|
|
|
ACGUAGCUUAAAACGUUUGGUUCACAUACAUCUGCCUGCUGCCUUGGCACAAUAUCAAAAAGGCAUAAACAUCGCACAUAAUGGUUAUUUACGGCUAUGAGGAUGGUUUUAGUACGUAGGCGUUGCGGAACUUCGGUUCGGAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGGAACUGACCAAAUAACGCAGCCCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUACCUUUGCGAUC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((......................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((......................))))))..............)))..)))))))))).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((..((((..........((((((.(((((..............))))).....((((.(.((((.(.((.....)).).)))).)))))..........))))))....(.((((....)))).)...))))))))..(((...((((((((..(((.(........)))).))))))))....)))..............)))))..) |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............))))))....((................................))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))................................................................. |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........))))..(((............)))...((((((..............)))))).....((((((....((((..((((..((((((....))))))...((((.((((.((((((.......(((.(((....((((.((.......)))))).....))))))......)))))))))))))).......))))..)))).....)))))). |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).......................................................((((((....................))))))........((((((((....................))))))))............................. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............))))))......((((........................((..........(((((....(((((((((((....)))))......))))))...)))))(((((((......................)))))))...................))..)))).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....((((((..............................................((((....................))))..........((((((((..(((...........))).))))))))......................)))))). |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............))))))......((((.......................((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).)))).)))).. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........))))..(((............)))...((((((..............)))))).....((((((....((((((......)))))).(((.(((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))..))).)))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........)))........................((((((((.......))...)))))).....((((((....(((((........)(((......))).....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).....)))))). |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((........................((..........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))....................))..))))). |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((........................((((...[[[[[[))))..........]]]]]]...........................))))))).(((........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).))))))))....[[[[[...)))....]]]]]..... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.......((.((.....)).))....)).))).(((((..............)))))......((((((....((((..((((.((.((((....)))).....((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........))))))))))))))....)).))))..)))).....)))))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....((((((....(([[............)).(((((.......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............]])).))).)))))). |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((......).))............(((((..............)))))......(((((.....((((((((..))))))))((((((((.(((..((((.(..(((((((((((....)))))......))))))..)))))..(((((((..(((.(.(.....))))).)))))))........)))...)))).)))).))))). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..........(..((.....))..)........))((((((..............)))))).....((((((....((((..((((....((((....)))).....((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........)))))))))))))).......))))..)))).....)))))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........))))................(((((..((((..))))...........))))).....((((((......................((((((((.....(((((....((((((.(((((..))))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).)))))))))). |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((....((((((..............)))))).................................(((..........(((((....((((((....................))))))...))))).(((((((....................)))))))....................))).)))... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((.......................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).(((((((...................).))))))((.......))...)))).)))).))))). |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((.......................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).(((((((...................).))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((.......................((((.(((.....(((((....(((((..((((....))))........)))))...)))))...((((......................))))..((.......))...)))..)))).))))). |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[....))))..]]]...........((((...{{{{{{))))..........}}}}}}.....((((((....((((((......))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).)))))))))). |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..........................).))))((((((..............)))))).....((((((.....(((..((((....(((([[[[))))....(((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........)))))))))))))).).....))))..)))..]]]])))))). |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((......(((((......((((((..............))))))...............((((((......))))))..)))))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))............))))))))..(((((.......(((((...)))))..........)))))... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....((((((......................((((.....(((.(((((....((((((....................))))))...)))))((((((((....................)))))))).......)))........)))))))))). |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((....................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((......................))))))........................))))). |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....((.((.....)).))...((((.........))))...........))))......((((((....((((((......))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((..(((.(........)))).)))))))..............)))).)))))))))). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......((.((.....)).))....((((..(((....)))...........)))).....(((........))).........))))))).((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).))......... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.......((.((.....)).))....((((((((((((..............))))))....((((.(.((((.(.((.....)).).)))).)))))..........))))))))))))((((....))))(((....(((........)))((((((((..(((.(........)))).))))))))............))).............. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((..)))))))(((...(((.(((((((((((..))))(((.(((..))).......(((..........)))..((((((((((((..........))))).)))))).))))..(((((..)))))..)))).))))))....)))...((((((.((((((......)).))))))))))(((((...))))).((((......)).)).. |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(............................).((.((((((..............))))))....))((((.......................((((((((.....(((((....((((((.((........)).......))))))...)))))..(((((...(((...........)))..)))))((((.....))))..)))).)))).)))).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................((((((.....((((........))))..(((((((.....(((((....(((((..((((....))))........)))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).))).)))))). |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((..............)))))).....(((((......(((((......))))).((((((((.....(((((....((((((....................))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....((.((.....)).))...((((.........))))...........))))......((((((....(((((........))))).(((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).))).)))))). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..........................)).))).(((((..............))))).......(((((....(((((........))))).(((...(((.......(((.....))).((((....)))).)))..((((.((.......)))))).(((((((.................)))).(((.....)))..)))...))).))))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........))).((..............((((...<<<<<<))))..........>>>>>>.))...((((..(((.....))).((((((((......{{{{..)))).))))...((((((((((....))))......((((.((.......)))))).[[[[[[[)))).....))}}}}..]]]].(((.....)))..]]]........)))).. |