CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00044



RNA: SPR_00044
Rfam family: tRNA

GGCCUGUUGGUGAAGCGGUUAACACACACGGUUUUCAUCCGUGGACACACGGGUUCGAACCCCGUACAGGCUACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((...........(((((..(((((((....)))))))..))))))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((............)))..(((((..(((((((....)))))))..)))))....)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......................(((((..(((((((....)))))))..)))))....)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........)))..(((((((..(((((((....)))))))..)))))..)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..[[[[....)))....(((((..(((((((....)))))))..)))))]]]])))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.....[[[..))).(((((.......)))))]]]..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((...........(((((..(((((((....)))))))..))))))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........)))..((((..((((((((((....)))))))..)))..)))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......................(((((..(((((((....)))))))..)))))....)))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..)))))).)).(((((((((((((((((..))))))))..))))))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...................(((((..(((((((....)))))))..)))))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))...).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))...).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........))).(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........)))..((((..((((((((((....)))))))..)))..)))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...................(((((..(((((((....)))))))..)))))))).)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((..............(((((.......)))))..)))(((((.......))))))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((...........(((((..(((((((....)))))))..))))))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........)))..((((..((((((((((....)))))))..)))..)))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........)))..((((..((((((((((....)))))))..)))..)))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........)))..((((..((((((((((....)))))))..)))..)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((.((((......)))))))).))))((((.((((((..)))))).)..)))..(((...)))......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............................(((((((....)))))))...........)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........)))..((((..((((((((((....)))))))..)))..)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......)))........(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((([[[[[...))).....(((((.]]]]].))))).....(((((.......))))).))))))....