CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00012



RNA: SPR_00012
Rfam family: tRNA

GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).)))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...)))....)))))..)))......(((..(((...(((((.......)))))))).....)))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((........)))).(((((.......))))).(((.(((((.......)))))...))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((........))))..........................................)))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....)).).))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).)))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).)))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....)).).))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))..........((((....))))((((((....)))))).........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....[[[[.)))....]]]].(((((.......))))).((((...[[[..))))..(((....)))]]].
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.......)).))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}}
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.............))))))((((.......))))......(((((.......)))))...........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(.((((((.((((((.((((((((((((....).))))))))))))))))))))))))((((..))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((((...))))))......(((((.......))))))))))...)).
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((....))...))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).)))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))...))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))))))((.......))(((.[[[)))(((((((....))))).))...]]].
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.......)).))))))))........(((..(((...(((((.......))))))))..)))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....)).).))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.......)).))))))))........(((..((.(..(((((.......)))))..).))..)))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.......)).))))))))........(((..(((...(((((.......))))))))..)))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))).)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((.((((((.(..((((((((.......)))))).))..((......))))).))))))))))).)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))...).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............)))))))).........((..((.(..(((((.......)))))..).))..)).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((....))...))))))))........(((..(((...(((((.......))))))))..)))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((...[[[..)))).(((((.......)))))......]]](((((....))))).)))))....