RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00820

RNA: RFA_00820
Rfam family: bicoid_3

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((.....(((((((((((.((((...((((.(((.(........)))).)).))..)))).)))))))))))((....)).....)))))))).)).))))))).....(((......((((((......))))))..((((((((((.(((((((((..((((.(((.((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))).))).(.(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))((......))....)))))))))..))))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((..((((((...((((((((((.....(((((....((.(((((((.((..(((((((..((((((((((((((.((((...((...(((...........)))....))..)))).)))))))))))).....)).....)))))))..)).)))))))))...(((.....(((((((......))))))).((((((((((.(((((((((..(((...((.....(((....(((((.((..(((((.(((.(((((((..(((((((.((((((.........)))))))))..))))...))))))).......((((((......)))))).)))...........((((..((((((.............))))))..))))..)))))...)).))))).)))...(((((((.......)))))))..))..)))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...))))))..))))))..))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................((((((((((((.((((.(...(((.....................)))))))).))))))))))))...........................................................................................(((((((((((..........................................((((((.........))))))........................................................)))))))))))....................((((((............................................)))))).......................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...(((((((((((((((((((((((((((.................(((((((((((((((((((....((((((((((((.((((.(((.((((((...........)))))).))).)))).))))))))))))............)))))))))))))))))))........................(((((((.(.((((((((((.((...((((.((((((((((((((((.........................((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).....................................)))))))))))....................((((((((((((.......))))).))..)))))..........................))))).))))......)))))))))))).)...)))))))..........................)))))))))))))))))))))))))))...)))
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((...(((..........))).....))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))...............(........(((((((...((((((((((.((((.((((..((((((((.((((((..............((((((.....((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...........))))))..((...........))...)))))).))))(.(((((.(((........((((((((.(((((.....)))))..))..))))))..............)))))))))..))))..))))....)))))))))))))).....))))))).........)................))))))))))...)))))).)))))))..))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((.(.((((((((((...........(..((.(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((.((.(((.(((...........))).)).))).)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))))..)(((........))).....(((((((.(.((((((.(((((((((((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((((.....((((((((.(((((((.((((((.........)))))).))).))))..))))))))...........))))))..........)).))).)).)))))).))))..(((((.(((......((((((((((((((((.....)))))).))..)))))).))..(.......)))))))))...))))..))))...))))))))))))))).)...)))))))......((((........))))....)))))))))).).)))))).)))))))..))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...(((((((.((((((.(.((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((.(((.((.(((...........))).)).))).)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))..........................(((((...(((((.((((((((((((((..(((.((((.((((((.........................((((((((.(((((((.((((((..(.....))))))))))..))))..)))))))).......((((((......))))))............)))))).))))..(((((.(((......((((((((((((((((.....)))))).))..)))))).))...........))))))))....)))..))))...))))))))))))))).....)))))............................)))))))))).).)))))).)))))))...)))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((....((((((((....((((((((((((.((((.....((((((...........)))....))).)))).))))))))))))............))))))))....))))))).....(((.....(((((((......)))))))......(((((((((((((((..((((((((.((((((..............((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...))))...............)))))).))))..(((((.(((........((((((..((((((.....)))))).....))))))..............))))))))...))))..))))...)))))))))))..........))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((((.(((...........))).)).))..)))).))))))))))))............)))))))).)).))))))).(...(((........)))...).(((((((.((.(((((((((.(((((((((..((((..((.((((((...............(((...))).((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).......((((((......))))))............)))))).)).(((((.(((.....))).))))).....((((((.....)))))).(((.(((.((((......))))...))).)))...))))..))))...))))))))))))))))....))))))).(((...)))................))))))))))...)))))).)))))))..))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((...(((...........)))....))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))........................(((((((...((((((.(((((((((((((..((((((((.((((((.........................((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).........((..........))..............)))))).))))..(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))..............))))))))...))))