CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00114



RNA: SPR_00114
Rfam family: tRNA

GCGGGAGUAGUUCAAUUUUAGAACACAUUCCUUCCCGGAAUGAGGUAUAGGUGCAAGUCCUAUCUUCCGCUCCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.[[[[..)))).((((((.....))))))]]]](((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...)..))).(((((((((((...)))))))))))((((((...)..))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....((((((....).))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((((((((((..)).)))).((((((.....))))))((..(((((.((..))))))))))..))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....((((.......)))).)))))))....