RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00680

RNA: RFA_00680
Rfam family: Hammerhead_1

			AUCCAGUUGACGAGUCCCAAAUUGGACGAAACGCGCGUCAAACUGGAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((.......((((......))))...(((())))....))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........))))).)))))))
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((......))))........)))).........
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((......))))........)))).........
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((......)))).............))))))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....................................))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......................))))...))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((.((((......))))........)))))..))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((......))))...((....))...)))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(.............................)...))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((...........................))....)))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........))))).)))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..(((((..)))))(((...))))))).))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.((((......))))........)))))...)))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((.((((......))))........)))))...)))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.........(((........))).................))).
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...((((.((((......))))........))))....)))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.((((......))))........))))).)))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))))).))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((...((..........))..........))....)))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(..(....).............((....))).........
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((...((.(.((..........))....).....))....))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((.(....)..............(....))).........
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(....).............((....))..........
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))(.....).)))).))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))))).))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((.(...)))))........))))).)))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...........)))))))......................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((......)))).............))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))))).))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((...(((...))).((...)).))))))).))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...((((.((((......))))........))))....)))))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((......))))........))))...))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........))))).)))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.((((......))))........))))).)))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((......))))........)))).))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.((((......))))........)))).))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.((((......))))........)))).))))))).

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