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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00026



RNA: SPR_00026
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((...((..((((((((((...))))......)))))))).....))).)))))))....
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))((((.(((((...))))))))).(((((.......))))))))))))....
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((....[[[[[)))....]]]]].....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((.(((((...))))))))...((((.......)))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................((((.((((.....)))))))).(((((.......))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
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