))))).))).........))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((....(((....)))...)))..))))))).(((.....(((.(((...........))).))).....))).(((((....((((......((((((..((.....))..)))))).))))....))))).....................(((((.....))))).................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((....(((....)))...)))..))))))).(((((.....((((((((((((.((...(((((((((.(((((((((..((..........((((((.............))))))..(((((.......)))))......))..))))).((((((...)))))).))))...)).....))).))))..)).))))))((((....((...((((...............))))...)).))))..))).))).....)))))....)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.........................)))))))........................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.............((((((((((...(((..((((.((...........))..))))....)))...)))))))))).........))))).....................((............))..............................................................((....((.((((((...........................................)))))).))....))..........................((((.(((((.....)))))...))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((............((((((((((...(((..(((((((...........))).))))....)))...))))))))))........))))).............(((((...((((.(.......))))).......))))).....................((.......))..............(.((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..)))).).............))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((............((((((((((...(((......((((((((.......))...)))))))))...))))))))))........))))..............(((((...(((..((.....)).))).......)))))....................((((.....))))...............((((..(((.((((((.....(((.((((...((.......))...)))).))).....)))))).)))..))))..............)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((...((....((((((((((.(((((......(((...........))).....)))..))...)))))))))).)).))..)))))))....(((((((((..((((((((.((.....)))))).....((((((..((.(((.(....).)))))....)))))).(((..((((......(.((((..(((.((((((......((((..(((((.............))))).))))...)))))).)))..)))).)....))))..)))..........))))...)))))))))..)))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(....((....((((((((((...(((..(((((((.(((....)))))).))))....)))...)))))))))).))...).))))).........((..(((((.((((((.((.....)))))).....)))))))..))(((.(....).))).(((((.....)))))..(((.......(.((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..)))).).....))).....))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................((((((((((.........................((((.......))))....))))))))))..........................(((((...((((.(.......))))).......))))).................................................((....((.((((((.........(.......(.......).......).........)))))).))....))...............))))))).....(((((((((.....)))))..))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((....(((....)))...)))..)))))))((((.....((((((.....))))))...[[[[[.............))))..]]]]]....((((((.[[[[........)))))).........]]]]..((((...[[[.......(((((....)))))))))..]]].....((((((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..))))......))))....)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((...(((((((((((((((((.(((((..(((((((.(((....)))))).)))))))..))...))))))))))(((((.((((.((..((....(((..(((((.((((((.((.....)))))).....)))))))..)))...))...))))))(((((.....)))))))))).......))))))))))))((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).((((..........)))).....)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................((((((((((...(((...((([[[[[.............)))]]]]])))...))))))))))((((.(((((.((........(((..(((((...(((.(((.....)))))).......)))))..)))........)))))))...............)))).........((((..(((.((((((.....(((.((((...((.......))...)))).))).....)))))).)))..))))..............)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((..(.(((....))).).)))..))))))).(((((....(((((.....))))).........((((.(((((.(((.(((..............(((((((((((.((.....))))))..).)).))))..............)))))).((((.....)))).))))).))))....((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..)))).....))).))...)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((.....(((((.((((((((((.(((((..(((((((.(((....)))))).)))))))..))...))))))))))((((.((((.(((...(....(((..(((((.((((((.((.....)))))).....)))))))..)))...)....)))))))((((.....))))..))))........)))))..))).((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).(((............))).....)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((([[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[....))))))).]]]]....(((((((...)))))))...]]]]]]]]]](((((((((((((((((......((((((.............)))))).))))....))))................))))..((((((...))))))))))).......]]]]]]].....((((((......((((..(((((.............))))).))))...)))))).((((..........)))).....)))))))....((((((((((.....))))..))))))..... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.....................(((((((...........)).))))).(((((((.......)).....................................((((.(.....)..))))