|
|
|
ACUUAGCUAAAUCGUUUGGUUCAAAACAUUUGCUUGCUGUCUUGGCAUAACAUCAAUAAAGGCAUAAACAUCGCAAAAUAAUGGUUAUAAUUAAAUGGCUAUGAGGAUGGUUUUAGUACGUAGGCGUUGCGGAACUUCGGUUCAUAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGGAAAACUGACCACACACAGUGUUGGCAGACCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUACCUCCGCGAUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((...........................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((..............................))))))..............)))..)))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).)))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((...((((((...............))))))....((((.................................))))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).......................................)))............................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.((((......)))))))))))((((...((((.......))))....)))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((..((...(((....)))..(((((...((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))).)))))..))...)))).)))).))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((..................................................((((((....................))))))........((((((((............................)))))))).......................))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............))))))......((((............................((((.........(((((....(((((((((((....)))))......))))))...)))))(((((((..............................)))))))..................)))).)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............))))))..................((((..........))))...(((...............................((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).))))))))..................)))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............))))))......((((......(((((((........)))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.((............))))).)))))))).............)))).)))).)))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((......(((((((........)))))))((((.(((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((((.((.....)))))))....)))))))..............)))..)))).))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((........))).......(((((((((((.......))....))))))........))).....((((((((......))))))))(((((((((((..(((((....))).)).)))(((((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).))))))))......)))....)))).))))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((.............................((..........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.................))).)))))))....................))..))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((......))))...((((...[[[[[[))))...........]]]]]].....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.(((.(((...))))))))).)))))))).............)))).)))).))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.((((......))))))))))).(((...((((.......))))....)))......(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))((((...))))...)))).)))).))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((......((((......))))....))....((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((([[.(((...)))))]].)).)))))))).............)))).)))).))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((......))))...........(((((...............)))))......(((((......((((((((......)))))))).(((((((.(((..((((.(..(((((((((((....)))))......))))))..))))).(((((((((...(((.(((..........))))))))))))))).......)))...)))).)))..))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...)))))))..........((((((((((((...............))))))....((((........((((((((......))))))))...))))..........))))))((((((((....((((((((........))))))))...((((((((....(((...((((...))))...))).))))))))....................)))))))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((.........................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((..............................))))))........................))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).((((((.((.........................))))))))((.......))...)))).)))).))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).((((((.((.........................))))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((.(((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...)))))...((((..............................))))..((.......))...)))..)))).))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((......((((......))))...[[[[[))))...((......)).......]]]]].....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))..............)))).)))).))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))((((...))))...)))).)))).))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((.....((((...((((((((((...............))))))........))))...)))).....))))))))))....((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).((((((....((((........)))).))))))........(((((...)))))..)))).))))....... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((.....(((.(((((....((((((....................))))))...)))))((((((((............................)))))))).......)))........)))).))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((((...............)))))).....(((((.........................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((..............................))))))........................))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((.((((.((((......)))))))))))....)).((((.......)))).............(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))).............)))).)))).))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((.((((...))))).)))))))(((((((..)))).).)).(((((((((((((.(((..(((...((((.......))))..)).)..))).))))))))))(......)...)))(.(((((..))))))....((((.(((((........))((((...((((.((((((...)))).))))))))))(...(((...)))....))))).)))(...).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((........................)))((.((((((...............))))))....))((((............................((((((((.....(((((....((((((.((........)).......))))))...)))))..(((((.....(((.................)))..)))))((((.....))))..)))).)))).)))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((......))))..........................................(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..))))))((((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))).............)))).)))).))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((......((((......))))....))....((((((...............)))))).....(((((.......(((((((......))))))).((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((..((......))..))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((......))))...((((((((.....)))).............))))......((((....((((.......))))....(((((....)))))........(((.....))).((((....))))......((((.((.......)))))).((((.((((........)))).((((.....))))..(((.....))).))))........)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....[[[[))))..]]]]...((((((((.....)))).............))))......((((.....((({{{{{{.)))..}}}}}}..(((((((.........((((.....)))).(((....))))))....((((.((.......)))))).((((.((((........)))).((((.....))))..(((.....))).))))...)))).)))).. |