CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00095



RNA: SPR_00095
Rfam family: tRNA

GCCGAAAUAGCUCAGUUGGGAGAGCGUUAGACUGAAGAUCUAAAGGUCCCCGGUUCAAUCCCGGGUUUCGGCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........(((.........................)))((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((............)))))).((((....))))(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((........))))...........((((....)))).((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(......)..)))))).((((....))))(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((([[.......)))...]].(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((..)))))((((((((((((..)).))))))))))((((((...)..))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((((..(......)..)))))).((((....))))(((((.......))))).))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))...........(((((..)))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((........))))....(((((..((((....))))..))))).........))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((............)))))).((((....))))(((((.......))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))...........((((....))))(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((........))))....(((((..((((....))))..))))).........))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((........))))....(((((..((((....))))..))))).........))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))...........((((....))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))((((((.......))))))....((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(......)..)))))).((((....))))(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(......)..)))))).((((....))))(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))...........((((....)))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.[[[[[..))))....((((...........))))(((((.]]]]].))))))))))))....