RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00705

RNA: RFA_00705
Rfam family: Hammerhead_1

			AUCCAGUUGAUGAGUCCCAGAGAAGGACGAAACGUGCAUCCUGGAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((.......((((.......))))...(((()))).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((.((((.......))))....))).))..))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((.......))))........))))......
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......((((.......))))............))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((...(((.........)))..........))))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(...((((.......))))(.......).).))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......((((.......))))............))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......((((.......))))............))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(..............................)))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((.((((.......))))....))).))..))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((.((((.......))))....))).))..))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..)))))).((((((((...))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..(((((((((.......)))).......)))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(......................................)...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((.((((.......))))....))).))..))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(....((.(.(((.........)))....).....))..)...
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((.((((.......))))....))).))..))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((.......))))........))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((((((((.......))))...(..))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((......(.((((.......))))...........).)))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((....((((.......))))........))..))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((.((((.......))))....))).))..))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.((((.......))))........))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.((((.......))))........))))))))).

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