|
|
|
ACGUAGCUUAAAACGUUUGGUUCACAUACAUCUGCCUGCUGCCUUGGCACAAUAUCAAAAAGGCAUAAACAUCGCACAUAAUGGUUAUUUACGGCUAUGAGGAUGGUUUUAGUACGUAGGCGUUGCGGAACUUCGGUUCGGAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGGAACUGACCAAAUAACGCAGCCCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUACCUUUGCGAUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((......................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((......................))))))..............)))..)))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((..((((..........((((((.(((((..............))))).....((((.(.((((.(.((.....)).).)))).)))))..........))))))....(.((((....)))).)...))))))))..(((...((((((((..(((.(........)))).))))))))....)))..............)))))..) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............))))))....((................................))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........))))..(((............)))...((((((..............)))))).....((((((....((((..((((..((((((....))))))...((((.((((.((((((.......(((.(((....((((.((.......)))))).....))))))......)))))))))))))).......))))..)))).....)))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).......................................................((((((....................))))))........((((((((....................))))))))............................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............))))))......((((........................((..........(((((....(((((((((((....)))))......))))))...)))))(((((((......................)))))))...................))..)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....((((((..............................................((((....................))))..........((((((((..(((...........))).))))))))......................)))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............))))))......((((.......................((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).)))).)))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........))))..(((............)))...((((((..............)))))).....((((((....((((((......)))))).(((.(((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))..))).)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........)))........................((((((((.......))...)))))).....((((((....(((((........)(((......))).....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).....)))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((........................((..........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))....................))..))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((........................((((...[[[[[[))))..........]]]]]]...........................))))))).(((........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).))))))))....[[[[[...)))....]]]]]..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.......((.((.....)).))....)).))).(((((..............)))))......((((((....((((..((((.((.((((....)))).....((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........))))))))))))))....)).))))..)))).....)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....((((((....(([[............)).(((((.......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............]])).))).)))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((......).))............(((((..............)))))......(((((.....((((((((..))))))))((((((((.(((..((((.(..(((((((((((....)))))......))))))..)))))..(((((((..(((.(.(.....))))).)))))))........)))...)))).)))).))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..........(..((.....))..)........))((((((..............)))))).....((((((....((((..((((....((((....)))).....((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........)))))))))))))).......))))..)))).....)))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........))))................(((((..((((..))))...........))))).....((((((......................((((((((.....(((((....((((((.(((((..))))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).)))))))))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((....((((((..............)))))).................................(((..........(((((....((((((....................))))))...))))).(((((((....................)))))))....................))).)))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((.......................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).(((((((...................).))))))((.......))...)))).)))).))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((.......................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).(((((((...................).))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((.......................((((.(((.....(((((....(((((..((((....))))........)))))...)))))...((((......................))))..((.......))...)))..)))).))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[....))))..]]]...........((((...{{{{{{))))..........}}}}}}.....((((((....((((((......))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).)))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..........................).))))((((((..............)))))).....((((((.....(((..((((....(((([[[[))))....(((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........)))))))))))))).).....))))..)))..]]]])))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((......(((((......((((((..............))))))...............((((((......))))))..)))))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))............))))))))..(((((.......(((((...)))))..........)))))... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....((((((......................((((.....(((.(((((....((((((....................))))))...)))))((((((((....................)))))))).......)))........)))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((....................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((......................))))))........................))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....((.((.....)).))...((((.........))))...........))))......((((((....((((((......))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((..(((.(........)))).)))))))..............)))).)))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......((.((.....)).))....((((..(((....)))...........)))).....(((........))).........))))))).((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.......((.((.....)).))....((((((((((((..............))))))....((((.(.((((.(.((.....)).).)))).)))))..........))))))))))))((((....))))(((....(((........)))((((((((..(((.(........)))).))))))))............))).............. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((..)))))))(((...(((.(((((((((((..))))(((.(((..))).......(((..........)))..((((((((((((..........))))).)))))).))))..(((((..)))))..)))).))))))....)))...((((((.((((((......)).))))))))))(((((...))))).((((......)).)).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(............................).((.((((((..............))))))....))((((.......................((((((((.....(((((....((((((.((........)).......))))))...)))))..(((((...(((...........)))..)))))((((.....))))..)))).)))).)))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................((((((.....((((........))))..(((((((.....(((((....(((((..((((....))))........)))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).))).)))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((......(((((......))))).((((((((.....(((((....((((((....................))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....((.((.....)).))...((((.........))))...........))))......((((((....(((((........))))).(((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).))).)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..........................)).))).(((((..............))))).......(((((....(((((........))))).(((...(((.......(((.....))).((((....)))).)))..((((.((.......)))))).(((((((.................)))).(((.....)))..)))...))).))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........))).((..............((((...<<<<<<))))..........>>>>>>.))...((((..(((.....))).((((((((......{{{{..)))).))))...((((((((((....))))......((((.((.......)))))).[[[[[[[)))).....))}}}}..]]]].(((.....)))..]]]........)))).. |