CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00034



RNA: SPR_00034
Rfam family: -

AAGAUAUUAGUAAAAUCAUUACAUAACUUUGUCAGAGUUAAAUUAUAGACUAAUCUCUAUAUAUCUUACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....)))).(((((((...)))))))....(((((......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((.......))).(((((((...)))))))...((((((......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.................((((((.....))))))...((((((......))))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................(((((((...)))))))....(((((......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((......))).((((.................))))..)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((.......))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................((((((.....))))))....(((((......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).(((((((...)))))))....(((((......))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................((((((.....))))))....(((((......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((((..)))))))))))))))))(((((((..))))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).(((((((...)))))))....(((((......))))).))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.................(((((((...)))))))...((((((......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....)))).((((((.....))))))....(((((......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((............((((((.....))))))...[[[[[))))))..]]]]]..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).(((((((...)))))))...((((((......))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((......)))...........((((((......))))))..........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).(((((((...)))))))...((((((......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...((..((..(((((.......))))).....))))....)).))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))....(((((......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).((((((.....))))))....(((((......))))).))))))....