|
|
|
ACGUAGCUGAGCGCGUUUGAUAUAGUGAUAAAUGCCUGCUGCCUGGGCUCAACAUCAAAUGCAGGCAUAAACAUCGCAACUAGCAACAAGGAGGAUGGUUUUUAGUACGUAGGCAUUGCGGAACCCUCAACGUGAAGAAGUUCAGAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGAGUCAUUGGUUCGACCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUUCCUUCGCGAUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......................................((((((................)))))).....(((((............(((((.(((......(((((....(((((((((((...............)))))......))))))...))))).((((((...............))))))..............)))..)))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.((((...(((..((...((....)).((((((((....(((........)))...))))))))...)).)))...)))).))..(((((((((......(((((.(..((((((......((.(((........))).)).....))))))..)))))).((((((.(((........)))))))))..............))).)))))).....) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................))))))....((......................)).......(((((....((((((.((((...............)))).......))))))...))))).......................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((..((....)).....(((((..((((((((....(((........)))...))))))))....)))))...))))...((((((((.(((((((.(((((....((((((.((....))....((((....))))......))))))...))))).((((((.(((........)))))))))......))))))))))..))))).)))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................)))))).....(((((....................................((((((...............................))))))........(((((((...............))))))).......................))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................))))))......((((.............((((..........(((((....(((((((((((...............)))))......))))))...)))))(((((((...............)))))))..................)))).)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((..((((((((.....(.......).......))))))))....)))))............(((((((((......(((((....((((((.........(((........)))........))))))...)))))(((((((.(((........)))))))))).............))).))))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................))))))......((((...............((.((.......(((((....((((((.((((...............)))).......))))))...)))))(((((((...............)))))))..............))..))...)))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((...(((((((((...((.......(((((.....)))))...)))))))))))...)).....(((((............(((((((((......(((((....((((((.((((..((........)).)))).......))))))...))))).((((((...............))))))..............))).))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(.....)))))........(((((..((((((((....(((........)))...))))))))....)))))............(((((((((((((..(((((....((((((......((.(((........))).)).....))))))...)))))(((((((.(((........))))))))))......))))...))).))))))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................)))))).....(((((..............((...........(((((....((((((.((((...............)))).......))))))...))))).((((((.((((.....).)))))))))....................))..))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[[...))))........(((((..((((((((....(((........)))...))))))))....)))))...]]]].....(((((((((......(((((....((((((.((((..(((...)))....)))).......))))))...)))))(((((((.(((........)))))))))).............))).))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((...)))))).((.....(((((..((((((((....(((........)))...))))))))....)))))......))....(((((((((......(((((....((((((......((.(((........))).)).....))))))...))))).((((((.(((........)))))))))((((...))))...))).))))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.................((((..((((((((....(((........)))...))))))))....)))).....))).....(((((((((......(((((....((((((......((.(((........))).)).....))))))...)))))(((((((.(((........)))))))))).............)))).)))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.......))))...........(((((................)))))......(((((.....((.))...((((((((..(((..((((.(..(((((((((((...............)))))......))))))..)))))..((((((.((((.....).)))))))))........)))...)))).)))).))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.................(((((..((((((((....(((........)))...))))))))....))))).....)).....(((((((((......(((((....((((((......((.(((........))).)).....))))))...))))).((((((.(((........))))))))).((.....))....))).))))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.........(((((..((((((((.(((..)))............))))))))....)))))...............((((((......(((((....((((((.((((...............)))).......))))))...)))))(((((((.(((........)))))))))).............))))))...))))... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................)))))).....(((((...........................(((((....((((((...............................))))))...))))).(((((((.............)))))))........................))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................)))))).....(((((.............((((((((......(((((....(((((.(((((...............))))).......)))))...))))).((((((.((..........))))))))((.......))...)))).)))).))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................)))))).....(((((.............((((((((......(((((....(((((.(((((...............))))).......)))))...))))).((((((.((..........))))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[[...))))........(((((..((((((((.((....))............))))))))....)))))...]]]].....(((((((((.((((.(((((....((((((.((((..((........)).)))).......))))))...))))).((((((.(((........))))))))).......))))...)))).)))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..[[[[....)))........(((((..((((((((....(((........)))...))))))))....)))))...]]]].....(((((((((......((((((...((((((.........(((........)))........)))))).).))))).((((((.(((........)))))))))((((...))))...)))).)))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.........(((((..((((((((.....................))))))))....)))))..........((((((...(((((((.(((((....((((((...............................))))))...)))))(((((((...............))))))).....)))))))....))))))))))... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((....))))....................((((((................)))))).....(((((.............((((......(((.(((((....((((((...............................))))))...)))))(((((((...............))))))).......)))........)))).))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((................)))))).....(((((...........................(((((....((((((...............................))))))...))))).((((((...............))))))........................))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((...(((..((...((....)).((((((((.((....))............))))))))...)).)))...)))).))..(((((((((.((((.(((((.(..((((((.((((..((........)).)))).......))))))..)))))).((((((.(((........))))))))).......))))...))).))))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........))).(((.....(((((..((((((((.((....))............))))))))....)))))............(((((((((.((((.(((((....((((((.((((..((........)).)))).......))))))...))))).((((((.(((........))))))))).......))))...))).)))))).))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((...(((..((...((....)).((((((((.((....))............))))))))...)).)))...)))).....(((((((((.((((.(((((....((((((.((((..((........)).)))).......))))))...)))))(((((((.(((........))))))))))......))))...)))).))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......))).(.(((.(.((((...((((((((((((((........).).)).)..))))))))).(...)..)))))))))....((((((((.....(((((....((((((..)...(((.(.((((......)))).).))))))))...))))).((((((.(((........)))))))))((((...))))..))))).))))(...).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..........................)).((.((((((................))))))....))((((.............((((((((......(((((....((((((.((...................)).......))))))...)))))..(((((...(........)..)))))((((.....))))..)))).)))).)))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......................((((((((.....................))))))))............)))).....(((((.(((......(((((....((((((......((.(((........))).)).....))))))...)))))(((((((.(((........)))))))))).............)))..)))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((...(((..((...((....)).((((((((....(((........)))...))))))))...)).)))...)))).))..(((((((((..(((.(((((....((((((......((.(((........))).)).....))))))...))))).((((((.(((........)))))))))........)))...))).))))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........)))..((((...(((((..((((((((.....................))))))))....)))))..((((((......((((....)))).(((((......(((((..........)))))....((((.....)))).......))))).)))))).)))).(((......)))........(((((..........)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........))))(((((...........[[[[[[[.[[[[[........)))))...]]]]].....((((...<<<<<..........))))....>>>>>..]]]]]]]..(((..........)))...(((((((.....)))).(((..((....{{{{{{))..)))...(((((..}}}}}}...)))))............)))...... |
