|
|
|
GUCUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUACCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCGGGGAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))...(((((((....)))))))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((((....)))))...))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................((((..................))))....................((((...)))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((....)))))).....)))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(..(((((((())))))))..)........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((.[[[[[[.))))...........))))))....(((((((((....)))))....))))]]]]]]...((((((((....)))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((....)))))).....)).....(((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))..(((((((((....)))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((....)))))).....)))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((..)))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))......((((....))))...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..)))).(.((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))).((((((((....)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((......((((...((((.....))))..))))...))))..((((((((....)))))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..........(((((....)))))...........))))..((((((((....)))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....))))))))))).......(....)((((...)))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(....(((((......)))))........(((.(((..(((.((((.(((((((..))).)))))))))))))))))(((((((((..))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((..(((((....)))))...)))).).((((.((...((((.((((....)))).....)))).))))))..((.(((((....))))).)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...(((.......)))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).(((((.....)))))...((((....(((....))).(((.....))).))))..((((((((....)))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).(((((.....)))))...(((((...(((....))).(((.....))))))))..((((((((....)))))))).. |