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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00819



RNA: RFA_00819
Rfam family: R2_retro_el

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Reference structure (ext) [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((...........................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((..............................))))))..............)))..)))))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((...((((((...............))))))....((((.................................))))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).......................................)))...............................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((.((((......)))))))))))((((...((((.......))))....)))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((..((...(((....)))..(((((...((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))).)))))..))...)))).)))).))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((..................................................((((((....................))))))........((((((((............................)))))))).......................))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............))))))......((((............................((((.........(((((....(((((((((((....)))))......))))))...)))))(((((((..............................)))))))..................)))).))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............))))))..................((((..........))))...(((...............................((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).))))))))..................)))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............))))))......((((......(((((((........)))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.((............))))).)))))))).............)))).)))).))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((......(((((((........)))))))((((.(((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((((.((.....)))))))....)))))))..............)))..)))).))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((........))).......(((((((((((.......))....))))))........))).....((((((((......))))))))(((((((((((..(((((....))).)).)))(((((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).))))))))......)))....)))).)))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((.............................((..........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.................))).)))))))....................))..))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((......))))...((((...[[[[[[))))...........]]]]]].....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.(((.(((...))))))))).)))))))).............)))).)))).))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((.((((......))))))))))).(((...((((.......))))....)))......(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))((((...))))...)))).)))).))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((......((((......))))....))....((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((([[.(((...)))))]].)).)))))))).............)))).)))).))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((......))))...........(((((...............)))))......(((((......((((((((......)))))))).(((((((.(((..((((.(..(((((((((((....)))))......))))))..))))).(((((((((...(((.(((..........))))))))))))))).......)))...)))).)))..))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...)))))))..........((((((((((((...............))))))....((((........((((((((......))))))))...))))..........))))))((((((((....((((((((........))))))))...((((((((....(((...((((...))))...))).))))))))....................)))))))).
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((.........................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((..............................))))))........................))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).((((((.((.........................))))))))((.......))...)))).)))).))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).((((((.((.........................))))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((.(((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...)))))...((((..............................))))..((.......))...)))..)))).))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((......((((......))))...[[[[[))))...((......)).......]]]]].....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))..............)))).)))).))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))((((...))))...)))).)))).))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((.....((((...((((((((((...............))))))........))))...)))).....))))))))))....((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).((((((....((((........)))).))))))........(((((...)))))..)))).)))).......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((.....(((.(((((....((((((....................))))))...)))))((((((((............................)))))))).......)))........)))).))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((...............)))))).....(((((.........................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((..............................))))))........................))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((.((((.((((......)))))))))))....)).((((.......)))).............(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))).............)))).)))).))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.(((((.((((...))))).)))))))(((((((..)))).).)).(((((((((((((.(((..(((...((((.......))))..)).)..))).))))))))))(......)...)))(.(((((..))))))....((((.(((((........))((((...((((.((((((...)))).))))))))))(...(((...)))....))))).)))(...)..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((........................)))((.((((((...............))))))....))((((............................((((((((.....(((((....((((((.((........)).......))))))...)))))..(((((.....(((.................)))..)))))((((.....))))..)))).)))).))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((......))))..........................................(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..))))))((((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))).............)))).)))).))))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((......((((......))))....))....((((((...............)))))).....(((((.......(((((((......))))))).((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((..((......))..))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((......))))...((((((((.....)))).............))))......((((....((((.......))))....(((((....)))))........(((.....))).((((....))))......((((.((.......)))))).((((.((((........)))).((((.....))))..(((.....))).))))........))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....[[[[))))..]]]]...((((((((.....)))).............))))......((((.....((({{{{{{.)))..}}}}}}..(((((((.........((((.....)))).(((....))))))....((((.((.......)))))).((((.((((........)))).((((.....))))..(((.....))).))))...)))).))))..