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GCUUGAUCUCUGUAUUUGUUUCUAUUUUGAACAUUUGCCUGCUACCUUGGCAUAACAUCAAUAAGGUACAAACAUCGCAAAAAGUCAUCAUAAGGUGGGUUUUAGUACGUAGGCGCUGUAGAACUUAAUUGUUCUGAUAGAGCAGCGAGUCGUGCAUGCUAGUCUAACAUUUCUUGCUACCUAGUAUCUUUAGAAGAUUUCCCUCCCUUAGCGGUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((((((............))))))).............................................((((((......................))))))........(((((((..................)))))))............................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((((..............))))))......((((.............((((.........(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((..................)))))))..................)))).)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((((..............)))))).....(((((..............((..........(((((....((((((.((((......)))).......))))))...))))).((((((..((((.......)))).))))))....................))..))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((...........)))............(((((..............)))))......(((((.....((.))...((((((((.(((..((((.(..(((((((((((......)))))......))))))..)))))..((((((.(((.((.....)).)))))))))........)))...)))).)))).))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((.((......((.....((((.........)))).....)).....)).)))...(((((.((((.(((((....))))).)))).(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((.....((.....))....)))))).((.....))..............))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((..................((((.........))))...........)))))))...(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((..................))))))).............)))..)))))))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..(((((.......)))))..)))....(((((((............))))))).....(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.(.......).)).))))))..............)))..)))))))))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(((....((((((..............)))))).......................(((..........(((((....((((((......................))))))...))))).(((((((................)))))))....................))).)))... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((((..............)))))).....(((((.............((((((((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...))))).((((((.((.............))))))))((.......))...)))).)))).))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((((..............)))))).....(((((.............((((((((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...))))).((((((.((.............))))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((((..............)))))).....(((((.............((((.(((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...)))))...((((..................))))..((.......))...)))..)))).))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........(((((.(((...((((.....((((.........)))).....))))..))).))))).[[[[[...))))........((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.((.....)).)).))))))..............))).))....]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((............[[[[.....)))....((((((.........]]]].)))))).....(((((.((((.(((((.{{{))))).)))).(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))((((...))))..........}}}))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.........((((.....((((.........)))).....))))..)))))))...(((((.((((.(((((....))))).)))).(((((....(((((((((((......))))))......)))))...)))))(((((((..................))))))).......................))))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((((((............))))))).....(((((.............((((.....(((.(((((.........((((((......))))))..............)))))(((((((..................))))))).......)))........)))).))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((((..............)))))).....(((((..........................(((((....((((((......................))))))...))))).((((((..................))))))........................))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((...(((...(((((.((((((((.....((((.........)))).....))))...)))).)))))..)))....))))...(((((..((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.((.....)).)).))))))...............))..))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((.((((......................(((((((.((((((............)))))).........((.((((.(((((....))))).)))).))..)))))))(((((((((......))))).)))).)))).)).))).)).((((((.........((((.(((...........)))))))..........))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((.(((...((((.....((((.........)))).....))))..))).))))).(((((.....(....).(((((..((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((..((.((.....)).)).)))))))..............))..)))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((.....((((.........)))).....)))).............................(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((...(.((.....)).)..))))))).............)))..)))))...... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..((((.(......)))))..))).((.(((((((............)))))))))...(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))(((.....)))...)))..)))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((...(((.(((((..((...((((.....((((.........)))).....))))..))..)))))....)))....))))...(((((..((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.((.....)).)).))))))...............))..))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........(((((.......)))))..((((.........))))....))))..............((((.......((((....)))).((((((.((((....)).))))))))......((((.....)))).)))).((((....(((((..................))))).(((.....))).............)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........(((((.......)))))..((((.....{{{{))))....))))..}}}}........((((......(((((....))))).....(((........))).((((((......))))))....((((..[[[[.[[...))))......]]]]]]...(((....))).(((.....))).............)))).. |
