RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RFA_00830

RNA: RFA_00830
Rfam family: bicoid_3

			GCUGCCGAGUUUUUUAAUGCAUUUUCUACUGACAUAAACUGAAGUGCCAUUAUUUGGAAACUUUAUUUGUAAAGCGUUCUUUGAUCUCAACGCUGUCUGGCUGGACAUUUGCCAAAGCCCAUGAAUGCCCAACCAGACACUGUUGAGACGAAUAUGGGCUUUAAUUGAACGCUUUACAGAAGAAGUUUAUAAAUACACAUAAAAUGCAUUUCUUUCUUAUAACUCAGGCCAACUGGCAUAGCAAGUAAAACUGUACUGAUCUAAAUGAAAAAUGUUUCUCUUCCUGAUAAUCGCACGUCCUUCUAUGGACAUUAUAUGCCAUUAUCAGUCGAAGAUCGAACGUUUAACCAAUAAUGUUCUUCAGAAUAUUUUUAAGCUUUGUUAUGCCACAGUUUGCAUGUUGCAAUUAAACAUUCUUCACGUGAGAAUUGUUUACAAAUUGUCUCUAAACACAUGUGAACCACAGGCCUCACUUAUCUAAACGAAAUCUGUACUUACUUUCAGAAUGUAAGAUAGUUUUAUCAAUUGAAAAUGCAUUCCAAAUAUGUAUCUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.(((((((..((((((...((((((((((..........................(((((((.((.((((((((....(((.(((((((((.((((...((((.(((..........))).)).))..)))).))))))))))))..................)))))))).)).)))))))...............((((((((((((((.((((.((((..((((((((.((((((((...(((.((.....((((((.....((((((((.(((((((.(((((.............................))))).)))..))))..))))))))...........))))))..........)).).)).)))))).))))(.((.(((......((((((((((((.......))))).))..)))))..............))).)))))..))))..))))..))))))))))))..))))))........................))))))))))...)))))).)))))))..))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...((((...(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))...)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((((...(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((..((((((..(((((((((((((.(((.(((((((..(((((((.(((..((((............))))..))).)))))))..)))))))))).((.......))...)))))))))))))..))))))..))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((..((..(((((((......((..(((((((..((((((((((((..(((.((((......))))......)))..)))))))..)))))...)))))))...))..........))))..)))..))..)))).)))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....)))))).)))))...)))))........))))))))))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................((((((((((((((((.((((((((((..........)))))))))).)))))))))))))))).....................................................................................((((((((((((......................................((((((((((((.....................)))))))))))).................................................))))))))))))....................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...(((((((((((((((((((((((((((..........................(((((((((((((((((((...((((.(((((((((.((((((((.((((((..........)))))).)))))))).))))))))))))).................)))))))))))))))))))...............((((((((((((((.((...((((.((((.(((((((((((...........................((((((((.(((((((.((((((..............).............))))).)))..))))..))))))))...................................))))))))))).....................(((((.......)))))....................................)))).))))....))))))))))..))))))........................)))))))))))))))))))))))))))...)))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((.(.(((...((((((((((((...((((((.(((((((.((((((((((((((.(((.((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).)))))))))))...............)))))))))))))).))))))).))))))..........)))))))......((((...(((((...(((((((((((((((((.(((.((((..........((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..))))))))...............)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.(((((((((((((((.(....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))...))))................(((((.........)))))..)))))..))).).)))))))))))...............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((...((.(((((((((((.........(((..((((((.((((.(.((.(((((((.((((((((((((((..(..((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).))))))))...............)..)))))))))))))).))))))).........)).).)))))))))).............(((((...((((((((((((........................((((((((.((((.((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))...))))..)))))))).......((((((......)))))).......))))))))))))..((((((((((..(((((....(((((.......)))))........))))).........))))))))))....))))).......................(((((.........)))))....)))........)))))))))))...)).......)))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((.(.(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....)....)))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(...((((...(((((...(((((((((((((((((.(((.((((..........((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..))))))))...............)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.(((((((((((((((.((())))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))...))))................(((((.........)))))).)))))..))).).)))))))))))...............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((.(((.((((((.(.((((((((((..........................(((((((.((.((((((((....(.(((((((((((.((((.(((.((.(((..........))).)).))).)))).))))))))))))..................)))))))).)).)))))))..................(((.((((.((((.((.((((..(((.((((.((((((...........................((((((((.(((((((.((((((..(.....................))..))))).)))..))))..)))))))).......((((((......))))))..........)))))).))))((((((((...((((((((((((((((.....)))))).)))))..)).)))..........))))))))....)))..)))).)).)))).))).)..)))...........................)))))))))).).)))))).)))))))..)).)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((..............(((((((...((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((............))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))..........)))))))..(((((((....(((((...((((((((((((..........((((.......((((....))))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).............))))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).)))))...))))))........))))))))))....))))).................((((..........)))).)))))))..............)))))))))))...............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).((..(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((.......((((....))))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))...........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((.....((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).))))))))..................)))))))))))))).))))))).))))))........))))))))).......((....(((((...(((((((((((((((((.....((((..........((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..)))))))).........[[[[..))))]]]].))))..)).)))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))....))...........((((..{{{{{...))))..}}}}}..)))))..)))...)))))))))))...............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((((((((((((.(((((..((((..........(.((.(((.