...........................................................)))))..........))))))................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.((...((..(.((((((((((.(((((..(((((((...........))).)))))))..))...))))))))))))).))..)))))))....((......((((...((((.((.....)))))).....)..))).........(....).......................))...............((..((((((..((...))..........(.....).(........)......))))))..))........................)))(((.((((((((((.....)))))..)))))..))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.((...((....((((((((((.(((((..(((((((...........))).)))))))..))...)))))))))).)).))..)))))))....((......(((((..((((.((.....)))))).....).)))).........(....)...((..............))..))...............(...(((.((..((...))..........(.....).(........)......)).)))...)........................)))(((.((((((((((.....)))))..)))))..))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((....(((....)))...)))..))))))).(((((...((((((.....))))))...((...((((.(((((((..((((..((..((..((((((..((.....))..))))))..)).))..))))..((((.(((((......)).)))..))))...))..))))).))))....((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..)))).))..))).))...)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................((((((((((...(((..(((((((.(((....)))))).))))))).......))))))))))(((((((((.(((........(((..(((((.((((((.((.....)))))).....)))))))..)))........)))))))(((((...))))).))))).........((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..))))..............)))))))(((.((((((((((.....)))))..)))))..))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((..........)))).......))))))).(((((.....((((....((((((.....((((((((.(((((....((((..........((((((.............))))))..(((((.......)))))..........))))..((((((...))))))))))).))))......))))....((((((......((((..(((((.............))))).))))...)))))))))))))))).....)))))....)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.....................(((.(((...((..(.((((((.....)))))).)..)).))))))..................................((((.(.......)))))..........................................................................))))))..................................................................................((.(((((.....)))))...))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((..(.(((....))).).)))..))))))).(((((.....(((((((..(((((((((..((..((.(((...((..((((..((..((..((((((..((.....))..))))))..)).))..))))..((((.(((((......)).)))..))))...))....)))))..))..)))))).))).((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....))))))..))).)))).....))).))...)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((..(.(((....))).).)))..))))))).(((((.((((..(((.(((((....))))))))((((.(((((((..((((..((..((..((((((..((.....))..))))))..)).))..))))..((((.(((((......)).)))..))))...))..))))).))))))))((((..(((.((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....)))))).)))..)))).....))).))...)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((((....(((....)))...)))..))))))(((.(........))))...((((((((((...((((.......))))(((((..(.((((.((((...((((.((((((..((.(((..(((((.(....))))))....(((.......)))).))))))))))...))))....))).((((...........)))).(..)..((((((.((((...)))).)))))).))))))..).))))))))))......(..))..))))))))))))....((((((((((....).))))..)))))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((....................................................(...(....(....................)).....)))))...)))((((((((((((.((((.((.....))))))....)).)))))....(.(((...........((((.....))))...)))...)(.(((.(((..(((.((((((......((((...((((.............))))..))))...)))))).)))..))).......)))...).)))))...((.((((((((((.....)))))..)))))...)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((..(.(((....))).).)))..)))))))...(((.....(((..........((((...........((((......................(((((...(((..((.....)).))).......)))))...................(((((.....))))).)))).........))))......((((((.....(((.(((....((.......))....))).))).....)))))).......))).....)))......)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((....(((....)))...)))..))))))).(((((.....(((((((...((.(((((..((..((.(((...((..((((..((..((..((((((..((.....))..))))))..)).))..))))..((((.(((((......)).)))..))))...))....)))))..))..)))))))....((((((.....(((.((((...(((.....)))...)))).))).....))))))..))).)))).....))).))...)))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((..........)))).......)))))))..((((.....))))..(((((....))))).((((((.(((.((((.((((..........(((((...............)))))..(((((.......)))))..........))))..(((((.....))))).))))...(((..((((...........))))....((((..(((((.............))))).))))..))).))).((((..........))))......))))))....((((((((((.....)))))..)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((((......(((.<<<<<<...))).......>>.>>>>...((((.....))))..(((((....)))))..aaaa)))...(((((...AAAA.[[[...[[[[[.)))))...(((((.]]]]]..(((((....eee)))))..........EEE)).bbbbb.))).BBBBB..........]]]((((...........))))..((((....(((((.{{{{........)))))..}}}}.....))))dddd.)))))....DDDD......(((..((.....ccc..))..)))(((.CCC.)))....... |