..))))...))))))))))))))).....)))))))..........................))))))))))...)))))).)))))))..))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(((((((((((((((((((((((((((.(....((((.(...((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((.((((((((((.(........))))))))))).)))))))))))))))))...........))))))))))))))))))))))..).((.......(((((......)))))...((((((((.(((((((((((.(((((.((((((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.(((((...........))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))))))).(.(((((.(((((....((((((((((((((((.....)))))).))..)))))).)).........)))))))))))..))))).))))...)))))))))))))))......))..))))....((((........))))..).)))))))))))))))))))))))))))..))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((((.(((...........))).)).))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))..............((((((......))))))(.(((((((.((((((((((((..((((.(((.((((((...............((.....)).((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).....(......)......((.....)).........)))))).)))...(((((.((..........(((((((((((((.....)))))).))..)))))(((......)))....)))))))...))))..))))...)))))))))))))))).................((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((....((((((((....((((((((((((.((((((((.....))))..[[[[[[............)))).)))))))))))).....]]]]]].))))))))....)))))))..((((.......(((((((......))))))).((((((((((....((((((.(((((((((.((((((..............((((((.....((((((((.........((((((.........))))))...........))))))))...........))))))....................)))))).........(((((..................((((((.....)))))).))))))))))))))...................(((((...))))).))))))))))))))))....))))..))))).......................))))))))))...)))))).)))))))..))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((.((...((((((.(.(((((((((..................(((((.((((.((((((.....)).(((((((.((.((((.....((.(((...........))).)).....)))).)).)))))))..................)))).)).)))))))....................................................((..(((...((.((((((.........................((((((((.((((..............................))))..))))))))........(((((......))))).............)))))).)).....((((.(((..............((((((((.....)))))).))..((.....))...........))))))).....)))..))...........................................................))))))))).).))))))...)).))...)))
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((.....(((((((((((.((((...((((.(((...........))).)).))..)))).)))))))))))((....)).....)))))))).)).))))))).....(((......((((((......))))))..((((.(((((((((((((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))).))))..(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))((......))....))))))))...))))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((...............(((((((((....(((((((((...((((((((((((.((((.(.((((.(((...........))).)).))).)))).))))))))))))..........).))))))))....))))))).))...........((((((......))))))(.(((((((.((((((((((((..((((((((.((((((((.(((.........(((...))).((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((.{{{{.)))...(((}}}}.))).))).)).)))))).))))((((.((([[[..))).))))((((((((((((.....)))))).))..))))((((......))))..]]]........))))..))))...)))))))))))))))).................((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...(((.(((.((((((.(.((((((((((.................(((((.((((.((((((((.......((((((.((.((((.....((.(((...........))).)).....)))).)).))))))(.(......).)...)))))))).)).)))))))...........................((((...(((((((.((......((((..(((...((.((((((...............((.....)).((((((((.((((....(((((...........))))).....))))..)))))))).....................................)))))).))...........................(((((((.......))))).))..................................)))..))))........)).))))))).....)))).............................)))))))))).).)))))).))).)))...)))
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...(((((((.((((((.(.((((((((((..................((((((.((.((((((((..(.((((((((((((.((((.((..((.(((...........))).))..)).)))).)))))))))))).....)......)))))))).)).)))))).....((.....(....(((...((.((((((...((((((((((.((((.((((..(((.((((.((((((((.(...((.(...((((.((((..(((((((..((((.((.(((((...........)))))))...))))...))))))).........)))).....)))).)...)).)...)).)))))).))))(((((((.(((..(.((..(((((.(((((((.......))))).))...)))))....))...)....))))))).))).)))..))))....)))))))))))))).....))))))...)).............)))..).)))))))))))).).)))))).)))))))...)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...(((..(((.(........))))..).))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))..............((((((......))))))..(((((((.((((((((((((..((((.(((.(((((((..(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).)))..).)))))).))).(.(((((.(((.........(((((((((((((.....)))))).))..)))))..(......).....)))))))))..))))..))))...)))))))))))))))..........)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((...(((...........)))....))..)))).))))))))))))(....)......)))))))).)).))))))).....(((.....(((((((......))))))).((((((((((.(((((((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))).))))..(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))((......))....))))))))...))))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))

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