|
|
|
UAACUAGAUUACAGAGAUGUGAUGGAAAAUAGUUGAUGAGUUGUUUAAUUUUAAGAAUUUUUUAUCUUAAUUAAGGAAGGAGUGAUUUCAAUGGCACAAGAUAUCAUUUCAACAAUCAGUGACUUAGUAAAAUGGAUUAUCGACACAGUGAACAAAUUCACUAAAAAAUAAGAUGAAUAAUUAAUUACUUUCAUUGUAAAUUUGUUAUCUUCGUAUAGUACUAAAAGUAUGAGUUAUUAAGCCAUCCCAACUUAAUAACCAUGUAAAAUUAGCAAGUGAGUAACAUUUGCUAGUAGAGUUAGUUUCCUUGGACUCAGUGCUAUGUAUUUUUCUUAAUUAUCAUUACAGAUAAUUAUUUCUAGCAUGUAAGCUAUCGUAAACAACAUCGAUUUAUCAUUAUUUGAUAAAUAAAAUUUUUUUCAUAAUUAAUAACAUCCCCAAAAAUAGAUUGAAAAAAUAACUGUAAAACAUUCCCUUAAUAAUAAGUAUGGUCGUGAGCCCCUCCCAAGCUCGCGGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).....(((((((.(((((((((((...((((((........))))))........((((((((.((..........)).)))))))).....((((((((...........).)))))))...((((((....))))))........((((.(((((....((((.......))))..)))))))))..((((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))))........((((((((......))))))))....((((......))))...)))))))).)))((((((((.....)))))))).....((((((((..((((((.............)))))))))))))))))))))..........................(((((((((.........)))))))))
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((.((((((((.((((..(((((((((((.......((((...((((((((((((((((((((..(((..(((....((((((..(((((.........)))))...(((((....((((((......((((((....))))))..............))))))..))))).)).))))....)))..)))))).(((((((((.....(((..(((((((((.........)))))))))...)))..(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))))....))))))))))).......))))))..)))).((((......))))...)))))))).)))((((((((.....))))))))..))))))))))))........)))))..(((.......))).........))))))..((....((((....))))..))(((((((((.........))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.................................))))).......((((((........))))))............................................................................(((((.................................)))))..........((((((((..........(((((...))))).......................................))))))))................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).......................................................(((((((((((..........)))))))))))......((((((..............))))))......................................................................................(.(.(((((((((.........)))))))))).)........((((((((.....))))))))...........................................(((((((......))))))).....................................((((.......))))....................................................................................(((((((((.........))))))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....)))).....................(........(((((........))))).........((((((((.((..........)).))))))))....................................((((((....))))))....................................................((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))..........((((((((......)))))))).....(((......)))........).......((((((((.....))))))))........((((.............................))))....................................(((((((((.........))))))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((((................((((((((.(..((.....((((((........))))))..)))...((((((((.((..........)).))))))))..........................))))))))..((((((....)))))).........((((((............)))))).....)))))..))).(((((..........))))).(((((((((.........)))))))))........(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))).((((((...........((((((((......))))))))....))))))...((..................((((((((.....)))))))).....((((((((...........................)))))))).................))..............(((((((((.........))))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))................(((((((((..((((((........)))))))).((((.((((((((.((..........)).))))))))....................................((((((....)))))).........((((((.((....))...))))))..................(((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((((....))..)))))))))))))).....))))((((((((......))))))))....((((......))))....)))))))....((((((((.....)))))))).....((((((((...........................)))))))).................(((......)))....(((((((((.........))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).......................................................(((((((..................)))))))......((((((..............)))))).............(((((((........)).)))))................................................(.(((.(((((((((.........)))))))))))).)...(((((((((((.....))))))))))).......................((((................((((......)))).........))))........................(((((((.......))))))).....((((((((...........................)))))))).................................(((((((((.........))))))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((.((((((((..........((((((((..............(((((((((((((((((((((((((................))))))))(((((.((((((...(((((......(((((.....((((((....)))))).........)))))........))))).)))))).....))))).......(((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))))....))))))))))).......)))))).......((((......))))...))))))))....((((((((.....))))))))......))))))))........)))))..(((.......))).........))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((...((((((((((((((((.((.((((((..(((((........))))))))))).))((((((((.((..........)).))))))))..........................))))))))..((((((....)))))).......(((((((..((((...(((.......)))))))..)))))))...((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))).)))))))).((((((((......))))))))....((((......)))).........))))).((((((((.....)))))))).....((((((((...........................))))))))...))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........))))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....................(((..((((((((.......(((....(((((((((((((((((((((((((............[[[[))))))))....................................((((((....))))))............................................]]]]....((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))).....))))))))))).......))))))....))).(((......)))....))))))))))).((((((((.....))))))))........((((.............................))))......))))).........(((......)))....(((((((((.........))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))......((((((..((((((((((........(((...(((((((((((((((((.(((((((.((..........)).)))))))..(((((((((((((((......)))))))))))...((((((....)))))).......................................))))........(((((((((......(((.(((((((((.........)))))))))))).....(((((((((((.....)))))))))))..((((..........)))).)))))))))....))))))))))).......))))))..).)).((((......))))...)))))))).))..(((((((.....)))))))......((((((((...........................))))))))))))))............(((....))).....(((((((((.........))))))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((...(((((((.((((((((..(((((.....(((((........)))))...)))...((((((((.((..........)).))))))))......................))..))))))))..((((((....)))))).......(((((((..(((...((((.......)))))))..)))))))..(((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))).))))))).((((((((......))))))))....((((......)))).........))))).((((((((.....)))))))).....