|
|
|
ACCUAGCCGAAACACUAUGUUGGAAAGAAGACGCUUGCUACCUAGGCAUAAUGUAAAAUUAGGUAUAAACAUCGCAGUUGUAAACUUGAGGUGGUUUAGUACGUAGGCGUGAUGAUGACUUGUUGAAGUGAAACCACGAAUCGUGCUCGCUAUUACGUUGGCCCUUAAUAGUAUCUAUGAAGAUUUCCCAUCCUCAGCGGUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
......................................((((((...............)))))).....(((((...........((((((((....(((((....(((((((((((....))))).....))))))...))))).((((((..............))))))..............))).)))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((.......(((..(((((.........(((((....(((.(((((((...((((((...(((......)))....)))))).(((((..((((((.(..((((......((((....)))).....))))..))))))).))))))))))))))).....)))))..........))))))))......))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............))))))....((((................)))).....(((((....((((.(..(.((........)).).).))))...)))))..(((.((............)).))).............................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.......(((..(((((.....((..(((((....(((.((((((((.....(((((.....(((.((((...))))))).(((((((..(((...((((...........))))...)))))))))).....))))).....))))))))))).....)))))....))....))))))))......)))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.............))))))).....(((((................................((((.......................))))..........(((((((..........)))))))........................))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............))))))......((((............((((.......(((((....(((((((((((....))))).....))))))...)))))(((((((..............))))))).................)))).)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.((((((.......................)))))).)))....))))))............(.......).((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((..........))))))).(((....)))....))).)))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(...((((((((((.................))..))))))..)).....).)))........((..(.......).(((((.......(((((....((((.(...................).))))...)))))..(((((((.(......).)))))))...................))))).))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......(((.((((((.....(.((.......)).)...)))))).))).....)))))......(((((....(....)(.(((((((...((((((....((((.(.....(((....)))....).))))...)))))).(((((((..........)))))))((((....))))...))).)))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.((((((((.................))..)))))).)))....))))))........((((((.....)))((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((.(......).)))))))((((....))))...))).))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............)))))).....(((((.............((........(((((....((((((..(.((........))..)))))))...))))).((((((((((......))))))))))...................))..))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.((((((...(((......)))........)))))).)))....))))))......(((((...............(((((((..((((....))))[[[[[.((((....)))).)))))))..]]]]](((.[[[[[[[....)))...]]]]]]].....(((.(((.....))).)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.((((((((..(((((...))).))..))).))))).)))....))))))......(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.(((((..................[[[[[[[))))).)))....]]]]]]].....................((((((((....(((((....((((......((((....)))).....))))...)))))..(((((((..........)))))))...............))).)))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.((((((((......(...)......))..)))))).))))....)))).......((((((((.....))).((((((((((..((((.(..((((((....((........))...))))))..)))))..((((((((((.....).))))))))).......)))....))).)))).))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.(((((..(..................)...))))).)))....))))))......(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).((..((((...))))..)).....))).)))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((............(((((....(((((((((((((((.............)))))))...............((((((......))))))....))))))))........................((((...))))...(((((((..........)))))))...........))))).........)))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..((((.........))))..))...........((((((...............)))))).....(((((...........((((((((....(((((....((((......((((....)))).....))))...)))))..(((((((..........)))))))...............))).)))))))))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............)))))).....(((((.......................(((((....((((((...................))))))...))))).(((((((............))))))).......................))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............)))))).....(((((............(((((((....(((((....(((((.(((((....)))))......)))))...))))).((((((..............))))))((......))....))).)))).))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............)))))).....(((((............(((((((....(((((....(((((.(((((....)))))......)))))...))))).((((((..............))))))(((....)))....))).)))).))))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............)))))).....(((((............(((((((....(((((....((((..(((((....))))).......))))...)))))...((((..............))))..((......))....))).)))).))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.......(((..(((((.........(((((....(((.((((((((...(((((.....((((((.((..((((((......))))))..))......))))))...)))))....(((((...((((...)))).))))).))))))))))).....)))))..........))))))))......)))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.(((((......((((...))).).......))))).)))....))))))......(((((((((...))))((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((............(((((.........(((((..((((..((((((((.............((((..((((...))))...))))....((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).....))))))))...)))).)))))..........))))).........)))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((...)))).................((((((...............)))))).....(((((...........(((((.......(((((....((((.......................))))...)))))..(((((((..........)))))))...................)))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((...............)))))).....(((((.......................(((((....((((((...................))))))...))))).((((((..............)))))).......................))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.(((((.((.(((......)))....))...))))).)))....))))))......(((((.((.....))..(((((((...((((((.(..((((....(.((((....)))).)...))))..))))))).(((((((.(......).)))))))...............))).)))).))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((.........)))).......(((.(((((((((((.............)))))))........)))).))).....((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))..))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.(((((.((.(((......)))....))...))))).)))....))))))......((((((((.....)))((((((((...((((((....((((....(.((((....)))).)...))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((...))))...((..((((((..(((((((((((........).))))))))..).)...)).))))...(((..))).))...)).)..))))((((((((((((..))...(((..)))(..)((((((.....(((((..((..)..)..)))))........))))))...)))))))).))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.........................)))((.((((((...............))))))....))((((............(((((((....(((((....(((.......(.....)...........)))...)))))..((((................))))((((....))))...))).)))).)))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((((((..........................................((((((....((((....(.((((....)))).)...))))...))))))......))))))).......................................... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.............))))))).....(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((..........))))))).(((....)))....))).)))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.......(((..(((((.........(((((....(((.(((((((...((((((...(((......)))....)))))).(((((..((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).))))))))))))))).....)))))..........))))))))......)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...........))))).........(((((.....))))).((((.....))))..((((.((......))))))........(((((((..((((....))))......((((....)))).))))))).......(((.((((......))))..........((((....))))...........))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((.....)))...........((((..[[[[.))))..............]]]]....(((((......((((((.{{{{.)))))).((((....)))).)))))((((....)))).....(((.....)))...((((......))))..........((((....)))).......}}}}..)))). |