CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00786



RNA: RFA_00786
Rfam family: Gammaretro_CES

GUUUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUACCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGGGUUCGAGACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAAGGAC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((.((((........))))(((((((((..........))))))))).......))))))....(((((((....))))).))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................((((..................))))....................((((...))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................((((..................))))....................((((...))))
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))............(((((((((((.....)).)))))))))................((.(((((....))))).))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((....)))))).....))....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(..((((((....))))))..)........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((())))))))...........(((((((((((((...))).))))))))).............)..((.(((((....))))).))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.{{{{{))))).....((((...[[[[[[[[[))))......]]]]]]]]].......}}}}}.......(((((....))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..)))).(((((((((((((((...))).))))))))).....(((((........)))))....[[[)))..]]]
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))...(((((((....)))).)))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.[[[[[)))))............(((((((((..........))))))))).......]]]]].....(((((((....))))).))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))))))))))))..)))..(((((....))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((....)))))).....)).....(((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))..(((((((((....)))))))).)
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((....)))))).....)).....(((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))..(((((((((....)))))))).)
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((....)))))).....)))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))...(((((((....))))).))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..)))))))............(((((((((..........))))))))).....(((((........)))))....((((...))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))......((((....))))......
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))......((((....))))......
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))....)))))).))))..((((((((....))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))...(((((((....))))).))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))....(((((((((..........))))))))).....(((((........)))))....((((...))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..........(((((....)))))...........)))).....(((((....))))).....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....))))))...))))....((((..........(((((....)))))...........)))).....(((((....))))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....))))))))))).......(....)((((...))))
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....))))))))))).......(....)((((...))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((.((((........))))(((((((((((.....)).))))))))).......)))))....((.(((((....))))).))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(.((((((.((((........))))(((((((((((.....)).))))))))).......)))))))..((.(((((....))))).))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......)))))........(..((..))((.......))...)(((((((..)).)))))..))))).((((((((..)))))).))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((..(((((....)))))...)))).).((((.((...((((.((((....)))).....)))).))))))..((.(((((....))))).))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((((((....))))))....)))....((((.((...((((.((((....)))).....)))).))))))..((.(((((....))))).))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((.................(((((((((..........))))))))).......)))))....((.(((((....))))).))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....)))))).(((((.....)))))......((((......(((((.......))))).)))).....(((((....))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.((((((....))))))..)))).[[[(((((((((((.....)).))))))))).))).(((((]]].....)))))....(((.....)))