((((((((...........................))))))))...))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........))))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((.((((((((..........((((((((..............(((((((((((((((((((((((((................))))))))(((((.((((((...(((((......(((((.....((((((....)))))).........)))))........))))).)))))).....)))))......((((((((((..........(((((((((.........)))))))))........(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))))...))))))))))).......)))))).......((((......))))...))))))))....((((((((.....))))))))......))))))))........)))))........................))))))........................(((((((((.........))))))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).......................................................(((((((..((..........))..))))))).....(((((((.(((......))).))))))).............((..(.(..........))))......................................((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(.(((((((((.....)))))))).)).((....(((......))))).))))))...........((((((((......)))))))).....(((......)))................(((((((.......))))))).......(((((.............................)))).)..................(((......)))............................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))....................(((................................((((((((.((..........)).)))))))).....(((((((.(((......))).)))))))............(((..(.(..........)))))......................................(((((......((((.(((((((((.........))))))))))))).......((((((((.....))))))))....((....(((......))))).)))))............((((((((......))))))))......((......)).................(((((((.......)))))))......(((((((...........................))))).))..........................)))............................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).................................................................................................................................................................................................................(((((((((.........)))))))))...........((((((((.....))))))))...............................................((........))......................................(((((((.......)))))))............................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((.((((((((.((((...((((((((((......((((....(((((((((((((((((((((((((.((..........)).)))))))).((((.((((((...((((((((...(((((.....((((((....)))))).........)))))...)))..))))).)))))).....))))........((((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))).))))))))....))))))))))).......))))))....))))(((......)))....)))))))).)).((((((((.....))))))))..))))))))))))........)))))..(((.......))).........))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((((..((((((((((((((((.((((((((..((((((........))))))))).....((((((((................))))))))....................))))).))))))))..((((((....)))))).......(((((((.((((...((((.......))))))).))))))))..(((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))))))))))).((((((((......))))))))....((((......)))).......).))))).((((((((.....)))))))).....((((((((..(((...................)))))))))))...))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........))))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....))))))........(((((..........................................(((((((..((..........))..)))))))...((((.((...........)).)))).)))))(((((....................................................(((((.....((((.................(((((((((.........)))))))))........((.((((((((.....)))))))).))..........................))))...................................((((......)))).....)))))...............................((((((((...........................))))))))..)))))..........................(((((((((.........))))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((.((((((((.((((...((((((((((......((((.(..(((((((((((((((((((((((((.((..........)).)))))))).((((.((((((...((((((((...(((((.....((((((....)))))).........)))))...)))..))))).)))))).....))))........((((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))).))))))))....))))))))))).......))))))..).))))(((......)))....)))))))).)).((((((((.....))))))))..))))))))))))........)))))..(((.......))).........))))))........................(((((((((.........))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((..)))))).((((((((...((.((((.((((((..)))).((..))....((((..)))).))(((((((((.............).)))))))).(((((((.(...........).)))))))((...(((((((((((((((..(((..)))(((((((............)))))))))))))))))))))..)...))..(((((((((.(.(((((((((.(......)))))))))))...)))))))))(((((((.((((.(..........))))).))).)))).))))..).)....)))))))).((((((((......))))))))..)))))(.(((.(........).)))).....((((((((.....))))))))((((..)))).((((((((.((.((((.((.(((((......)))))).)))))................)).))))))))(((((((((........).)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.....................................................)((.(((.(.(((...((......(((((....((((....((((..........((.(((((......((...(((...(...((((((((.........((((.(..(((.....)))...)...)))).)))))))).)..))).))..)))))...)).)))).))))..)))))..)).))).....)....))).(((((((((((.....))))))))))).....(((((.......((....(((((...(.......((((((((......)))))))).)..))))).)).)))))...))..........((((((.(((....(((..((.....((((((((...........(((..........))))))))))).....)).....))).....))).))))))...(((((((((.........))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.........................((((((((.......(((....((((((((((((((((.((((((((.((..........)).))))))))....................................((((((....))))))....................................................(((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).((((............)))).)))))))......)))))))))).......))))))....))).(((......)))....))))))))....((((((((.....))))))))........((((.............................))))......))))))........................(((((((((.........))))))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....)))))).....((((((.....(((((((....((((((........))))))........((((((((.((..........)).)))))))).....((.((((.(((......))).)))).))...(((((......))))).......(((((((..(((...((((.......)))))))..)))))))...((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....)))))))))))......((((......)))).))))))))..........((((((((......))))))))....((((......))))....)))))))....((((((((.....)))))))).....((((((((...........................)))))))).))))))..........................(((((((((.........))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((((...((((((((((...((((((........((((((........)))))).(((((((((((((((.((..........)).)))))))).........((((((.......(((((((((((...((((((....))))))........((((((.(((....((((.......))))..)))))))))))).))))).)))....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).))))))..)))))))))))))..)))))....))))).((((((((......))))))))....((((......)))).........))))).((((((((.....)))))))).....((((((((...........................))))))))...))))))........................(((((((((.........))))))))) |