((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((.(((((((((.(........).))))))))).)))))))))))))))))))...............)))))))))))))))))))))).))).(......(..(....))..(((((....((((((((((.((((((((((((.(..(..((.....((((.......((((((((.(((((((.(((((.(((.((((......))))......))).))))))).)..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).)))).)))))))))).((((((((((.(((.((((((((((((.....)))))).))..)).))).))........))))))))))...))))))))))....))))).......)....)))..................))).)))).)))))))))))))))))))))))).)).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).....(((((((((((...(((........(((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........))))))))).............(((((...(((((((((((((((((.(((.((((.......(((......)))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))..............(...((((.(((((.........)))))))))..)..)))...)))))))))))...............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((......(((((((((((.........((((((((((((..........(((((((.((((((((((((((.....((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).))))))))..................)))))))))))))).))))))).................)))))))..(((((((....(((((...((((((((((((......................((((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........)))))))....))))))))))....))))))))))))....(((((...)))))..........((((((((.....((((((...........)))))))))))))).....))))).................((((..........)))).))))))).)))))........)))))))))))............)))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.(.(((((((((...........................(((((.((((.(((((..........(((((((.((.((((.....((.(((..........))).)).....)))).)).))))))).(.......).............))))).)).))))))).........................................(((...((.((((((...........................((((((((.((((.................................................))))..))))))))........(((((......)))))...........)))))).))...(((((((...........((((((((.....)))))).))..((.....))..........))))))).....))).....................................................))))))))).).)))))...............
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((((((((((.((((((((((((..........................((((((((((((((((((((...(((.((((((((((((((..((.((.(((..........))).)).))..))))))))))))))))).................))))))))))))))))))))................(((((((((((((.((..(((((.((((.(((((((((((........................(..((((((((.((((.((.((((((..............).............))))).))...))))..))))))))...)....(((((......)))))...........)))))))))))(..((.........((((((((((((.......))))).))..)))))............).)...).......)))).))))...)))))))))))..))))).........................)))))))))))).))))))))))))))).))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((((((((((((((((((((((..........................((((((((((((((((((((...(((.((((((((((((((..((.((.(((..........))).)).))..)))))))))))))))))(......).........))))))))))))))))))))................(((((((((((((.((..(((((.((((.(((((((((((..........(.......(.....)..((((((((.(((((((.((((((..............).............))))).)))..))))..))))))))...)..........(((.(((.....))))))...)))))))))))(..((.........((((((((((((.......))))).))..)))))............).)...).......)))).))))...)))))))))))..))))).........................)))))))))))))))))))))))))))).))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((((...(((((((((((...(((...(((((((((((.(((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((.(((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))....)))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....)))))).)))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((([[.[))).....(((((((((((.(.(((........(((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((............))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........))))))))).............(((((...(((((((((((((((((.(((.((((.......((((....))))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((.(.....)))))))).)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))..................((((.(((((.........))))))))).....)))..)))))))))))).......]]].....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.(((..(((((.(.(((((((((...........................(((((.((((.((((((((........((((((.((.((((.....((.(((..........))).)).....)))).)).))))))(.(.......).)........)))))))).)).)))))))..................((((((((.((............(((...((.((((((.................((.....)).((((((((.((((....(((((.............................)))))......))))..))))))))...................................)))))).)).....................(((((((.......))))).)).................................)))............)).)))))..)))............................))))))))).).)))))..))).)))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((((...(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((.....((((((((((((.(((((((((((((.((((.(((.....))).).))).(((((((((((((((((((.((((((((.(((((((..((.((..)).((((.......)))).))..)))))))).))))))).)))).............)))))))))))))))..)))))))..))))))).)))))))))))(...((........))..).))(((((((((((((((((((..........((.(((.(((((.(((.((((((((((((.(((.((((......))))......)).)))))))))..))))...)))))))).).)).))...((((..)))).)))))))..))).)))))))))))))(((((...))))).(((((((((.(((..)))))).))))))((...))....(((((((..)))(.((...)).)..((.(((((...(..(.(((((........))))).))..)))))))))))(((..)))((.(........).))........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((...(((..(((((((((((.(.(((..........................................................................................((((...........((.(...(.(..(.(..(..(................).......)...)..)...).)......).)).))).).........(.........(................(..(..(.((...(..(((..((((((.(.((((.(.((((.................................)))).)...))))...))))))).........)))..................................((.(.(((..(..(.((..(((((((.......))))).))....))......)....)...)))...)..))..)...)).)..........)..)..........).................)....))).).)))))))))))..)))..)).....)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(.....(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((.(((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).)))))))))))...............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...((((((((((((.((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).))))...).)))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))....)..........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((((...(((((((((((...(((...(((((((((((.((((((((..((((((..((((((((((((((((((.(((((((..(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).)))))))..)))))))))))..............))))))))))))))..))))))..)))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....

---