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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00818



RNA: RFA_00818
Rfam family: R2_retro_el

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CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((((...............))))))....((((................)))).....(((((....((((.(..(.((........)).).).))))...)))))..(((.((............)).)))..............................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.......(((..(((((.....((..(((((....(((.((((((((.....(((((.....(((.((((...))))))).(((((((..(((...((((...........))))...)))))))))).....))))).....))))))))))).....)))))....))....))))))))......)))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((((.............))))))).....(((((................................((((.......................))))..........(((((((..........)))))))........................))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((((...............))))))......((((............((((.......(((((....(((((((((((....))))).....))))))...)))))(((((((..............))))))).................)))).))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((.((((((.......................)))))).)))....))))))............(.......).((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((..........))))))).(((....)))....))).)))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(...((((((((((.................))..))))))..)).....).)))........((..(.......).(((((.......(((((....((((.(...................).))))...)))))..(((((((.(......).)))))))...................))))).))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((.((((((.....(.((.......)).)...)))))).))).....)))))......(((((....(....)(.(((((((...((((((....((((.(.....(((....)))....).))))...)))))).(((((((..........)))))))((((....))))...))).)))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((.((((((((.................))..)))))).)))....))))))........((((((.....)))((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((.(......).)))))))((((....))))...))).))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((((...............)))))).....(((((.............((........(((((....((((((..(.((........))..)))))))...))))).((((((((((......))))))))))...................))..))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((.((((((...(((......)))........)))))).)))....))))))......(((((...............(((((((..((((....))))[[[[[.((((....)))).)))))))..]]]]](((.[[[[[[[....)))...]]]]]]].....(((.(((.....))).)))))))).
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.(((((..................[[[[[[[))))).)))....]]]]]]].....................((((((((....(((((....((((......((((....)))).....))))...)))))..(((((((..........)))))))...............))).)))))......
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((.(((((..(..................)...))))).)))....))))))......(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).((..((((...))))..)).....))).)))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((............(((((....(((((((((((((((.............)))))))...............((((((......))))))....))))))))........................((((...))))...(((((((..........)))))))...........))))).........)))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((............(((((.........(((((..((((..((((((((.............((((..((((...))))...))))....((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).....))))))))...)))).)))))..........))))).........)))).
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((...)))).................((((((...............)))))).....(((((...........(((((.......(((((....((((.......................))))...)))))..(((((((..........)))))))...................)))))))))).
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((.(((((.((.(((......)))....))...))))).)))....))))))......((((((((.....)))((((((((...((((((....((((....(.((((....)))).)...))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))))))).
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RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.........................)))((.((((((...............))))))....))((((............(((((((....(((((....(((.......(.....)...........)))...)))))..((((................))))((((....))))...))).)))).))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((((((..........................................((((((....((((....(.((((....)))).)...))))...))))))......)))))))..........................................
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((((.............))))))).....(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((..........))))))).(((....)))....))).)))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.......(((..(((((.........(((((....(((.(((((((...((((((...(((......)))....)))))).(((((..((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).))))))))))))))).....)))))..........))))))))......)))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...........))))).........(((((.....))))).((((.....))))..((((.((......))))))........(((((((..((((....))))......((((....)))).))))))).......(((.((((......))))..........((((....))))...........)))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.(((.....)))...........((((..[[[[.))))..............]]]]....(((((......((((((.{{{{.)))))).((((....)))).)))))((((....)))).....(((.....)))...((((......))))..........((((....)))).......}}}}..)))).