RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00801

RNA: RFA_00801
Rfam family: Gammaretro_CES

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((((.(((....))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((((....))))))..........((((((((.(.(((((((((....)))))...))))))))).).)))((((((.....)))))))).)
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).))))..(((((.(((....))))))))..
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).))))..(((((.(((....))))))))..
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).........(((((((...(((((............)))))...)))).)))..(((((((((.....))))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................(((((((((.....))))))))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((((.(((....))))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((((.(((....))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((.....))))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).)))).(.(((.((((....)))))).).)
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(..((((((....))))))..)........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).)))).((((((.(((....))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((())))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((.....))))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((......(((((((((....)))))...))))...)))).(((((((((.....))))))))).
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..[[[[))))).........]]]](((...[[[[..(((((....)))))....)))...]]]].(((((((((.....))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((.....))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).)))).(((((((((.....))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).)))).(((((((((.....))))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((....)))))).....))....((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((.((((....)))))))).)
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((....)))))).....))....((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((.((((....)))))))).)
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((....))))).....))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........(((.((.((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((.....))))))))).
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((.....))))))))).
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).......((((....))))......
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((((.(((....))))))))..
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((((.(((....))))))))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((...(((((((((....)))))...)))).))))))..(((((.(((....))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).(((.......((((...((.(((((((((....)))))...)))))).)))).[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]].
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((....))))))...))))..(.(((.((.((.(((((((((....)))))...))))))))))))(((((((((.....))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((......(((((((((....)))))...))))...)))).(((((((((.....))))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..........(((((....)))))..........)))).(((((((((.....))))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((..........(((((....)))))..........))))..((((((((.....))))))))..
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...)))))))))))........(....)((((...))))
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).)))).(((((((((.....))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..)))....(((((......)))))(((..)))(..)(((((((..))))))).....(..).)))))(((((((.......)))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((....((((....)))).....))).).((((.((...((((.((((....))))....)))).))))))..(((((((.(....))))))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((....((((....)))).....))).).((((.((...((((.((((....))))....)))).))))))..(((((((.(....))))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........(((.((..(.(((((((((....)))))...))))).))))).(((((((((.....))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((.....))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))...........((((...((.(((((((((....)))))...)))))).)))).(((((((((.....))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((....)))))).......((((.((....)))))).(((((....)))))............))).((((((((.....))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((((....)))))).......((((.((....)))))).(((((....)))))...............[[[[[[[[[)))).]]]]]]]]].

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