CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00087



RNA: SPR_00087
Rfam family: tRNA

GCGGGGAUAGCUCAGUUGGGAGAGCGUCAGACUGAAGAUCUGAAGGUCGCGUGUUCGAUCCACGCUCACCGCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((.((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))).))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.................((((((((((.......))))..(((((......))))).)))))).))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))).))......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((.((((........)))).(((((.......)))))..)))(((((.......)))))...))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.................(((..(((((.......)))))......((((.......))))))).))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).).))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))).))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((.[[[[.)))....]]]](((.[[[[...))).....]]]](((((.......)))))...))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......))))))).))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((...((((((.((......)).))))))..)))........(((((.......)))))...))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....(((([[......))))..((((]].....))))......(((((.......)))))...))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((((((..))))))))))))(((((..)))))((((((...)..))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(.....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......))))).).))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......((((..)))).((((((((((.......))))).(((((......)))))..))))).))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))).))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))...)).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((........))))))).((((...........))))(((((.......))))).).))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......(((....))).((((((((((.......))))).(((((......)))))..))))).))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......((((((............)))))).((((....))))(((((.......)))))...))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((........)))).(((((.......))))).(((.(((((.......)))))..)))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......(((....))).(((((((((((....).))))).(((((......)))))..))))).))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......(((....))).((((((((((.......))))).(((((......)))))..))))).))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((.((((........)))).((((((....).)))))..)))(((((.......)))))...))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(....)..((((........)))).(((((.......))))).(((((.((((...........)))))).))).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))).)))...).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((................................................................))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).).))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((..((......))..)))))..)))).......(((((.......)))))...))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...))))....