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GUUUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUACCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGGGUUCGAGACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAAGGAC |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).)))) |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).)).. |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).)).. |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................((((..................))))....................((((...)))) |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
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[ FASTA input ] |
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|
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
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|
MCFold
(ext)
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
MXScarna(20)
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|
Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
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MaxExpect
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
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....((((.((((((....))))))..))))...((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).)).. |
|
Murlet(seed)
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|
Murlet(20)
|
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. |
|
PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))....)))))).))))..((((((((....)))))))).. |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).)).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))...(((((((....))))).)).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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....((((.((((((....))))))..))))....(((((((((..........))))))))).....(((((........)))))....((((...)))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))...........((((..........(((((....)))))...........)))).....(((((....)))))..... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....))))))))))).......(....)((((...)))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAsubopt
|
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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...(((.((((((....))))))....)))....((((.((...((((.((((....)))).....)))).))))))..((.(((((....))))).)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
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.............(((((.................(((((((((..........))))))))).......)))))....((.(((((....))))).)).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).)).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((.(((((....))))).)).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).(((((.....)))))......((((......(((((.......))))).)))).....(((((....)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.((((((....))))))..)))).[[[(((((((((((.....)).))))))))).))).(((((]]].....)))))....(((.....))) |