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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00115



RNA: SPR_00115
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((...)))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
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Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((...)))(((((.......))))).(((([[[[..)))).]]]].)))))))....
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
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