CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00068



RNA: SPR_00068
Rfam family: tRNA

GCCCGGGUAGCUCAGCUGGUAGAGCACGUGACUGAAAAUCACGGUGUCGGUGGUUCGACUCCGCCCCCGGGCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...)))).....((((((((.......)))).)))).(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.(....).)))).(((((.......)))))(.(((((....))))).)....)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((())).)))).(((((.......)))))(.(((((....))))).)....)))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..((([[[[[...))).]]]]])))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((........[[[[[[[[))))...]]]].]]]].(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))................(((.(((((....))))).)))..)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((..)))))))((((((.((..)))))))).(((((((((..))))))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))................(((.(((((....))))).)))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))((((((.......))))).)((([[[[[...))).]]]]])))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))................(((.(((((....))))).)))..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))................(((.(((((....))))).)))..)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((.(....)))))((.(((((....))))).))...)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))((((((((...))))))))....((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((((.......)))))))))))...).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((.......))))((.(((((....))))).))...)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))................(((.(((((....))))).)))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....