RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00703

RNA: RFA_00703
Rfam family: Hammerhead_1

			CUUUCCCUGAAGAGACGAAGUGAUCAAGAGAUUGAAGACGAGUGAACUAACGACUCCUCCUUCUCUCACAAGUCGAAACUCAGAGUCGGAAAG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((.......((((.....................................................))))...((((.)))).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((...((((....(((......((.((((.........)))).))...)))))))..)))......)))....))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((.....((.((((.........)))).))..))))))))..))).....))))....))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......(((.......................................................))).............))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((....(((.((((.........)))).)).)))))))))..))).....))))....))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(...(((.(((....(((((..((.(.((..........))...).))..))))))))...)))...)))))....))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.......((((....))))...(((..((((....................))))..)))....)))......))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((....(((.((((.........)))).)).)))))))))..))).....))))....))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....(((((........((((....))))....[[[(.......{{{{{{.....)))))...........)]]].}}}}}})))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(.......................................................................)......))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((........((((.........)))).....))))))))..))).....))))....))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((.(((.....(((....((...((((.........))))....))))).)))...)))....))))....))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((....(((..(((..(........)..)))...............................)))......))))....))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....(((...((..............)).....................)))...............................)))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((....((((.........)))).))..))))))))..))).....))))....))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((.........((((..((((..((((.........))))...)))))))).....)))....))))....))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((..<<<<([[[[[[..(((({{{.))))))..((((..]]]..aaaaaa}}}(()>>>>....))]]]..)))).AAAAAA)))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((...((.........................................................))...........)).)))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((...((.(.((.........................................................))....)......)).))...
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((.((((.((((((....))))....((((.........)))).))))))))))...(((....))))))....))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(.(((...((((....((((........((((.........)))).....))))))))..)))....)))))....))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................((((((....(((...........))).....)))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((.((((...((((....))))....((((.........))))...))))))))............))))....))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((.......................................................)))...................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((..((((.(.(((((..))))))((..((.(........)))..)))))).)))))).)(((......)))...))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........(..................................................................).....)))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...(((.....((((..(.....((((.........))))..)..)))).)))..))).....))))....))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((.((((.((((((....))))....((((.........)))).)))))))))).....((((.........))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((......))))....((((((((....))))....((((.........)))).........))))...((((.........))))....

---