RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00791

RNA: RFA_00791
Rfam family: Gammaretro_CES

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((..(((....(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).))).))))....(......).)).)
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((.(.(((....))).)).))..
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((.(.(((....))).)).))..
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((((....))))))..((((.....))))....))))).(((((....)))))........((((((........(((....)))..))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))(......)...(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.(..(((((......)))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((....(((....)))....))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((())))))))((....))...(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........(((....)))....(((((....)))))........((((((........(((....)))..))))))
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))........((((((....)))(((((((((....)))))...)))).[[[[[)))......(((....)))...]]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((({{{{)))))).......((((.((....)))))).((((([[[[)))))........((((((}}}}.........]]]]...))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((..((((...(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))))))).))))[[))).]].........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((....)))))).....))....((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((((((....)))))))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((....)))))).....)).....(((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))..(((.((((((....)))))))).).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..(((((....)))))...))))...((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((.(((((....))))))))...
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..(((((....)))))...))))...((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((((.((((....))))))))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((..)))))))...........((((..))))(((((((((....)))))...)))).((((((........(((....)))..))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).......((((....)))).......
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).......((((....)))).......
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((..(((....(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).))).)))).))))............
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((..((((.................((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))))))).)))).))))............
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........))))))........(((....)))........
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........))))))........(((....)))........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...)))))))))))........(....)((((....))))
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...)))))))))))........(....)((((....))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((..(((....(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).))).)))).))))............
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((..((((..((((((....))))))(((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))).)))).)))).))))............
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.((((((.(((((......)))))(((..(((.((((.(((((..)))))....)))))))))))))))))))))))))...((...))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...((((...((((....))))....)))).).((((.((...((((.((((....))))....)))).))))))..((....(((....)))....))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((....))))))....)))(...((((.((...((((.((((....))))....)))).)))))).)((....(((....)))....))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..(((.....((........)).((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).))).)))..................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).......((((.((....)))))).(((((....))))).........(((((....................))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((((....)))))).......((((.((....)))))).(((((....)))))........[[[[[[...........)))......]]]]]]

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